70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2023 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2023  exonuclease, putative  100 
 
 		 180 aa  369  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0659436  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1832  exonuclease  95 
 
 		 181 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.408826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3951  exonuclease  75.98 
 
 		 180 aa  293  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152362  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44130  hypothetical protein  76.67 
 
 		 183 aa  288  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3753  hypothetical protein  75 
 
 		 183 aa  285  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3566  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  72.22 
 
 		 181 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3813  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  72.07 
 
 		 183 aa  277  8e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4247  exonuclease  71.51 
 
 		 183 aa  276  9e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29850  Exonuclease  74.43 
 
 		 185 aa  276  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1621  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  70.95 
 
 		 183 aa  276  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2512  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  71.51 
 
 		 182 aa  273  9e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105502  normal  0.618089 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0286  exonuclease  42.7 
 
 		 192 aa  145  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.887668  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2846  exonuclease  41.81 
 
 		 194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1246  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.78 
 
 		 279 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0403  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.12 
 
 		 201 aa  115  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0199  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.22 
 
 		 227 aa  112  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0198  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.14 
 
 		 178 aa  100  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.183058  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5536  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.84 
 
 		 188 aa  96.3  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794333  normal  0.986186 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1896  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.26 
 
 		 196 aa  92  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1602  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.03 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.038144  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4730  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.81 
 
 		 181 aa  90.1  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0819226  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2192  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.65 
 
 		 186 aa  87.4  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0507  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.27 
 
 		 215 aa  72.4  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.589563  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2950  sporulation inhibitor KapD  29.05 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE01810  conserved hypothetical protein  37.23 
 
 		 602 aa  59.7  0.00000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3013  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1154  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.66 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259101  normal  0.239294 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3521  sporulation inhibitor KapD  24.86 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3247  exonuclease  25.16 
 
 		 281 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000808174  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3296  exonuclease  25.16 
 
 		 281 aa  53.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.1337599999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3332  exonuclease  25.16 
 
 		 281 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000115219  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3547  exonuclease  25.16 
 
 		 281 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.95667e-42 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.4 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02516  hypothetical protein  29.75 
 
 		 176 aa  52  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  26.63 
 
 		 203 aa  51.2  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0192  sporulation inhibitor KapD  25.65 
 
 		 207 aa  50.8  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5042  sporulation inhibitor KapD  25.65 
 
 		 207 aa  50.8  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4780  sporulation inhibitor KapD  25.4 
 
 		 207 aa  50.4  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5021  sporulation inhibitor KapD  25.4 
 
 		 207 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3552  exonuclease  24.16 
 
 		 281 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000804471  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5142  sporulation inhibitor KapD  25.4 
 
 		 207 aa  50.4  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4620  sporulation inhibitor KapD  25.4 
 
 		 207 aa  49.7  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3556  exonuclease  24.52 
 
 		 281 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000521125  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  26.55 
 
 		 273 aa  50.1  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5049  sporulation inhibitor KapD  26.18 
 
 		 207 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5054  sporulation inhibitor KapD  26.18 
 
 		 207 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  26.63 
 
 		 204 aa  49.3  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1671  exonuclease  24.52 
 
 		 281 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000109537  decreased coverage  8.31519e-23 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4642  sporulation inhibitor KapD  26.32 
 
 		 207 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003555  hypothetical protein  29.11 
 
 		 176 aa  49.3  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.014978  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  29.82 
 
 		 797 aa  48.5  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4732  sporulation inhibitor KapD  25.13 
 
 		 207 aa  48.5  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.98 
 
 		 342 aa  47.8  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.32 
 
 		 1367 aa  47.8  0.00009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.32 
 
 		 1367 aa  47.8  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3593  exonuclease  25.36 
 
 		 242 aa  47.4  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391718  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0992  hypothetical protein  28.76 
 
 		 176 aa  47.4  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.63 
 
 		 219 aa  46.2  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3646  exonuclease  23.23 
 
 		 281 aa  45.4  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3241  exonuclease  22.91 
 
 		 281 aa  45.4  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000143121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  25.44 
 
 		 204 aa  44.7  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  25.73 
 
 		 1464 aa  43.5  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  27.59 
 
 		 203 aa  42.7  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 930 aa  42  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 		 214 aa  42  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  24.56 
 
 		 1436 aa  41.6  0.006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  27.75 
 
 		 1390 aa  41.2  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1823  putative exonuclease  25.95 
 
 		 184 aa  41.2  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  26.11 
 
 		 720 aa  41.2  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 233 aa  41.2  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>