79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3951 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3951  exonuclease  100 
 
 		 180 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152362  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2023  exonuclease, putative  75.98 
 
 		 180 aa  293  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0659436  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3566  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  78.21 
 
 		 181 aa  292  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1832  exonuclease  75.42 
 
 		 181 aa  291  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.408826 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4247  exonuclease  77.09 
 
 		 183 aa  290  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1621  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  77.65 
 
 		 183 aa  288  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3813  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  77.09 
 
 		 183 aa  286  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44130  hypothetical protein  75.69 
 
 		 183 aa  275  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3753  hypothetical protein  74.59 
 
 		 183 aa  273  8e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2512  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  72.78 
 
 		 182 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105502  normal  0.618089 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29850  Exonuclease  70.06 
 
 		 185 aa  253  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0286  exonuclease  42.13 
 
 		 192 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.887668  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1246  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.89 
 
 		 279 aa  123  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2846  exonuclease  40.11 
 
 		 194 aa  122  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0403  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.22 
 
 		 201 aa  122  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0199  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.78 
 
 		 227 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0198  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.09 
 
 		 178 aa  102  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.183058  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1896  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.82 
 
 		 196 aa  101  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5536  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.29 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794333  normal  0.986186 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4730  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.88 
 
 		 181 aa  98.6  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0819226  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1602  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.11 
 
 		 180 aa  91.7  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.038144  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2192  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.67 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0507  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.67 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.589563  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2950  sporulation inhibitor KapD  29.61 
 
 		 209 aa  62  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3013  sporulation inhibitor KapD  28.42 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0992  hypothetical protein  32.95 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5021  sporulation inhibitor KapD  27.57 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4780  sporulation inhibitor KapD  27.57 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5142  sporulation inhibitor KapD  27.57 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3247  exonuclease  28.4 
 
 		 281 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000808174  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5049  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3547  exonuclease  28.4 
 
 		 281 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.95667e-42 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0192  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5042  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5054  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1154  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.48 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259101  normal  0.239294 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3552  exonuclease  26.37 
 
 		 281 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000804471  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4642  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3332  exonuclease  28.4 
 
 		 281 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000115219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3296  exonuclease  28.4 
 
 		 281 aa  53.5  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.1337599999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4620  sporulation inhibitor KapD  26.09 
 
 		 207 aa  52.8  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE01810  conserved hypothetical protein  35.79 
 
 		 602 aa  52.4  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3241  exonuclease  27.5 
 
 		 281 aa  51.6  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000143121  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1671  exonuclease  28.57 
 
 		 281 aa  51.6  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000109537  decreased coverage  8.31519e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3646  exonuclease  26.92 
 
 		 281 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3521  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3556  exonuclease  27.78 
 
 		 281 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000521125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4732  sporulation inhibitor KapD  25.54 
 
 		 207 aa  48.5  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3593  exonuclease  28.87 
 
 		 242 aa  48.1  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391718  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  26.55 
 
 		 273 aa  48.1  0.00006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2409  exonuclease family protein  21.71 
 
 		 300 aa  47  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.16874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2121  exonuclease family protein  21.71 
 
 		 300 aa  47.4  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  38.55 
 
 		 560 aa  47  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  29.82 
 
 		 1362 aa  47  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 		 565 aa  45.8  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2705  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.12 
 
 		 205 aa  45.8  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0133613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  27.84 
 
 		 1449 aa  45.4  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  27.84 
 
 		 1449 aa  45.4  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  27.22 
 
 		 208 aa  45.1  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  28.98 
 
 		 203 aa  44.7  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  27.06 
 
 		 204 aa  45.1  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1823  putative exonuclease  28.65 
 
 		 184 aa  44.7  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 		 605 aa  44.7  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  27.68 
 
 		 1367 aa  44.7  0.0007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  27.68 
 
 		 1367 aa  44.7  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  31.58 
 
 		 590 aa  44.3  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  33.73 
 
 		 1635 aa  44.3  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 		 219 aa  43.9  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 		 595 aa  43.1  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  28.16 
 
 		 203 aa  43.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  39.29 
 
 		 574 aa  43.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  38.64 
 
 		 235 aa  42.4  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  32.77 
 
 		 613 aa  42.7  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  32.18 
 
 		 797 aa  42.4  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 		 214 aa  41.2  0.007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08055  RNA binding protein (Arp), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G02160)  30.11 
 
 		 609 aa  41.6  0.007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.690514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  30.86 
 
 		 585 aa  40.8  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  26.16 
 
 		 277 aa  41.2  0.009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  26.74 
 
 		 215 aa  40.8  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>