53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2512 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2512  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 182 aa  368  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105502  normal  0.618089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44130  hypothetical protein  75.27 
 
 		 183 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3753  hypothetical protein  74.18 
 
 		 183 aa  275  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2023  exonuclease, putative  71.51 
 
 		 180 aa  273  9e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0659436  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1832  exonuclease  70.39 
 
 		 181 aa  269  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.408826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3951  exonuclease  72.78 
 
 		 180 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152362  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3566  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  72.63 
 
 		 181 aa  264  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3813  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  73.18 
 
 		 183 aa  263  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29850  Exonuclease  72.32 
 
 		 185 aa  262  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4247  exonuclease  72.07 
 
 		 183 aa  261  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1621  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  72.63 
 
 		 183 aa  262  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0286  exonuclease  44.94 
 
 		 192 aa  154  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.887668  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1246  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40 
 
 		 279 aa  124  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0403  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.66 
 
 		 201 aa  123  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2846  exonuclease  42.37 
 
 		 194 aa  121  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0199  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.22 
 
 		 227 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0198  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.67 
 
 		 178 aa  103  9e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.183058  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4730  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.3 
 
 		 181 aa  94.7  6e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0819226  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5536  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.29 
 
 		 188 aa  94.4  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794333  normal  0.986186 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1896  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.65 
 
 		 196 aa  94  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2192  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.89 
 
 		 186 aa  91.3  8e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1602  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.36 
 
 		 180 aa  81.3  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.038144  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5049  sporulation inhibitor KapD  29.35 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5054  sporulation inhibitor KapD  29.35 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0507  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.53 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.589563  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4642  sporulation inhibitor KapD  28.8 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5042  sporulation inhibitor KapD  28.8 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0192  sporulation inhibitor KapD  28.8 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4620  sporulation inhibitor KapD  28.26 
 
 		 207 aa  61.2  0.000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3521  sporulation inhibitor KapD  27.57 
 
 		 207 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4780  sporulation inhibitor KapD  28.26 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5021  sporulation inhibitor KapD  28.26 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5142  sporulation inhibitor KapD  28.26 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2950  sporulation inhibitor KapD  28 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4732  sporulation inhibitor KapD  27.72 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE01810  conserved hypothetical protein  40 
 
 		 602 aa  58.5  0.00000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3296  exonuclease  28.25 
 
 		 281 aa  57.8  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.1337599999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3247  exonuclease  28.25 
 
 		 281 aa  57.8  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000808174  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3332  exonuclease  28.25 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000115219  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3547  exonuclease  28.25 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.95667e-42 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3552  exonuclease  28.11 
 
 		 281 aa  55.5  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000804471  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3556  exonuclease  28.73 
 
 		 281 aa  55.5  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000521125  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3013  sporulation inhibitor KapD  27.07 
 
 		 206 aa  54.3  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1671  exonuclease  27.03 
 
 		 281 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000109537  decreased coverage  8.31519e-23 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1154  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.48 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259101  normal  0.239294 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3241  exonuclease  25.95 
 
 		 281 aa  53.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000143121  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3593  exonuclease  28.89 
 
 		 242 aa  51.6  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391718  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3646  exonuclease  25.95 
 
 		 281 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2705  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.38 
 
 		 205 aa  49.7  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0133613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.65 
 
 		 1367 aa  43.5  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.65 
 
 		 1367 aa  43.5  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 		 208 aa  42.7  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  28.49 
 
 		 204 aa  41.6  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>