77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4247 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4247  exonuclease  100 
 
 		 183 aa  377  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1621  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  96.72 
 
 		 183 aa  366  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3813  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  95.63 
 
 		 183 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3566  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  93.89 
 
 		 181 aa  349  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3951  exonuclease  77.09 
 
 		 180 aa  290  5e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152362  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1832  exonuclease  72.63 
 
 		 181 aa  280  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.408826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2023  exonuclease, putative  71.51 
 
 		 180 aa  276  9e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0659436  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2512  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  72.07 
 
 		 182 aa  261  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105502  normal  0.618089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3753  hypothetical protein  69.78 
 
 		 183 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44130  hypothetical protein  69.23 
 
 		 183 aa  256  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29850  Exonuclease  68.93 
 
 		 185 aa  252  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0286  exonuclease  42.29 
 
 		 192 aa  135  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.887668  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1246  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.11 
 
 		 279 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2846  exonuclease  41.81 
 
 		 194 aa  124  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0403  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.2 
 
 		 201 aa  121  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0199  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.08 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4730  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.56 
 
 		 181 aa  98.6  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0819226  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0198  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.67 
 
 		 178 aa  96.3  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.183058  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1896  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.75 
 
 		 196 aa  90.1  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5536  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.92 
 
 		 188 aa  87.8  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794333  normal  0.986186 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1602  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.44 
 
 		 180 aa  82.4  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.038144  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0507  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.9 
 
 		 215 aa  80.9  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.589563  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2192  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.09 
 
 		 186 aa  78.2  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2950  sporulation inhibitor KapD  30.72 
 
 		 209 aa  67  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3013  sporulation inhibitor KapD  26.9 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3296  exonuclease  28.02 
 
 		 281 aa  55.1  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.1337599999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3547  exonuclease  28.02 
 
 		 281 aa  55.1  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.95667e-42 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4620  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3332  exonuclease  28.02 
 
 		 281 aa  55.1  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000115219  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3247  exonuclease  28.02 
 
 		 281 aa  55.1  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000808174  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4780  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5021  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5142  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  28.09 
 
 		 273 aa  54.7  0.0000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3552  exonuclease  27.07 
 
 		 281 aa  54.7  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000804471  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4642  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02516  hypothetical protein  29.07 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5054  sporulation inhibitor KapD  26.92 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3241  exonuclease  25.81 
 
 		 281 aa  53.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000143121  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4732  sporulation inhibitor KapD  25.95 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE01810  conserved hypothetical protein  37.63 
 
 		 602 aa  53.5  0.000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5049  sporulation inhibitor KapD  26.92 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3646  exonuclease  27.47 
 
 		 281 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0192  sporulation inhibitor KapD  25.95 
 
 		 207 aa  51.6  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5042  sporulation inhibitor KapD  25.95 
 
 		 207 aa  51.6  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3556  exonuclease  26.37 
 
 		 281 aa  50.8  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000521125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1671  exonuclease  26.92 
 
 		 281 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000109537  decreased coverage  8.31519e-23 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3593  exonuclease  29.5 
 
 		 242 aa  50.4  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391718  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3521  sporulation inhibitor KapD  25.41 
 
 		 207 aa  50.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003555  hypothetical protein  27.91 
 
 		 176 aa  49.3  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.014978  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0992  hypothetical protein  28.65 
 
 		 176 aa  48.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.49 
 
 		 952 aa  47.8  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2121  exonuclease family protein  22.37 
 
 		 300 aa  47  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.48 
 
 		 208 aa  47  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 		 229 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  29.24 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  38.55 
 
 		 560 aa  47.4  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1154  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.91 
 
 		 195 aa  47  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259101  normal  0.239294 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2409  exonuclease family protein  22.37 
 
 		 300 aa  47  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.16874  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 		 239 aa  45.1  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0863  DNA polymerase III subunit epsilon  28.16 
 
 		 265 aa  44.7  0.0008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  25.82 
 
 		 1367 aa  44.3  0.0009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  25.82 
 
 		 1367 aa  44.3  0.0009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  29.14 
 
 		 601 aa  44.3  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 		 212 aa  43.9  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.93 
 
 		 229 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08055  RNA binding protein (Arp), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G02160)  33.04 
 
 		 609 aa  42.4  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.690514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1607  DNA polymerase III subunit epsilon  22.91 
 
 		 266 aa  42.4  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1027  DNA polymerase III subunit epsilon  25.84 
 
 		 254 aa  42.4  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.512461  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  32.14 
 
 		 1362 aa  42.4  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.32 
 
 		 715 aa  42  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0502  DNA polymerase III subunit epsilon  32.14 
 
 		 233 aa  42  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  38.64 
 
 		 235 aa  41.6  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1823  putative exonuclease  27.45 
 
 		 184 aa  41.6  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  25.14 
 
 		 1407 aa  41.6  0.007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 		 934 aa  41.2  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 		 934 aa  41.2  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>