76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3813 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3813  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 183 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4247  exonuclease  95.63 
 
 		 183 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1621  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  96.72 
 
 		 183 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3566  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  94.44 
 
 		 181 aa  347  6e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3951  exonuclease  77.09 
 
 		 180 aa  286  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152362  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1832  exonuclease  73.18 
 
 		 181 aa  280  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.408826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2023  exonuclease, putative  72.07 
 
 		 180 aa  277  8e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0659436  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2512  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  73.18 
 
 		 182 aa  263  8.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105502  normal  0.618089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3753  hypothetical protein  71.43 
 
 		 183 aa  259  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44130  hypothetical protein  71.43 
 
 		 183 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29850  Exonuclease  71.19 
 
 		 185 aa  257  8e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0286  exonuclease  42.86 
 
 		 192 aa  137  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.887668  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1246  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  41.34 
 
 		 279 aa  135  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0403  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.33 
 
 		 201 aa  124  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2846  exonuclease  42.37 
 
 		 194 aa  124  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0199  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.76 
 
 		 227 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4730  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.3 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0819226  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0198  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.67 
 
 		 178 aa  98.2  6e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.183058  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1896  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.43 
 
 		 196 aa  92  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5536  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.09 
 
 		 188 aa  88.6  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794333  normal  0.986186 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1602  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.93 
 
 		 180 aa  87.4  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.038144  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0507  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.34 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.589563  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2192  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.02 
 
 		 186 aa  76.6  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2950  sporulation inhibitor KapD  30.29 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5142  sporulation inhibitor KapD  29.19 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5021  sporulation inhibitor KapD  29.19 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4780  sporulation inhibitor KapD  29.19 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4642  sporulation inhibitor KapD  29.19 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5049  sporulation inhibitor KapD  29.12 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4732  sporulation inhibitor KapD  28.11 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5054  sporulation inhibitor KapD  29.12 
 
 		 207 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3013  sporulation inhibitor KapD  27.49 
 
 		 206 aa  61.2  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4620  sporulation inhibitor KapD  28.65 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0192  sporulation inhibitor KapD  27.57 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5042  sporulation inhibitor KapD  27.57 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3552  exonuclease  28.18 
 
 		 281 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000804471  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3521  sporulation inhibitor KapD  27.57 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE01810  conserved hypothetical protein  39.78 
 
 		 602 aa  55.8  0.0000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02516  hypothetical protein  30.64 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 		 273 aa  54.3  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3556  exonuclease  28.39 
 
 		 281 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000521125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1671  exonuclease  30.13 
 
 		 281 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000109537  decreased coverage  8.31519e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3296  exonuclease  27.74 
 
 		 281 aa  52.4  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.1337599999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3332  exonuclease  27.74 
 
 		 281 aa  52.4  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000115219  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3547  exonuclease  27.74 
 
 		 281 aa  52.4  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.95667e-42 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3247  exonuclease  27.74 
 
 		 281 aa  52.4  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000808174  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003555  hypothetical protein  29.48 
 
 		 176 aa  50.8  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.014978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3241  exonuclease  26.88 
 
 		 281 aa  50.8  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000143121  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2409  exonuclease family protein  23.03 
 
 		 300 aa  50.4  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.16874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2121  exonuclease family protein  23.03 
 
 		 300 aa  50.4  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3646  exonuclease  28.21 
 
 		 281 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0992  hypothetical protein  29.65 
 
 		 176 aa  49.7  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3593  exonuclease  28.06 
 
 		 242 aa  47.8  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391718  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1154  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.19 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259101  normal  0.239294 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.04 
 
 		 952 aa  47  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.78 
 
 		 934 aa  46.2  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  30.29 
 
 		 584 aa  45.4  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 		 229 aa  45.1  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  38.55 
 
 		 560 aa  45.1  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.71 
 
 		 934 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.04 
 
 		 921 aa  43.9  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 208 aa  43.9  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.71 
 
 		 934 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 		 934 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 		 934 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 		 934 aa  43.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1823  putative exonuclease  27.75 
 
 		 184 aa  43.1  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 		 934 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 		 934 aa  42.7  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 		 934 aa  42.7  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 		 934 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  36.47 
 
 		 221 aa  42  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  36.71 
 
 		 797 aa  41.6  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 		 212 aa  41.2  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.41 
 
 		 715 aa  41.2  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>