75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1965 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1965  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 180 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4200  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.89 
 
 		 187 aa  238  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.05 
 
 		 181 aa  195  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3679  hypothetical protein  64.08 
 
 		 107 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0147026 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5807  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.71 
 
 		 172 aa  100  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.983586  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0207  hypothetical protein  35.76 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0231  hypothetical protein  35.88 
 
 		 172 aa  98.6  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0220  hypothetical protein  35.76 
 
 		 172 aa  98.2  6e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0222  hypothetical protein  35.58 
 
 		 172 aa  92.4  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.95196  normal  0.077639 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8604  hypothetical protein  37.25 
 
 		 167 aa  91.7  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1014  hypothetical protein  34.83 
 
 		 186 aa  86.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2093  exonuclease  33.17 
 
 		 202 aa  82.4  0.000000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1271  hypothetical protein  31.15 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110411 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2806  hypothetical protein  31.15 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3269  hypothetical protein  30.86 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3269  hypothetical protein  30.68 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3434  hypothetical protein  31.84 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.175686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1932  exonuclease  30.94 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.151095  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3139  hypothetical protein  30.68 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3467  hypothetical protein  29.55 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0877  exonuclease  27.84 
 
 		 192 aa  72  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4318  hypothetical protein  28.09 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2968  hypothetical protein  29.38 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3904  hypothetical protein  29.38 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3401  hypothetical protein  29.38 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0989061  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1633  hypothetical protein  29.38 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.938043  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3823  hypothetical protein  29.38 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2908  hypothetical protein  29.38 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3152  hypothetical protein  32.59 
 
 		 218 aa  67.8  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0284  hypothetical protein  28.98 
 
 		 219 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.854109  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0198  hypothetical protein  28.98 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.453199  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0212  hypothetical protein  28.98 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.445275 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2822  hypothetical protein  28.98 
 
 		 219 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.707041  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0401  hypothetical protein  26.55 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3387  hypothetical protein  28.98 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0266  hypothetical protein  28.98 
 
 		 219 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.517994 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0119  hypothetical protein  27.84 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0193  hypothetical protein  30.29 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118338  hitchhiker  0.00000000330541 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2268  ribonuclease T  31.35 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.862019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00538  ribonuclease T  32.6 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0528077  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2458  ribonuclease T  32.97 
 
 		 216 aa  53.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.802877  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0728  ribonuclease T  32.09 
 
 		 226 aa  52.4  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4158  ribonuclease T  29.83 
 
 		 225 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02742  ribonuclease T  30.22 
 
 		 210 aa  51.2  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3895  ribonuclease T  29.83 
 
 		 225 aa  50.8  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1287  ribonuclease T  30 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1351  ribonuclease T  30 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0135397  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1085  ribonuclease T  29.28 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1126  ribonuclease T  29.28 
 
 		 224 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18700  ribonuclease T  28.18 
 
 		 224 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.145132 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1302  ribonuclease T  31.02 
 
 		 194 aa  48.9  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1619  ribonuclease T  28.18 
 
 		 224 aa  48.5  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.79735  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4520  ribonuclease T  27.87 
 
 		 224 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.02449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2429  ribonuclease T  28.73 
 
 		 231 aa  47.4  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.759564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1456  ribonuclease T  28.18 
 
 		 221 aa  46.6  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.527776  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4327  ribonuclease T  28.18 
 
 		 224 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  29.24 
 
 		 330 aa  45.4  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  29.24 
 
 		 330 aa  45.4  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  29.24 
 
 		 330 aa  45.4  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1114  ribonuclease T  28.18 
 
 		 224 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  26.82 
 
 		 235 aa  45.1  0.0006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1391  ribonuclease T  30.11 
 
 		 224 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.396287 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0300  ribonuclease T  28.42 
 
 		 224 aa  45.1  0.0006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.33 
 
 		 203 aa  44.7  0.0007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14060  ribonuclease T  28.42 
 
 		 202 aa  44.7  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1661  ribonuclease T  29.28 
 
 		 274 aa  43.9  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1866  ribonuclease T  29.08 
 
 		 246 aa  43.5  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00131644  normal  0.0390394 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1633  ribonuclease T  29.35 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000360038  hitchhiker  0.000696557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3473  ribonuclease T  27.32 
 
 		 231 aa  42.7  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  26.49 
 
 		 252 aa  42.7  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1154  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.47 
 
 		 195 aa  42.4  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259101  normal  0.239294 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  26.32 
 
 		 1440 aa  42.4  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  26.26 
 
 		 720 aa  42  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0501  ribonuclease T  27.12 
 
 		 218 aa  41.6  0.007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0645  ribonuclease T  27.78 
 
 		 241 aa  40.8  0.01  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.677543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>