236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_2458 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_2458  ribonuclease T  100 
 
 		 216 aa  448  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.802877  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0350  ribonuclease T  67.88 
 
 		 228 aa  280  9e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42903 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2268  ribonuclease T  63.02 
 
 		 216 aa  270  9e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.862019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0728  ribonuclease T  61.5 
 
 		 226 aa  265  5e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1619  ribonuclease T  61.66 
 
 		 224 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.79735  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18700  ribonuclease T  61.66 
 
 		 224 aa  260  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.145132 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2429  ribonuclease T  59.2 
 
 		 231 aa  255  4e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.759564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1114  ribonuclease T  60.1 
 
 		 224 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3895  ribonuclease T  59.59 
 
 		 225 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1126  ribonuclease T  60.1 
 
 		 224 aa  250  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4520  ribonuclease T  60.1 
 
 		 224 aa  250  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.02449 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1391  ribonuclease T  59.59 
 
 		 224 aa  249  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.396287 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4327  ribonuclease T  60.1 
 
 		 224 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1085  ribonuclease T  59.9 
 
 		 203 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106932  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4158  ribonuclease T  59.07 
 
 		 225 aa  247  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1531  ribonuclease T  60.21 
 
 		 222 aa  247  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.197134  normal  0.241323 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2199  ribonuclease T  55.5 
 
 		 226 aa  247  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.595371  hitchhiker  0.00000581969 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2506  ribonuclease T  57.07 
 
 		 221 aa  247  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14060  ribonuclease T  58.85 
 
 		 202 aa  245  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1520  ribonuclease T  51.58 
 
 		 257 aa  246  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0577175  normal  0.681349 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002938  ribonuclease T  53.33 
 
 		 214 aa  245  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000394372  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02991  ribonuclease T  53.33 
 
 		 214 aa  244  6.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1544  ribonuclease T  54.42 
 
 		 215 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.554445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1397  ribonuclease T  51.66 
 
 		 226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000120149  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1868  ribonuclease T  55.02 
 
 		 226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.216303  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2568  ribonuclease T  55.02 
 
 		 226 aa  242  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2755  ribonuclease T  52.63 
 
 		 222 aa  242  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1759  ribonuclease T  55.02 
 
 		 215 aa  242  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000523182  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2077  ribonuclease T  54.59 
 
 		 209 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1604  ribonuclease T  54.42 
 
 		 215 aa  241  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1531  ribonuclease T  54.42 
 
 		 215 aa  241  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.81711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1740  ribonuclease T  54.42 
 
 		 215 aa  241  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00194443  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1909  ribonuclease T  54.42 
 
 		 215 aa  241  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2545  ribonuclease T  52.15 
 
 		 223 aa  241  6e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000125683  hitchhiker  0.0000000175262 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1778  ribonuclease T  52.15 
 
 		 223 aa  241  6e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000746493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1739  ribonuclease T  52.15 
 
 		 223 aa  241  6e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000763816  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1735  ribonuclease T  52.15 
 
 		 223 aa  241  7e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000754481  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2540  ribonuclease T  52.63 
 
 		 222 aa  241  7e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1794  ribonuclease T  55.72 
 
 		 224 aa  241  7e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.109049  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3473  ribonuclease T  53.73 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2739  ribonuclease T  52.15 
 
 		 222 aa  240  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000161836  hitchhiker  0.000451945 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0527  ribonuclease T  53.81 
 
 		 243 aa  240  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000101499  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1988  ribonuclease T  55.22 
 
 		 215 aa  239  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1850  ribonuclease T  51.61 
 
 		 223 aa  239  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000591528  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01622  ribonuclease T  55.22 
 
 		 215 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0540348  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2364  ribonuclease T  55.22 
 
 		 215 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1729  ribonuclease T  55.22 
 
 		 215 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01612  hypothetical protein  55.22 
 
 		 215 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0578049  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1844  ribonuclease T  55.22 
 
 		 215 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1977  ribonuclease T  55.22 
 
 		 215 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.170755  hitchhiker  0.00113879 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1546  ribonuclease T  55.22 
 
 		 215 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  0.657229 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2375  ribonuclease T  53.73 
 
 		 222 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000351163  normal  0.329752 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2447  ribonuclease T  53.73 
 
 		 222 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000116461  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1863  ribonuclease T  55.22 
 
 		 215 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.135732  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2385  ribonuclease T  55.02 
 
 		 223 aa  238  5e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0167921  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2128  ribonuclease T  58.25 
 
 		 221 aa  238  5e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.714224  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1302  ribonuclease T  61.46 
 
 		 194 aa  238  5e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1351  ribonuclease T  60.1 
 
 		 210 aa  236  1e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0135397  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2093  ribonuclease T  51.67 
 
 		 258 aa  237  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000154544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2669  ribonuclease T  56.22 
 
 		 223 aa  236  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134256  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1287  ribonuclease T  60.1 
 
 		 210 aa  236  2e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1456  ribonuclease T  49.54 
 
 		 221 aa  235  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.527776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00538  ribonuclease T  57.79 
 
 		 211 aa  235  3e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0528077  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1862  ribonuclease T  53.81 
 
 		 221 aa  235  4e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1719  ribonuclease T  53.27 
 
 		 226 aa  235  4e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00130888  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1600  ribonuclease T  52.15 
 
 		 224 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000738709  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1399  ribonuclease T  53.12 
 
 		 211 aa  229  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415119  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2571  ribonuclease T  51.74 
 
 		 232 aa  228  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000796721  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1687  ribonuclease T  55.73 
 
 		 225 aa  228  7e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02742  ribonuclease T  50.99 
 
 		 210 aa  228  7e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0597  ribonuclease T  54.92 
 
 		 207 aa  228  8e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0238382  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0645  ribonuclease T  57.81 
 
 		 241 aa  225  3e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.677543  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1661  ribonuclease T  53.59 
 
 		 274 aa  225  4e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2450  ribonuclease T  52.36 
 
 		 207 aa  223  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299626  normal  0.086285 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0501  ribonuclease T  50.74 
 
 		 218 aa  223  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1633  ribonuclease T  51.72 
 
 		 239 aa  222  4e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000360038  hitchhiker  0.000696557 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0085  ribonuclease T  52.74 
 
 		 218 aa  222  4e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.169544  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2894  ribonuclease T  54.69 
 
 		 207 aa  221  4.9999999999999996e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1866  ribonuclease T  50.74 
 
 		 246 aa  220  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00131644  normal  0.0390394 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3036  ribonuclease T  54.17 
 
 		 207 aa  219  3e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0300  ribonuclease T  51.31 
 
 		 224 aa  214  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0251  ribonuclease T  55.73 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0427  ribonuclease T  55.73 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0923721  hitchhiker  0.000000000415989 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  31.69 
 
 		 1440 aa  66.6  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1390 aa  58.5  0.00000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  30 
 
 		 695 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 		 695 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  30.98 
 
 		 1433 aa  57  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.08 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  32.51 
 
 		 616 aa  56.6  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl288  DNA polymerase III alpha subunit  27.36 
 
 		 1493 aa  55.8  0.0000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.89 
 
 		 695 aa  55.5  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  28.57 
 
 		 1438 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.53 
 
 		 659 aa  54.3  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  28.57 
 
 		 1438 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  29.35 
 
 		 1433 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  29.35 
 
 		 1433 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  29.35 
 
 		 954 aa  53.9  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 		 180 aa  54.3  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  29.35 
 
 		 1433 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>