100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0483 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0483  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 111 aa  229  8.000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  46.79 
 
 		 109 aa  92.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0780  cupin 2 domain-containing protein  49.44 
 
 		 106 aa  92.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2699  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46 
 
 		 113 aa  90.1  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145082  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3287  cupin 2 domain-containing protein  46.67 
 
 		 107 aa  89  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.927122  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11503  putative pectin degradation protein  41.58 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380023  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  34.62 
 
 		 111 aa  79.3  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0257  cupin 2 domain-containing protein  39.33 
 
 		 130 aa  78.6  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2840  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.22 
 
 		 118 aa  78.2  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.862394  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 111 aa  75.5  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7186  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.22 
 
 		 109 aa  75.1  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.45 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3670  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 107 aa  73.9  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183912  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40 
 
 		 112 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.11 
 
 		 114 aa  73.9  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.219448 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.89 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.45 
 
 		 120 aa  72.4  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2189  cupin 2 domain-containing protein  39.6 
 
 		 116 aa  71.2  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.525757  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1659  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.56 
 
 		 108 aa  70.5  0.000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  35.96 
 
 		 100 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 		 115 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2135  cupin 2 domain-containing protein  35.96 
 
 		 100 aa  67  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.769565  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0483  hypothetical protein  35.96 
 
 		 100 aa  67  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1396  cupin 2 domain-containing protein  39.71 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3893  pectin degradation protein  38.2 
 
 		 113 aa  62.4  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.38 
 
 		 113 aa  60.8  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  34.52 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  34.52 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  34.52 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  34.52 
 
 		 169 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  32.91 
 
 		 110 aa  59.7  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1863  cupin 2 domain-containing protein  35.82 
 
 		 100 aa  58.5  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.524548 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.62 
 
 		 110 aa  57  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.072688  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1696  cupin domain-containing protein  34.44 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1805  cupin 2 domain-containing protein  34.44 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241802  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.5 
 
 		 115 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2641  pectin degradation protein  34.83 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.229328 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2655  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  33.85 
 
 		 114 aa  55.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.104374  hitchhiker  0.00638268 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  31.52 
 
 		 111 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.84 
 
 		 110 aa  54.7  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258222  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.02 
 
 		 112 aa  53.9  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124018 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.98 
 
 		 110 aa  52.8  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.34 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8499800000000002e-33 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.71 
 
 		 181 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.58 
 
 		 110 aa  52.4  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1005  cupin 2 domain-containing protein  28.18 
 
 		 114 aa  52.4  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.91 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3197  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.43 
 
 		 191 aa  51.2  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229687  normal  0.39078 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0506  hypothetical protein  31.82 
 
 		 126 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0871689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1190  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.86 
 
 		 113 aa  50.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1623  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.31 
 
 		 112 aa  50.8  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1482  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.59 
 
 		 94 aa  50.4  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.336107  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3856  cupin 2, barrel  30.23 
 
 		 123 aa  50.4  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.875667 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  29.07 
 
 		 112 aa  50.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  29.85 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.12 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0833  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.53 
 
 		 117 aa  48.9  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  27.78 
 
 		 503 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.09 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00344723  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0847  cupin 2 domain-containing protein  27.54 
 
 		 116 aa  47.4  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.89 
 
 		 503 aa  47.8  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0837  cupin 2 domain-containing protein  30.88 
 
 		 125 aa  47.4  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168826 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4192  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.51 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  hitchhiker  0.00969198 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.36 
 
 		 111 aa  45.4  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 179 aa  45.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1491  cupin:protein of unknown function DUF861  28.81 
 
 		 133 aa  44.7  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 192 aa  44.7  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  31.58 
 
 		 133 aa  44.3  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1368  hypothetical protein  27.38 
 
 		 116 aa  44.3  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.505892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  28.43 
 
 		 184 aa  44.3  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0348  hypothetical protein  34.33 
 
 		 135 aa  42.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 188 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 204 aa  42.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  27.69 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  33.33 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03510  hypothetical protein  33.82 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866507  hitchhiker  0.00000000000000348857 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 234 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.21 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3290  cupin 2 domain-containing protein  29.23 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  34.67 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  34.67 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3749  hypothetical protein  24.37 
 
 		 301 aa  41.6  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 179 aa  41.6  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3791  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.17 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.302037  normal  0.0222415 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3737  cupin 2 domain-containing protein  28.36 
 
 		 135 aa  41.6  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.107824  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36360  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.89 
 
 		 280 aa  41.6  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 		 180 aa  41.2  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  29.07 
 
 		 186 aa  40.8  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  38.6 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  40.4  0.008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 199 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2188  cupin 2 domain-containing protein  27.54 
 
 		 101 aa  40.4  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000987781  hitchhiker  0.00000388875 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 199 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.12 
 
 		 128 aa  40.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>