67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3283 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 		 114 aa  233  6e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.219448 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11503  putative pectin degradation protein  53.21 
 
 		 130 aa  135  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380023  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  52.68 
 
 		 115 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  54.05 
 
 		 120 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.64 
 
 		 121 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2189  cupin 2 domain-containing protein  53.21 
 
 		 116 aa  125  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.525757  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2699  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.22 
 
 		 113 aa  123  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145082  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7186  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50 
 
 		 109 aa  122  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0257  cupin 2 domain-containing protein  50.93 
 
 		 130 aa  117  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2840  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.67 
 
 		 118 aa  116  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.862394  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  51.43 
 
 		 109 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3287  cupin 2 domain-containing protein  51.89 
 
 		 107 aa  113  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.927122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3670  cupin 2 domain-containing protein  44.34 
 
 		 107 aa  106  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183912  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0780  cupin 2 domain-containing protein  45.71 
 
 		 106 aa  106  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3893  pectin degradation protein  47.31 
 
 		 113 aa  92.8  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.71 
 
 		 112 aa  91.3  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.82 
 
 		 112 aa  88.6  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1696  cupin domain-containing protein  41.12 
 
 		 110 aa  87.8  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1805  cupin 2 domain-containing protein  41.12 
 
 		 110 aa  87.8  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241802  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0483  hypothetical protein  43.96 
 
 		 100 aa  86.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1659  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42 
 
 		 108 aa  86.3  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2135  cupin 2 domain-containing protein  43.96 
 
 		 100 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.769565  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2641  pectin degradation protein  40.57 
 
 		 116 aa  86.3  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.229328 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  41.12 
 
 		 111 aa  85.9  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.59 
 
 		 110 aa  84  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258222  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.59 
 
 		 110 aa  84  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246266  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  40.22 
 
 		 100 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.67 
 
 		 110 aa  82.8  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.072688  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  42.71 
 
 		 111 aa  81.6  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.74 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0483  cupin 2 domain-containing protein  41.11 
 
 		 111 aa  73.9  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.13 
 
 		 107 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8499800000000002e-33 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.96 
 
 		 107 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00344723  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.07 
 
 		 113 aa  63.5  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  33.7 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.27 
 
 		 113 aa  60.1  0.000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0833  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.91 
 
 		 117 aa  60.1  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  29.79 
 
 		 111 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.88 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124018 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2655  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  36.59 
 
 		 114 aa  58.5  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.104374  hitchhiker  0.00638268 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  31.73 
 
 		 169 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  31.73 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  31.73 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  29.81 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  32.97 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4192  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.71 
 
 		 110 aa  54.7  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  hitchhiker  0.00969198 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  29.79 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1396  cupin 2 domain-containing protein  32.29 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1368  hypothetical protein  29.25 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.505892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1005  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 		 114 aa  52.8  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1863  cupin 2 domain-containing protein  39.44 
 
 		 100 aa  50.8  0.000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.524548 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.75 
 
 		 141 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2188  cupin 2 domain-containing protein  29.17 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000987781  hitchhiker  0.00000388875 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0837  cupin 2 domain-containing protein  30.93 
 
 		 125 aa  47.4  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168826 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1623  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30 
 
 		 112 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.09 
 
 		 115 aa  45.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0847  cupin 2 domain-containing protein  32.98 
 
 		 116 aa  45.4  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3290  cupin 2 domain-containing protein  30.56 
 
 		 126 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3664  hypothetical protein  42.37 
 
 		 235 aa  44.3  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 140 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0542  cupin 2, barrel  27.96 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  35.71 
 
 		 141 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.53 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  29.47 
 
 		 109 aa  42.7  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.27 
 
 		 113 aa  42  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  37.29 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>