86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3670 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3670  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 107 aa  223  9e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183912  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7186  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.6 
 
 		 109 aa  126  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.21 
 
 		 112 aa  122  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  54.17 
 
 		 112 aa  120  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  49.06 
 
 		 109 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0780  cupin 2 domain-containing protein  48.11 
 
 		 106 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.76 
 
 		 120 aa  110  5e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2189  cupin 2 domain-containing protein  52.17 
 
 		 116 aa  110  6e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.525757  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2840  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.67 
 
 		 118 aa  110  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.862394  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2699  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.65 
 
 		 113 aa  107  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145082  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3287  cupin 2 domain-containing protein  46.73 
 
 		 107 aa  107  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.927122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.34 
 
 		 114 aa  106  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.219448 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11503  putative pectin degradation protein  47.83 
 
 		 130 aa  105  3e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380023  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3893  pectin degradation protein  53.85 
 
 		 113 aa  103  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  40.57 
 
 		 115 aa  99.4  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.9 
 
 		 121 aa  100  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  50 
 
 		 111 aa  99  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0257  cupin 2 domain-containing protein  40.21 
 
 		 130 aa  99  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0483  hypothetical protein  45.45 
 
 		 100 aa  96.7  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2135  cupin 2 domain-containing protein  45.45 
 
 		 100 aa  96.3  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.769565  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1696  cupin domain-containing protein  43.52 
 
 		 110 aa  95.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1805  cupin 2 domain-containing protein  43.52 
 
 		 110 aa  95.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241802  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.54 
 
 		 110 aa  94.7  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246266  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  49.46 
 
 		 110 aa  94.7  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258222  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2641  pectin degradation protein  42.99 
 
 		 116 aa  93.6  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.229328 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  49.46 
 
 		 110 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.072688  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.39 
 
 		 110 aa  92  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  43.43 
 
 		 100 aa  90.1  9e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  39.05 
 
 		 111 aa  89.7  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1659  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.27 
 
 		 108 aa  83.6  9e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  35.79 
 
 		 111 aa  81.6  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  34.74 
 
 		 111 aa  80.1  0.000000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.85 
 
 		 107 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8499800000000002e-33 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 112 aa  78.6  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.66 
 
 		 107 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00344723  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1005  cupin 2 domain-containing protein  35.64 
 
 		 114 aa  73.9  0.0000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0483  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 111 aa  73.9  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.69 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4192  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.24 
 
 		 110 aa  66.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  hitchhiker  0.00969198 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.21 
 
 		 112 aa  65.5  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124018 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  33.7 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.43 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36 
 
 		 113 aa  59.3  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.25 
 
 		 113 aa  57  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1863  cupin 2 domain-containing protein  32.63 
 
 		 100 aa  57  0.00000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.524548 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  34.04 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2655  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  30.11 
 
 		 114 aa  55.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.104374  hitchhiker  0.00638268 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.35 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.97 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.36 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  32.98 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  32.98 
 
 		 169 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  32.98 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1396  cupin 2 domain-containing protein  31.17 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0833  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.42 
 
 		 117 aa  52.8  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.7 
 
 		 113 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30 
 
 		 112 aa  52  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30 
 
 		 121 aa  52  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  28.42 
 
 		 109 aa  50.4  0.000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1368  hypothetical protein  27.96 
 
 		 116 aa  50.4  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.505892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4592  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  30 
 
 		 141 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0542  cupin 2, barrel  29.03 
 
 		 122 aa  50.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1603  cupin 2 domain-containing protein  30.49 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.664487  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2188  cupin 2 domain-containing protein  25.77 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000987781  hitchhiker  0.00000388875 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3290  cupin 2 domain-containing protein  32.05 
 
 		 126 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30 
 
 		 132 aa  44.3  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0837  cupin 2 domain-containing protein  29.03 
 
 		 125 aa  44.3  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168826 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1980  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.34 
 
 		 130 aa  44.3  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1457  hypothetical protein  28.05 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2195  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.89 
 
 		 189 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192313  decreased coverage  0.00112961 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 211 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  30.51 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 211 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 261 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 184 aa  42.7  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3249  cupin 2 domain-containing protein  23.68 
 
 		 129 aa  41.6  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5176  hypothetical protein  29.03 
 
 		 253 aa  41.6  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0847  cupin 2 domain-containing protein  26.88 
 
 		 116 aa  42  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 432 aa  41.6  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  28.33 
 
 		 129 aa  40.8  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.36 
 
 		 128 aa  40.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0708  Nucleotidyl transferase  24.21 
 
 		 334 aa  40.4  0.008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.509912  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  26.44 
 
 		 140 aa  40.4  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  27.12 
 
 		 133 aa  40.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3410  cupin 2 domain-containing protein  28.79 
 
 		 126 aa  40  0.01  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>