72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3105 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 115 aa  236  9e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.68 
 
 		 114 aa  134  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.219448 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11503  putative pectin degradation protein  49.54 
 
 		 130 aa  119  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380023  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0257  cupin 2 domain-containing protein  54.17 
 
 		 130 aa  116  7.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2840  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.96 
 
 		 118 aa  111  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.862394  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2189  cupin 2 domain-containing protein  45.87 
 
 		 116 aa  111  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.525757  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.79 
 
 		 120 aa  110  5e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.18 
 
 		 121 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3287  cupin 2 domain-containing protein  44.34 
 
 		 107 aa  104  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.927122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2699  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.71 
 
 		 113 aa  101  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145082  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7186  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.3 
 
 		 109 aa  101  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  39.62 
 
 		 109 aa  100  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1659  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.1 
 
 		 108 aa  100  7e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3670  cupin 2 domain-containing protein  40.57 
 
 		 107 aa  99.4  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183912  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0780  cupin 2 domain-containing protein  34.29 
 
 		 106 aa  90.1  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.07 
 
 		 112 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.18 
 
 		 112 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1805  cupin 2 domain-containing protein  41.12 
 
 		 110 aa  86.3  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241802  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2641  pectin degradation protein  41.51 
 
 		 116 aa  86.3  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.229328 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1696  cupin domain-containing protein  41.12 
 
 		 110 aa  86.3  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.72 
 
 		 110 aa  84.7  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.072688  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.75 
 
 		 110 aa  83.6  8e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258222  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.75 
 
 		 110 aa  82  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246266  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  42.45 
 
 		 111 aa  80.5  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.53 
 
 		 110 aa  80.5  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3893  pectin degradation protein  42.27 
 
 		 113 aa  77.8  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  35.71 
 
 		 111 aa  77  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0483  hypothetical protein  38.46 
 
 		 100 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  40.66 
 
 		 100 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2135  cupin 2 domain-containing protein  38.46 
 
 		 100 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.769565  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.48 
 
 		 107 aa  70.5  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8499800000000002e-33 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0483  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 		 111 aa  67.4  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  28.42 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  26.32 
 
 		 111 aa  63.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.52 
 
 		 107 aa  63.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00344723  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.75 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124018 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4192  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.74 
 
 		 110 aa  57.8  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  hitchhiker  0.00969198 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1396  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 102 aa  57  0.0000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 		 112 aa  54.3  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0833  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.47 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2188  cupin 2 domain-containing protein  31.18 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000987781  hitchhiker  0.00000388875 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1005  cupin 2 domain-containing protein  29.29 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  36.92 
 
 		 109 aa  50.8  0.000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 113 aa  50.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.88 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  37.04 
 
 		 140 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  36.51 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1368  hypothetical protein  27.72 
 
 		 116 aa  48.5  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.505892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2655  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  32.93 
 
 		 114 aa  48.9  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.104374  hitchhiker  0.00638268 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.31 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1863  cupin 2 domain-containing protein  35.48 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.524548 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0847  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 116 aa  48.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0837  cupin 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 125 aa  47.8  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168826 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1623  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.18 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  26.85 
 
 		 138 aa  47.4  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.26 
 
 		 115 aa  47  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  38.57 
 
 		 141 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  26.61 
 
 		 137 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  25.69 
 
 		 137 aa  45.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  26.61 
 
 		 169 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  38.98 
 
 		 135 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0542  cupin 2, barrel  28.42 
 
 		 122 aa  44.7  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.31 
 
 		 111 aa  43.5  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  35.71 
 
 		 133 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4592  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.73 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.27 
 
 		 141 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.72 
 
 		 113 aa  41.6  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3290  cupin 2 domain-containing protein  28.24 
 
 		 126 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0708  Nucleotidyl transferase  25 
 
 		 334 aa  41.2  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.509912  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.14 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  35.48 
 
 		 129 aa  40.4  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1457  hypothetical protein  35.21 
 
 		 106 aa  40.4  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>