71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0483 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0483  hypothetical protein  100 
 
 		 100 aa  204  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2135  cupin 2 domain-containing protein  98 
 
 		 100 aa  201  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.769565  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  84 
 
 		 100 aa  174  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3893  pectin degradation protein  61.62 
 
 		 113 aa  126  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0780  cupin 2 domain-containing protein  48.35 
 
 		 106 aa  99  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  50 
 
 		 111 aa  96.3  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3670  cupin 2 domain-containing protein  45.45 
 
 		 107 aa  96.7  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183912  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  48.35 
 
 		 109 aa  96.3  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.65 
 
 		 120 aa  95.9  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3287  cupin 2 domain-containing protein  48.35 
 
 		 107 aa  95.5  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.927122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7186  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.24 
 
 		 109 aa  94.4  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.71 
 
 		 112 aa  90.5  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  47.25 
 
 		 111 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.71 
 
 		 112 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0257  cupin 2 domain-containing protein  45.65 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.96 
 
 		 114 aa  86.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.219448 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11503  putative pectin degradation protein  42.86 
 
 		 130 aa  85.9  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380023  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2189  cupin 2 domain-containing protein  46.15 
 
 		 116 aa  85.5  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.525757  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.15 
 
 		 121 aa  84  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2699  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.66 
 
 		 113 aa  82.4  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145082  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1659  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.71 
 
 		 108 aa  80.9  0.000000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2840  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.66 
 
 		 118 aa  79.7  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.862394  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  36.96 
 
 		 111 aa  75.5  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  37.36 
 
 		 112 aa  75.1  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  38.46 
 
 		 115 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  35.87 
 
 		 111 aa  72  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.26 
 
 		 115 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.07 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00344723  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0483  cupin 2 domain-containing protein  35.96 
 
 		 111 aa  67  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.97 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8499800000000002e-33 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.63 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246266  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.56 
 
 		 110 aa  62.8  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258222  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1805  cupin 2 domain-containing protein  36.56 
 
 		 110 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1696  cupin domain-containing protein  36.56 
 
 		 110 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2641  pectin degradation protein  35.87 
 
 		 116 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.229328 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.52 
 
 		 113 aa  61.6  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.56 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  36.56 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  36.56 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  33.7 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  36.56 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  36.56 
 
 		 169 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.78 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.41 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.072688  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1005  cupin 2 domain-containing protein  30.38 
 
 		 114 aa  57  0.00000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34 
 
 		 113 aa  56.2  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2655  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  37.97 
 
 		 114 aa  55.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.104374  hitchhiker  0.00638268 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0542  cupin 2, barrel  36.56 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  32.05 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.97 
 
 		 121 aa  50.8  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0833  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.58 
 
 		 117 aa  49.7  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2188  cupin 2 domain-containing protein  32.53 
 
 		 101 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000987781  hitchhiker  0.00000388875 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4192  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.07 
 
 		 110 aa  50.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  hitchhiker  0.00969198 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1482  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.37 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.336107  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1396  cupin 2 domain-containing protein  31.08 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1863  cupin 2 domain-containing protein  34.25 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.524548 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.26 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1024  cupin 2 domain-containing protein  36.25 
 
 		 102 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0831873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3290  cupin 2 domain-containing protein  30.14 
 
 		 126 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.97 
 
 		 113 aa  46.2  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  30.69 
 
 		 132 aa  43.5  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0837  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0633  cupin 2 domain-containing protein  46.51 
 
 		 158 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.643791  normal  0.229137 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.14 
 
 		 112 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124018 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2960  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 112 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  30.85 
 
 		 141 aa  41.6  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.18 
 
 		 151 aa  41.2  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2600  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.16 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.556264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5217  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.42 
 
 		 112 aa  40.8  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.181963  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2121  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.76 
 
 		 121 aa  40.4  0.009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.625862  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.94 
 
 		 112 aa  40  0.01  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>