59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1911 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 110 aa  226  8e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258222  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  95.45 
 
 		 110 aa  216  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.072688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  92.73 
 
 		 110 aa  211  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246266  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  89.09 
 
 		 110 aa  203  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1696  cupin domain-containing protein  80 
 
 		 110 aa  187  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1805  cupin 2 domain-containing protein  80 
 
 		 110 aa  187  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241802  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2641  pectin degradation protein  79.82 
 
 		 116 aa  186  9e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.229328 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7186  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.91 
 
 		 109 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2840  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.71 
 
 		 118 aa  106  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.862394  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.46 
 
 		 120 aa  105  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2699  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.6 
 
 		 113 aa  104  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145082  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11503  putative pectin degradation protein  45.87 
 
 		 130 aa  103  6e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380023  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0780  cupin 2 domain-containing protein  47.66 
 
 		 106 aa  99.8  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  47.66 
 
 		 109 aa  98.6  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2189  cupin 2 domain-containing protein  45.87 
 
 		 116 aa  97.8  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.525757  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.95 
 
 		 121 aa  94.7  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3670  cupin 2 domain-containing protein  49.46 
 
 		 107 aa  94.7  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183912  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.48 
 
 		 112 aa  93.2  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.47 
 
 		 112 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  45.1 
 
 		 111 aa  91.3  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1659  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.81 
 
 		 108 aa  90.9  5e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.59 
 
 		 114 aa  84  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.219448 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  41.75 
 
 		 115 aa  83.6  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3287  cupin 2 domain-containing protein  41.18 
 
 		 107 aa  83.6  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.927122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0257  cupin 2 domain-containing protein  40.82 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3893  pectin degradation protein  42 
 
 		 113 aa  72.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.92 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8499800000000002e-33 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  37.37 
 
 		 111 aa  67  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  38.38 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  34.55 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2135  cupin 2 domain-containing protein  36.56 
 
 		 100 aa  62.8  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.769565  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0483  hypothetical protein  36.56 
 
 		 100 aa  62.8  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.71 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00344723  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  35.48 
 
 		 100 aa  58.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  35.35 
 
 		 112 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0483  cupin 2 domain-containing protein  36.84 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.97 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0542  cupin 2, barrel  34.74 
 
 		 122 aa  52  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.12 
 
 		 111 aa  51.6  0.000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0847  cupin 2 domain-containing protein  30.49 
 
 		 116 aa  50.4  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4192  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.28 
 
 		 110 aa  50.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  hitchhiker  0.00969198 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.92 
 
 		 113 aa  48.9  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4592  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.93 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.1 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.03 
 
 		 115 aa  45.4  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0833  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.84 
 
 		 117 aa  45.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.1 
 
 		 121 aa  45.1  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1005  cupin 2 domain-containing protein  30.61 
 
 		 114 aa  44.7  0.0005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 109 aa  44.3  0.0006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.93 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  26.21 
 
 		 110 aa  42.7  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2352  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.63 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1368  hypothetical protein  25.45 
 
 		 116 aa  41.6  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.505892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0708  Nucleotidyl transferase  24.66 
 
 		 334 aa  42  0.003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.509912  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.89 
 
 		 112 aa  40.4  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124018 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0837  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 		 125 aa  40.4  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168826 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5450  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.29 
 
 		 137 aa  40.4  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1396  cupin 2 domain-containing protein  27.27 
 
 		 102 aa  40.4  0.009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>