76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1168 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 121 aa  246  9e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.08 
 
 		 120 aa  133  7.000000000000001e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2840  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.9 
 
 		 118 aa  130  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.862394  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.64 
 
 		 114 aa  126  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.219448 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11503  putative pectin degradation protein  46.61 
 
 		 130 aa  120  9e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380023  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2699  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.64 
 
 		 113 aa  117  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145082  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  48.57 
 
 		 109 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7186  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.57 
 
 		 109 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0257  cupin 2 domain-containing protein  50 
 
 		 130 aa  114  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2189  cupin 2 domain-containing protein  48.25 
 
 		 116 aa  114  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.525757  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0780  cupin 2 domain-containing protein  49.52 
 
 		 106 aa  113  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  48.18 
 
 		 115 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3287  cupin 2 domain-containing protein  46.67 
 
 		 107 aa  104  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.927122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3670  cupin 2 domain-containing protein  41.9 
 
 		 107 aa  100  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183912  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.55 
 
 		 112 aa  99.4  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  45.37 
 
 		 111 aa  99.8  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.55 
 
 		 112 aa  98.2  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1696  cupin domain-containing protein  45.87 
 
 		 110 aa  97.1  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1805  cupin 2 domain-containing protein  45.87 
 
 		 110 aa  97.1  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241802  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2641  pectin degradation protein  45.37 
 
 		 116 aa  95.5  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.229328 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2204  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.87 
 
 		 110 aa  95.1  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.072688  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.95 
 
 		 110 aa  94.7  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258222  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.95 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246266  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3893  pectin degradation protein  48.42 
 
 		 113 aa  92.8  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2030  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.04 
 
 		 110 aa  92.4  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0274  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  47.42 
 
 		 111 aa  91.3  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1659  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.27 
 
 		 108 aa  85.1  3e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2408  cupin 2 domain-containing protein  47.25 
 
 		 100 aa  84.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2135  cupin 2 domain-containing protein  46.15 
 
 		 100 aa  84  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.769565  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0483  hypothetical protein  46.15 
 
 		 100 aa  84  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0833  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.97 
 
 		 117 aa  75.5  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2268  cupin 2 domain-containing protein  37.14 
 
 		 111 aa  75.5  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0483  cupin 2 domain-containing protein  40.45 
 
 		 111 aa  73.9  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.14 
 
 		 107 aa  72  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8499800000000002e-33 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.91 
 
 		 113 aa  71.2  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  36.27 
 
 		 112 aa  70.9  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  35.58 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3323  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.46 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00344723  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  37.36 
 
 		 110 aa  63.9  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1005  cupin 2 domain-containing protein  39.33 
 
 		 114 aa  63.5  0.0000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2655  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  40 
 
 		 114 aa  62  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.104374  hitchhiker  0.00638268 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.46 
 
 		 113 aa  60.1  0.000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  35.29 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2403  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 115 aa  57.4  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  35 
 
 		 137 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  31.93 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.52 
 
 		 107 aa  55.5  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1368  hypothetical protein  26.61 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.505892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  35 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1396  cupin 2 domain-containing protein  30.93 
 
 		 102 aa  53.5  0.0000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1863  cupin 2 domain-containing protein  32.29 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.524548 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3290  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.22 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124018 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.77 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  28.12 
 
 		 109 aa  48.1  0.00004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  36.23 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1504  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.83 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.220487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4192  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.72 
 
 		 110 aa  47.4  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  hitchhiker  0.00969198 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  35.16 
 
 		 140 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1482  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.9 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.336107  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0847  cupin 2 domain-containing protein  33.64 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.443195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  40.85 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.14 
 
 		 181 aa  45.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.16 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1623  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.92 
 
 		 112 aa  45.4  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.47 
 
 		 121 aa  44.7  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0452  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.38 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2638  cupin 2, barrel  43.1 
 
 		 135 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.746968  hitchhiker  0.000814118 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3146  cupin 2 domain-containing protein  28.21 
 
 		 134 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0542  cupin 2, barrel  27.84 
 
 		 122 aa  41.6  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  36.51 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0295  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.81 
 
 		 134 aa  40.8  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2188  cupin 2 domain-containing protein  26.8 
 
 		 101 aa  40.4  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000987781  hitchhiker  0.00000388875 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.64 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.77 
 
 		 132 aa  40.4  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>