More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3998 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3998  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 74 aa  152  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00426277  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  66.2 
 
 		 318 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  68.57 
 
 		 319 aa  100  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  64.79 
 
 		 319 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  64.79 
 
 		 319 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  64.79 
 
 		 319 aa  98.2  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  62.5 
 
 		 322 aa  97.8  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  62.5 
 
 		 319 aa  97.4  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  61.11 
 
 		 319 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  61.11 
 
 		 319 aa  96.3  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  64.29 
 
 		 319 aa  94.7  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  61.43 
 
 		 319 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  57.97 
 
 		 327 aa  90.9  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  55.56 
 
 		 338 aa  84.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  51.39 
 
 		 330 aa  84.3  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  54.79 
 
 		 320 aa  84.3  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  54.17 
 
 		 327 aa  82.4  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  50 
 
 		 333 aa  82.4  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  50.68 
 
 		 334 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  53.52 
 
 		 322 aa  81.3  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  52.86 
 
 		 373 aa  81.3  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  53.33 
 
 		 325 aa  80.5  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  53.52 
 
 		 320 aa  80.5  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  49.32 
 
 		 335 aa  79.3  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  52.78 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  51.43 
 
 		 337 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  51.43 
 
 		 159 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  48.61 
 
 		 329 aa  77.4  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  49.32 
 
 		 334 aa  76.6  0.00000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  50 
 
 		 323 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  51.43 
 
 		 337 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  51.43 
 
 		 337 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  51.43 
 
 		 337 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  52.11 
 
 		 324 aa  75.1  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 408 aa  73.6  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  61.4 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  55 
 
 		 295 aa  72  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  71.11 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.6  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  59.32 
 
 		 326 aa  71.2  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  48.57 
 
 		 462 aa  70.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  42.47 
 
 		 320 aa  70.9  0.000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  50.7 
 
 		 295 aa  70.5  0.000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  57.63 
 
 		 318 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 298 aa  70.5  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  48.61 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  48.61 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  58.18 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  56.14 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  45.83 
 
 		 338 aa  69.3  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  60.38 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  60 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  56.14 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  54.24 
 
 		 297 aa  68.6  0.00000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  43.84 
 
 		 283 aa  67.8  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  56.14 
 
 		 296 aa  68.2  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  52.54 
 
 		 290 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  58.18 
 
 		 295 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  52.46 
 
 		 302 aa  67.8  0.00000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  54.39 
 
 		 295 aa  67.4  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  53.7 
 
 		 296 aa  67.4  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  61.22 
 
 		 295 aa  67  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  56.36 
 
 		 295 aa  67  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  61.22 
 
 		 295 aa  67  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  46.58 
 
 		 453 aa  67  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  60 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  52.46 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  60 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  56 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  58.18 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  46.58 
 
 		 468 aa  66.2  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  54.84 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  60 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  61.22 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.73 
 
 		 322 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  44.78 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.73 
 
 		 318 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.73 
 
 		 318 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  54.55 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.73 
 
 		 322 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.73 
 
 		 318 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2159  tyrosine recombinase XerD  51.72 
 
 		 311 aa  65.5  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  54.55 
 
 		 310 aa  65.1  0.0000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  52.54 
 
 		 301 aa  65.1  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  53.23 
 
 		 299 aa  65.1  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  49.21 
 
 		 308 aa  65.1  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  68.09 
 
 		 304 aa  65.1  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  54.55 
 
 		 292 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  56.36 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>