108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1889 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  100 
 
 		 296 aa  621  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  70.07 
 
 		 299 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  62.76 
 
 		 294 aa  401  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  43.75 
 
 		 308 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  43.77 
 
 		 291 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  43.06 
 
 		 291 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  39.18 
 
 		 290 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  33.33 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  30.03 
 
 		 282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  30.94 
 
 		 281 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  32.95 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  33.59 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  27.99 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  29.02 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 286 aa  135  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 285 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  28.95 
 
 		 285 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  28.63 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  26.52 
 
 		 276 aa  102  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 338 aa  95.1  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0660  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.84 
 
 		 259 aa  53.1  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  36.05 
 
 		 260 aa  53.1  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  39.06 
 
 		 281 aa  52.8  0.000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 270 aa  50.8  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0067  extracellular solute-binding protein  48.78 
 
 		 252 aa  50.1  0.00005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.571905  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  28.21 
 
 		 265 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  32.14 
 
 		 264 aa  49.7  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  42.11 
 
 		 253 aa  49.3  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.29 
 
 		 265 aa  49.3  0.00008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  25.27 
 
 		 243 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.27 
 
 		 243 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.27 
 
 		 243 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 243 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  25.27 
 
 		 243 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 243 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00359  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.39 
 
 		 255 aa  48.5  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.580904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1328  extracellular solute-binding protein  44.23 
 
 		 249 aa  48.9  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.313303  normal  0.666491 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  22.56 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1787  extracellular solute-binding protein  21.94 
 
 		 281 aa  48.9  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.571059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  32.5 
 
 		 502 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  32.5 
 
 		 502 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  22.3 
 
 		 268 aa  48.1  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  20.92 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  32.1 
 
 		 261 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  38.81 
 
 		 284 aa  47  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3350  cyclohexadienyl dehydratase  32.1 
 
 		 261 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1581  cyclohexadienyl dehydratase  32.1 
 
 		 261 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3021  cyclohexadienyl dehydratase  32.1 
 
 		 261 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329674  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  24.91 
 
 		 243 aa  47  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  26 
 
 		 243 aa  46.6  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1345  CjaC  29.47 
 
 		 259 aa  46.6  0.0005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000213382  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1164  extracellular solute-binding protein  43.9 
 
 		 252 aa  46.6  0.0005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.065416  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1335  cyclohexadienyl dehydratase, putative  32.93 
 
 		 263 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 266 aa  46.2  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  32.94 
 
 		 298 aa  46.2  0.0007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2850  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 275 aa  46.2  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.610403 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 		 268 aa  45.8  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 285 aa  45.8  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  24.54 
 
 		 243 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 		 266 aa  45.8  0.0009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  42.11 
 
 		 300 aa  45.8  0.0009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0172  cyclohexadienyl dehydratase  30.86 
 
 		 261 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0212  amino acid ABC transporter, substrate-binding  32.88 
 
 		 260 aa  45.4  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  38.98 
 
 		 270 aa  45.8  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3964  cyclohexadienyl dehydratase  30.86 
 
 		 261 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4037  cyclohexadienyl dehydratase  30.86 
 
 		 261 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1448  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 		 254 aa  45.4  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.194926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  24.18 
 
 		 243 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3355  extracellular solute-binding protein family 3  23.16 
 
 		 261 aa  44.3  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1151  prephenate dehydratase  30.49 
 
 		 263 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0401  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 254 aa  44.3  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 		 252 aa  44.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  37.7 
 
 		 246 aa  44.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0820  extracellular solute-binding protein  41.46 
 
 		 252 aa  44.7  0.002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  34.25 
 
 		 259 aa  44.7  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  19.93 
 
 		 271 aa  45.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 		 261 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1602  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 		 258 aa  43.9  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3744  chorismate mutase, putative  37.7 
 
 		 421 aa  44.3  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117732  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0754  extracellular solute-binding protein  39.02 
 
 		 252 aa  43.9  0.003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  decreased coverage  0.00633321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1590  hypothetical protein  23.74 
 
 		 262 aa  43.9  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.85132  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  50 
 
 		 244 aa  43.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  50 
 
 		 244 aa  43.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.27 
 
 		 263 aa  43.5  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  28.42 
 
 		 268 aa  43.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1126  extracellular solute-binding protein family 3  34 
 
 		 271 aa  43.1  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.390537  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 		 292 aa  43.1  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  31.4 
 
 		 261 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2802  extracellular solute-binding protein  31.43 
 
 		 273 aa  42.7  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.602775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 		 261 aa  42.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  32.84 
 
 		 275 aa  42.7  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.13 
 
 		 282 aa  42.7  0.008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0544  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  42.11 
 
 		 501 aa  42.7  0.008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0576109  unclonable  7.662799999999999e-28 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  47.22 
 
 		 1574 aa  42.7  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 265 aa  42.7  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>