68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2662 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  100 
 
 		 300 aa  614  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  34.47 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  34.57 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  35.82 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  34.08 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  34.08 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  33.33 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 291 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  32.56 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  32.71 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 285 aa  135  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  31.78 
 
 		 281 aa  132  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  30.35 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  29.01 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  30.43 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  27.92 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  25.98 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  25.79 
 
 		 284 aa  89  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 338 aa  86.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  24.23 
 
 		 277 aa  50.4  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  38.46 
 
 		 281 aa  50.4  0.00004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.7 
 
 		 490 aa  49.7  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.53 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 262 aa  48.1  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1328  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.313303  normal  0.666491 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 263 aa  47.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.53 
 
 		 262 aa  48.1  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3278  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 276 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.806697  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5389  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 		 192 aa  47  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0190359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  36 
 
 		 256 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  36 
 
 		 256 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  36 
 
 		 290 aa  46.2  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0471  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 254 aa  45.1  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.295976  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4307  family 1 extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 292 aa  45.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 266 aa  45.4  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 247 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 268 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 268 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 		 270 aa  45.4  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6294  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 305 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102459  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  44 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  30.91 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 269 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5989  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 324 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  41.18 
 
 		 256 aa  43.9  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  30.91 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30.91 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 266 aa  43.9  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0133  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.21 
 
 		 556 aa  43.5  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00116705  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 261 aa  43.9  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  29.59 
 
 		 261 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  30.91 
 
 		 264 aa  43.1  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  25.71 
 
 		 935 aa  43.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1449  extracellular solute-binding protein family 3  21.4 
 
 		 295 aa  42.7  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  40.43 
 
 		 270 aa  42.7  0.008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 266 aa  42.4  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1846  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 		 277 aa  42.4  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.898841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.86 
 
 		 276 aa  42.4  0.01  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  43.14 
 
 		 266 aa  42.4  0.01  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 		 269 aa  42.4  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>