198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3127 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 291 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  96.22 
 
 		 291 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  95.88 
 
 		 308 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  69.09 
 
 		 290 aa  407  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  46.24 
 
 		 294 aa  271  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  43.06 
 
 		 296 aa  267  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  40.89 
 
 		 299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 		 285 aa  169  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  33.33 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  36.02 
 
 		 281 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  32.42 
 
 		 290 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  33.45 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  33.1 
 
 		 289 aa  145  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  35.58 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  34.72 
 
 		 285 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  31.38 
 
 		 282 aa  132  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  32.01 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  32.31 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  31 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  29.12 
 
 		 285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  29.75 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  32.07 
 
 		 276 aa  97.4  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  25.17 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  25.17 
 
 		 268 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  22.31 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  32.17 
 
 		 267 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 267 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5966  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.83 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.981585 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  24.1 
 
 		 278 aa  53.5  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  24.46 
 
 		 278 aa  52.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  38.67 
 
 		 265 aa  53.1  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  42.47 
 
 		 261 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.47 
 
 		 261 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  24.4 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  23.62 
 
 		 265 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  35.9 
 
 		 284 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  33.33 
 
 		 268 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 266 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.15 
 
 		 272 aa  50.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  21.94 
 
 		 266 aa  50.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  31.71 
 
 		 260 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  21.94 
 
 		 266 aa  50.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  21.94 
 
 		 266 aa  50.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5064  hypothetical protein  37.33 
 
 		 162 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 266 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  29.79 
 
 		 270 aa  49.7  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 266 aa  49.7  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  18.92 
 
 		 257 aa  49.7  0.00006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 266 aa  49.7  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1151  prephenate dehydratase  35.9 
 
 		 263 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  21.58 
 
 		 266 aa  49.3  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  29.79 
 
 		 271 aa  49.3  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  21.94 
 
 		 285 aa  49.3  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6340  extracellular solute-binding protein family 3  21.74 
 
 		 270 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.646193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  25.09 
 
 		 278 aa  49.3  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 266 aa  49.3  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  23.49 
 
 		 263 aa  49.3  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 266 aa  49.3  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.18 
 
 		 267 aa  48.9  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5157  hypothetical protein  37.33 
 
 		 162 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.809512 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  21.58 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 271 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  39.74 
 
 		 261 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 271 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 271 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5210  hypothetical protein  37.33 
 
 		 163 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  37.97 
 
 		 263 aa  48.5  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  35.14 
 
 		 263 aa  48.5  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.72 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.14 
 
 		 266 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 292 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.76 
 
 		 281 aa  47.8  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  27.47 
 
 		 284 aa  48.1  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0308  periplasmic binding protein from ABC-type transporter  36 
 
 		 162 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0940761 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  21.58 
 
 		 266 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  24.83 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  21.58 
 
 		 266 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.83 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.83 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 		 268 aa  48.1  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  21.22 
 
 		 266 aa  48.1  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  21.58 
 
 		 285 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 260 aa  47.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.08 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  41.18 
 
 		 265 aa  47.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  18.68 
 
 		 282 aa  47.4  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0578  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.43 
 
 		 284 aa  47  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 270 aa  47.4  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  20.86 
 
 		 266 aa  47  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  36 
 
 		 256 aa  47.4  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.93 
 
 		 266 aa  47  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  31.94 
 
 		 256 aa  46.6  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>