More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6340 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6340  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 270 aa  542  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.646193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5882  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 		 278 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5123  extracellular solute-binding protein family 3  40.76 
 
 		 275 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.12567 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5419  extracellular solute-binding protein family 3  39.92 
 
 		 275 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240079 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5552  ABC transporter substrate binding protein (glutamine)  41.15 
 
 		 250 aa  175  7e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1983  extracellular solute-binding protein  38.02 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.100881  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2482  extracellular solute-binding protein family 3  35.29 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000146817 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2743  extracellular solute-binding protein  35.11 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0284405  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3866  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.11 
 
 		 582 aa  116  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5759  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.06 
 
 		 591 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.62 
 
 		 598 aa  113  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0229896 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5383  amino acid ABC transporter permease  35.06 
 
 		 591 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0606283  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5472  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.06 
 
 		 591 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.693793  normal  0.393619 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6047  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.48 
 
 		 598 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166994  normal  0.759317 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  32.74 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  31.78 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  31.78 
 
 		 264 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  31.78 
 
 		 264 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  30.51 
 
 		 264 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2011  extracellular solute-binding protein  32 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.986691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.53 
 
 		 258 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0178  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3227  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 261 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.355644 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.43 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.43 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  32.43 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.43 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.43 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.43 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.77 
 
 		 258 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.43 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.43 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.17 
 
 		 748 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 		 247 aa  99.8  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  29.02 
 
 		 263 aa  99.4  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  30.28 
 
 		 255 aa  99  7e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.88 
 
 		 248 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.94 
 
 		 248 aa  99  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 264 aa  98.6  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.88 
 
 		 248 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.88 
 
 		 248 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 250 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.88 
 
 		 248 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.88 
 
 		 248 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.36 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.48 
 
 		 284 aa  97.4  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0283  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.274556  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  29.41 
 
 		 252 aa  97.1  3e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  31.48 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  30.91 
 
 		 278 aa  96.7  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  30.12 
 
 		 265 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  27.52 
 
 		 271 aa  96.7  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.48 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  28.85 
 
 		 268 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2839  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2873  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.223269  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2777  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  30.67 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.262545  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1729  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.133589  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 279 aa  96.3  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2719  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  30.67 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2417  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.131702  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.02 
 
 		 250 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2163  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 258 aa  95.5  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0442479  decreased coverage  0.0000000159985 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2189  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.58 
 
 		 260 aa  95.9  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.300771 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.36 
 
 		 250 aa  95.5  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.36 
 
 		 250 aa  95.5  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.34 
 
 		 253 aa  95.5  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.12 
 
 		 247 aa  95.5  9e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.36 
 
 		 252 aa  95.5  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.97 
 
 		 248 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.4 
 
 		 248 aa  95.1  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  31.66 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.16 
 
 		 255 aa  95.1  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.36 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.36 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2378  lysine/arginine/ornithine ABC transporter periplasmic-binding protein  28.86 
 
 		 257 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1783  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.78 
 
 		 264 aa  94  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0360  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 		 256 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.36 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5463  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.86 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.36 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  33.01 
 
 		 244 aa  93.6  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 		 252 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1806  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 253 aa  93.6  3e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0263139  unclonable  0.0000000066734 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  28.37 
 
 		 247 aa  93.6  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  29.23 
 
 		 278 aa  92.4  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  29.34 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.34 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  29.84 
 
 		 278 aa  92.4  7e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.34 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  29.34 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  29.34 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  29.34 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>