More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5882 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5882  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
278 aa  560  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5552  ABC transporter substrate binding protein (glutamine)  82.93 
 
 
250 aa  430  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5419  extracellular solute-binding protein family 3  76.52 
 
 
275 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240079 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5123  extracellular solute-binding protein family 3  75.27 
 
 
275 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.12567 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1983  extracellular solute-binding protein  65.29 
 
 
288 aa  326  2.0000000000000001e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.100881  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6340  extracellular solute-binding protein family 3  40.08 
 
 
270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.646193  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.37 
 
 
598 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0229896 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6047  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.83 
 
 
598 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166994  normal  0.759317 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5383  amino acid ABC transporter permease  37.24 
 
 
591 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0606283  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5472  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.24 
 
 
591 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.693793  normal  0.393619 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5759  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.24 
 
 
591 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3866  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.91 
 
 
582 aa  142  5e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2482  extracellular solute-binding protein family 3  33.47 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000146817 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 
260 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  31.28 
 
 
266 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2858  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.77 
 
 
260 aa  109  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  0.227891 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  28.41 
 
 
266 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.84 
 
 
285 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  27.76 
 
 
266 aa  106  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.03 
 
 
266 aa  106  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.03 
 
 
266 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.03 
 
 
266 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  31.49 
 
 
271 aa  106  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.46 
 
 
285 aa  104  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.03 
 
 
266 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  30.04 
 
 
244 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02234  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  31.06 
 
 
260 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1347  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.06 
 
 
260 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00212497  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02194  hypothetical protein  31.06 
 
 
260 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2465  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  103  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3449  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2603  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  103  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2459  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2687  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.859955  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1343  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.06 
 
 
260 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.908604  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1428  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2704  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.06 
 
 
260 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1538  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.06 
 
 
260 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.02 
 
 
243 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2583  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.06 
 
 
260 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.17472 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2595  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.06 
 
 
260 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473996  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0353  histidine ABC transporter periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
302 aa  103  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.468361  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2541  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.06 
 
 
260 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.863466  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2495  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.06 
 
 
260 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.89405  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 
275 aa  102  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  28.63 
 
 
265 aa  102  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  30.91 
 
 
247 aa  102  7e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1248  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.47 
 
 
324 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.672597  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1090  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.47 
 
 
258 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.52 
 
 
243 aa  102  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  32.14 
 
 
247 aa  101  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0747  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.03 
 
 
258 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.89058  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  29.15 
 
 
244 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 
253 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0988  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.03 
 
 
258 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.310906  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3018  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.03 
 
 
324 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.280802  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1095  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.03 
 
 
258 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1579  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.03 
 
 
258 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.209767  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  28.74 
 
 
247 aa  100  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.24 
 
 
243 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2466  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  30.21 
 
 
260 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.17 
 
 
363 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.52 
 
 
265 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38840  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  32.9 
 
 
272 aa  99.4  6e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.621896 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 
257 aa  99.4  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  27.27 
 
 
266 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 
275 aa  98.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.36 
 
 
259 aa  98.2  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2496  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.79 
 
 
260 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2705  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.79 
 
 
260 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2596  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.79 
 
 
260 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2584  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.79 
 
 
260 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.176074 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2542  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.79 
 
 
260 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.579681  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7508  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.62 
 
 
272 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 
246 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  29.07 
 
 
264 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 
258 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2859  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.6 
 
 
260 aa  97.8  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.582103  normal  0.224606 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  29.07 
 
 
264 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0708  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
264 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.956063  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  27.43 
 
 
275 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1187  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
264 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.708736  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1163  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
264 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.516909  normal  0.0605845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  27.27 
 
 
266 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0886  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.87 
 
 
258 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.533017 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.17 
 
 
252 aa  97.1  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4297  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  29.18 
 
 
264 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.173151 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2719  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.61 
 
 
264 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.61 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2839  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.61 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2417  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.61 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.131702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2873  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.61 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.223269  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2777  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.61 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.262545  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1729  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.61 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.133589  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1783  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.61 
 
 
264 aa  95.9  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2118  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 
264 aa  95.5  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.35 
 
 
243 aa  95.5  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>