279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2090 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 293 aa  585  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  91.13 
 
 		 293 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  67.18 
 
 		 295 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  45.15 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  46.33 
 
 		 285 aa  195  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  44.98 
 
 		 284 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  40.07 
 
 		 282 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  41.15 
 
 		 281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  40.16 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 338 aa  147  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  31.8 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  37.3 
 
 		 285 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 294 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  30.57 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  33.69 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  31.14 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  33.69 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  27.86 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.77 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 		 266 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 		 266 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  28.47 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.68 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.03 
 
 		 267 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.01 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  27.46 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.22 
 
 		 266 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.12 
 
 		 264 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  26.8 
 
 		 265 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  28.24 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  27.3 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.75 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.07 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.07 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  24.6 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  27.07 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  25.37 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0343  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1569  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.313836 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.07 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.07 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.07 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.07 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.71 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.4 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.09 
 
 		 490 aa  56.2  0.0000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  26.28 
 
 		 278 aa  55.8  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  22.41 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  24.13 
 
 		 263 aa  55.8  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  28.52 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3950  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 258 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.358906 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1057  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 261 aa  54.7  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.898657  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 261 aa  55.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  20.21 
 
 		 250 aa  53.9  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0820  extracellular solute-binding protein  21.71 
 
 		 252 aa  53.5  0.000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 265 aa  53.5  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 268 aa  53.5  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 249 aa  53.1  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 283 aa  53.1  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 255 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.46 
 
 		 276 aa  52.4  0.000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.45 
 
 		 268 aa  52.4  0.000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  24.48 
 
 		 275 aa  52.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 260 aa  52.4  0.000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.27 
 
 		 243 aa  52  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>