172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2676 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  100 
 
 		 308 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  99.31 
 
 		 291 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  95.88 
 
 		 291 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  69.09 
 
 		 290 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  43.75 
 
 		 296 aa  274  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  45.88 
 
 		 294 aa  270  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  41.92 
 
 		 299 aa  258  6e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 		 285 aa  175  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  34.08 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  33.89 
 
 		 289 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  33.56 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  33.79 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  36.02 
 
 		 281 aa  149  9e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 285 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  31.03 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  31.84 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  32.7 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  29.89 
 
 		 285 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  30 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  33.48 
 
 		 276 aa  100  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  24.14 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  24.14 
 
 		 268 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  22.31 
 
 		 265 aa  57  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 266 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 266 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 266 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 267 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  31.4 
 
 		 267 aa  53.1  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.42 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  21.2 
 
 		 278 aa  52  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 266 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  39.19 
 
 		 261 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 		 266 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  40 
 
 		 278 aa  51.2  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  24.1 
 
 		 278 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 266 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.19 
 
 		 261 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  18.84 
 
 		 257 aa  50.8  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  35.44 
 
 		 284 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 272 aa  50.1  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5966  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.83 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.981585 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  28.06 
 
 		 268 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5064  hypothetical protein  38.27 
 
 		 162 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  21.53 
 
 		 279 aa  49.7  0.00007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  24.21 
 
 		 265 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  35.44 
 
 		 263 aa  49.3  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  26.92 
 
 		 278 aa  49.3  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  23.39 
 
 		 266 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  30.86 
 
 		 260 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5157  hypothetical protein  38.27 
 
 		 162 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.809512 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  23.39 
 
 		 266 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  24.58 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  36 
 
 		 265 aa  48.9  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  23.39 
 
 		 266 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  22.68 
 
 		 266 aa  48.9  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  27.47 
 
 		 284 aa  48.5  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5210  hypothetical protein  38.27 
 
 		 163 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  30.11 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1151  prephenate dehydratase  36.59 
 
 		 263 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 271 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 		 261 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 271 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  37.68 
 
 		 278 aa  48.5  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  18.29 
 
 		 282 aa  48.1  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 271 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 281 aa  47.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 271 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  24.23 
 
 		 271 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.23 
 
 		 271 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.23 
 
 		 271 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  25.18 
 
 		 265 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 271 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 271 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 260 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  24.38 
 
 		 263 aa  48.1  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.21 
 
 		 300 aa  48.1  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  30.11 
 
 		 271 aa  48.5  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1335  cyclohexadienyl dehydratase, putative  35.53 
 
 		 263 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0308  periplasmic binding protein from ABC-type transporter  35.16 
 
 		 162 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0940761 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  41.18 
 
 		 265 aa  47.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.21 
 
 		 267 aa  47.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.6 
 
 		 281 aa  47.4  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  23.37 
 
 		 266 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 		 268 aa  47.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 		 270 aa  47  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 266 aa  47  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4864  extracellular solute-binding protein  40.68 
 
 		 268 aa  47  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.950459 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  37.97 
 
 		 263 aa  47  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  23.47 
 
 		 266 aa  47  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  23.47 
 
 		 285 aa  47  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  38.81 
 
 		 295 aa  46.6  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  38.81 
 
 		 295 aa  46.6  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 270 aa  46.6  0.0005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3891  Arogenate dehydratase  36.07 
 
 		 265 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>