More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5210 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5210  hypothetical protein  100 
 
 		 163 aa  327  6e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5157  hypothetical protein  92.64 
 
 		 162 aa  302  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.809512 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5064  hypothetical protein  90.18 
 
 		 162 aa  295  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0308  periplasmic binding protein from ABC-type transporter  81.6 
 
 		 162 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0940761 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5389  extracellular solute-binding protein  43.98 
 
 		 192 aa  133  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0190359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  49.43 
 
 		 256 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  48.28 
 
 		 256 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  48.28 
 
 		 290 aa  87.8  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  34.41 
 
 		 266 aa  71.6  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 263 aa  67.8  0.00000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4132  putative ABC transporter binding protein subunit  34.83 
 
 		 273 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47920  putative binding protein component of ABC transporter  33.71 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0688655  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.43 
 
 		 257 aa  58.5  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.43 
 
 		 257 aa  58.5  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 		 268 aa  58.2  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 257 aa  57  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 266 aa  57  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  31.87 
 
 		 263 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.46 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  30.23 
 
 		 267 aa  54.7  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.03 
 
 		 264 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.59 
 
 		 266 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  26.54 
 
 		 259 aa  54.3  0.0000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1239  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 		 736 aa  54.3  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  26.5 
 
 		 255 aa  53.9  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  32.58 
 
 		 320 aa  53.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  38.96 
 
 		 260 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  26.57 
 
 		 250 aa  53.5  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.94 
 
 		 264 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.94 
 
 		 264 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.94 
 
 		 264 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.94 
 
 		 264 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 252 aa  52.4  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0212  amino acid ABC transporter, substrate-binding  28.92 
 
 		 260 aa  52.8  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.94 
 
 		 264 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.94 
 
 		 264 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  32 
 
 		 265 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4864  extracellular solute-binding protein  33.75 
 
 		 268 aa  52.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.950459 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  30.23 
 
 		 257 aa  52.4  0.000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 264 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.94 
 
 		 284 aa  52.4  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 264 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.56 
 
 		 264 aa  52  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 264 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  38.27 
 
 		 284 aa  52  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 264 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  29.25 
 
 		 271 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  28.23 
 
 		 256 aa  52  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  29.25 
 
 		 270 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 264 aa  52  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 266 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 256 aa  51.6  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 253 aa  51.6  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1122  extracellular solute-binding protein family 3  35.29 
 
 		 266 aa  51.6  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  33.33 
 
 		 284 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  25.74 
 
 		 266 aa  51.2  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 250 aa  50.8  0.000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.38 
 
 		 264 aa  50.8  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 264 aa  50.8  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  27.72 
 
 		 266 aa  50.8  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.38 
 
 		 264 aa  50.8  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 260 aa  50.4  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  27.55 
 
 		 285 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  26.73 
 
 		 266 aa  50.1  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  25.64 
 
 		 255 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 		 270 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  29.17 
 
 		 266 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  26.73 
 
 		 266 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0217  extracellular solute-binding protein family 3  32.91 
 
 		 255 aa  50.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  31.46 
 
 		 253 aa  50.1  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.17 
 
 		 320 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  27.55 
 
 		 285 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.17 
 
 		 315 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.89 
 
 		 281 aa  50.1  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.58 
 
 		 276 aa  50.1  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1619  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.48 
 
 		 276 aa  50.4  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000231456  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  31.13 
 
 		 485 aa  49.7  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  29.17 
 
 		 265 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 258 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.81 
 
 		 260 aa  49.7  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0706  Prephenate dehydratase  28.74 
 
 		 255 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  32.18 
 
 		 266 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.74 
 
 		 264 aa  49.7  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.24 
 
 		 266 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  25.81 
 
 		 266 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 264 aa  48.9  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  29.69 
 
 		 323 aa  48.9  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  35.29 
 
 		 256 aa  48.9  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 247 aa  48.9  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  30.93 
 
 		 281 aa  48.9  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  38.27 
 
 		 308 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  28.12 
 
 		 268 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  26.8 
 
 		 264 aa  48.5  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.85 
 
 		 485 aa  48.5  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 289 aa  48.5  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2099  ABC transporter substrate-binding protein  37.5 
 
 		 273 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 291 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.85 
 
 		 485 aa  48.5  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.11 
 
 		 483 aa  48.5  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>