94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6250 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 285 aa  564  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  59.85 
 
 		 284 aa  322  5e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  55.34 
 
 		 276 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  46.33 
 
 		 293 aa  195  7e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  45.56 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  45.91 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  40.44 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  39.31 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  41.77 
 
 		 281 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  36.43 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  34.95 
 
 		 289 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  34.89 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  34.26 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  28.11 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 285 aa  125  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  32.71 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 285 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  29 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 291 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  29.58 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 		 291 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 		 338 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  25.98 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  26.41 
 
 		 267 aa  57  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.06 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  41.77 
 
 		 261 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.2 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  45.07 
 
 		 254 aa  54.7  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  30.47 
 
 		 265 aa  53.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  40.26 
 
 		 268 aa  53.1  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 261 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  30.77 
 
 		 274 aa  52  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  40.51 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  26.57 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.12 
 
 		 274 aa  50.4  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  34.26 
 
 		 261 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 262 aa  50.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.46 
 
 		 262 aa  50.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.26 
 
 		 261 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 263 aa  48.9  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 279 aa  48.9  0.00009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  26.33 
 
 		 266 aa  47.4  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 		 261 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.97 
 
 		 262 aa  47.4  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  39.51 
 
 		 266 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  40 
 
 		 268 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 		 263 aa  47.4  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.93 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  40.51 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  40 
 
 		 268 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.56 
 
 		 264 aa  46.2  0.0005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 261 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4546  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 336 aa  45.8  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  38.27 
 
 		 266 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  29.46 
 
 		 297 aa  45.4  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.61 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  31.58 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  37.04 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  37.04 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  37.04 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  31.58 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 269 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  43.1 
 
 		 263 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  35.29 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  35.29 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  35.29 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 		 268 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 271 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 275 aa  43.5  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 		 268 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  34.12 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 		 247 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  30.26 
 
 		 278 aa  43.5  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 		 270 aa  43.5  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.93 
 
 		 264 aa  43.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  42.31 
 
 		 240 aa  43.1  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1118  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.09 
 
 		 277 aa  43.1  0.006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0733835  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 		 271 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  34.12 
 
 		 285 aa  43.1  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  34.12 
 
 		 285 aa  42.7  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 		 292 aa  43.1  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  34.12 
 
 		 266 aa  42.7  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.53 
 
 		 272 aa  42.7  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  29.68 
 
 		 270 aa  42.7  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  34.12 
 
 		 266 aa  42.7  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.71 
 
 		 268 aa  42.7  0.007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  39.68 
 
 		 269 aa  42.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  34.52 
 
 		 265 aa  42.4  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 		 250 aa  42.4  0.009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  32.94 
 
 		 266 aa  42.4  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  32 
 
 		 267 aa  42.4  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>