102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0692 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 285 aa  564  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  38.52 
 
 		 291 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  38.28 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  41.61 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  42.14 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  41.79 
 
 		 289 aa  175  8e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  35.14 
 
 		 296 aa  168  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  39.68 
 
 		 281 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  38.19 
 
 		 282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  34.84 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  42.13 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  40.94 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  33.07 
 
 		 300 aa  148  8e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  37.11 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  36.86 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  35.94 
 
 		 284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  34.59 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  34.77 
 
 		 285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 338 aa  118  9e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  26.02 
 
 		 268 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  26.49 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.47 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.54 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.74 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  25.29 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.81 
 
 		 281 aa  53.9  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.71 
 
 		 256 aa  52  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  22.83 
 
 		 295 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  22.83 
 
 		 295 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.08 
 
 		 490 aa  50.8  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 271 aa  50.4  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  29.51 
 
 		 265 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  45.1 
 
 		 256 aa  49.7  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  25.74 
 
 		 265 aa  49.7  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  23.92 
 
 		 258 aa  49.3  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  23.22 
 
 		 278 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  23.6 
 
 		 278 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 270 aa  48.1  0.0002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  23.11 
 
 		 278 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  24.07 
 
 		 278 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  22.8 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.8 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.8 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 276 aa  46.6  0.0004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  41.67 
 
 		 274 aa  47  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  23.58 
 
 		 279 aa  47  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  22.98 
 
 		 243 aa  46.2  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  24.86 
 
 		 244 aa  45.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  25.13 
 
 		 244 aa  45.8  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 253 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1846  extracellular solute-binding protein  46.15 
 
 		 277 aa  45.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.898841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  23.49 
 
 		 266 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  23.51 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 273 aa  45.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12400  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  40.82 
 
 		 346 aa  44.3  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.72 
 
 		 274 aa  43.9  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2945  prephenate dehydratase  38.71 
 
 		 270 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0273907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0110  prephenate dehydratase  38.71 
 
 		 270 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  23.93 
 
 		 266 aa  43.9  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  23.93 
 
 		 266 aa  43.9  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  23.93 
 
 		 266 aa  43.9  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0125  arogenate dehydratase  38.71 
 
 		 270 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  23.62 
 
 		 271 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.71 
 
 		 273 aa  43.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  23.13 
 
 		 266 aa  43.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  36.67 
 
 		 279 aa  43.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  36.21 
 
 		 276 aa  43.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2775  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.5 
 
 		 283 aa  42.7  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.550613  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  44 
 
 		 489 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44 
 
 		 489 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44 
 
 		 489 aa  42.7  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  36.21 
 
 		 276 aa  43.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  26.74 
 
 		 275 aa  43.1  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  22.14 
 
 		 266 aa  42.7  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  20.83 
 
 		 270 aa  42.7  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  23.24 
 
 		 277 aa  42.7  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.03 
 
 		 263 aa  42.4  0.008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3278  extracellular solute-binding protein  43.33 
 
 		 276 aa  42.4  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.806697  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3291  cyclohexadienyl dehydratase  40 
 
 		 266 aa  42.4  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3744  chorismate mutase, putative  39.66 
 
 		 421 aa  42.4  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117732  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3001  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 		 725 aa  42.4  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.620966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 		 253 aa  42.4  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>