More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5457 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  100 
 
 		 279 aa  556  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  62.04 
 
 		 274 aa  339  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  53.62 
 
 		 276 aa  288  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  52.73 
 
 		 276 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  44.66 
 
 		 266 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  39.69 
 
 		 265 aa  197  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  42.37 
 
 		 268 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  39.93 
 
 		 275 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 		 268 aa  188  9e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  39.31 
 
 		 275 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 273 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  34.45 
 
 		 265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  35.61 
 
 		 267 aa  146  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1501  extracellular solute-binding protein  33.96 
 
 		 265 aa  145  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  35.44 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  37.69 
 
 		 260 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  35.59 
 
 		 268 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  35.44 
 
 		 275 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 265 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  34.26 
 
 		 260 aa  136  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.08 
 
 		 267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 		 268 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  34.08 
 
 		 267 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  34.2 
 
 		 267 aa  132  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  33.47 
 
 		 268 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  34.84 
 
 		 269 aa  132  9e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  34.56 
 
 		 266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  34.83 
 
 		 268 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  32.69 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  34.83 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  32.67 
 
 		 268 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  31.92 
 
 		 261 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.03 
 
 		 261 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  34.04 
 
 		 261 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4065  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 		 264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0712099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  31.62 
 
 		 254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 266 aa  125  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 261 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 		 263 aa  125  8.000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 263 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  31.92 
 
 		 265 aa  123  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 263 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 		 247 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.92 
 
 		 274 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  31.54 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  32.96 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  31.9 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 		 260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 		 255 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 		 269 aa  119  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 262 aa  118  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.39 
 
 		 262 aa  118  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  32.63 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  33.21 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.63 
 
 		 262 aa  113  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  31.62 
 
 		 266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 263 aa  112  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  31.72 
 
 		 278 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  31.4 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  31.51 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  33.2 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  32.68 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.23 
 
 		 272 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  29.23 
 
 		 272 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  31.78 
 
 		 273 aa  102  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 		 267 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  31.6 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  30.86 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  31.36 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0228  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.946575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.77 
 
 		 274 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  31.36 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  32.08 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  30.97 
 
 		 246 aa  99.8  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  30.42 
 
 		 278 aa  99.4  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.08 
 
 		 271 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.75 
 
 		 281 aa  99  7e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  30.97 
 
 		 246 aa  98.6  9e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.33 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 		 271 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  31 
 
 		 271 aa  96.7  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.16 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 279 aa  96.3  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.1 
 
 		 272 aa  96.3  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3082  glutamine/glutamate ABC transporter, periplasmic glutamine/glutamate-binding protein  28 
 
 		 290 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.171544  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  29.69 
 
 		 266 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  27.5 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>