60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1788 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  100 
 
 		 284 aa  567  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  62.65 
 
 		 285 aa  318  5e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  53.17 
 
 		 276 aa  261  6e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  45.38 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  44.98 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  41.2 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  45.1 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  39.58 
 
 		 282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  41.08 
 
 		 281 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  35.6 
 
 		 285 aa  132  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  30.3 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  28.63 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  35.51 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 		 289 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 294 aa  112  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  30.86 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  30.8 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  30 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 338 aa  98.6  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 286 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  25.79 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.99 
 
 		 273 aa  51.2  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  42.86 
 
 		 266 aa  48.9  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 250 aa  48.5  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  37.21 
 
 		 268 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  34.62 
 
 		 275 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  41.56 
 
 		 266 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  41.56 
 
 		 266 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  41.56 
 
 		 266 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  41.56 
 
 		 266 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  41.56 
 
 		 266 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  41.56 
 
 		 285 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  41.56 
 
 		 285 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  40 
 
 		 266 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  41.56 
 
 		 266 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  41.56 
 
 		 266 aa  45.8  0.0009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 		 273 aa  45.4  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  41.56 
 
 		 266 aa  45.4  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  36.05 
 
 		 265 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  43.21 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  26.57 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  30.43 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.64 
 
 		 278 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  35.48 
 
 		 265 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0948  extracellular solute-binding protein family 3  32.38 
 
 		 320 aa  43.9  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.476623  normal  0.138146 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  43.86 
 
 		 261 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  34.88 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  21.94 
 
 		 260 aa  43.5  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  34.88 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  34.88 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  39.53 
 
 		 265 aa  42.7  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.39 
 
 		 268 aa  42.7  0.006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  34.07 
 
 		 261 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 		 295 aa  42.4  0.008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 276 aa  42.4  0.009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 265 aa  42.4  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>