279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1959 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 290 aa  589  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  68.53 
 
 		 291 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  68.53 
 
 		 291 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  68.18 
 
 		 308 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  38.65 
 
 		 296 aa  245  4.9999999999999997e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  41.9 
 
 		 299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 		 294 aa  245  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  35.82 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  33.71 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  33.71 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  33.1 
 
 		 290 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  32.75 
 
 		 289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  35.58 
 
 		 281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  30.3 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  32.95 
 
 		 285 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  33.46 
 
 		 276 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  31.77 
 
 		 284 aa  112  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 		 338 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  24.91 
 
 		 268 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.43 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  21.25 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  23.78 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  21.25 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6167  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 277 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5966  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.7 
 
 		 296 aa  55.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.981585 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  35.83 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 276 aa  55.5  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  24.21 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  23.93 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 266 aa  54.3  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0343  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 264 aa  53.5  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  20.3 
 
 		 257 aa  53.5  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  32.23 
 
 		 267 aa  53.1  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  23.37 
 
 		 264 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  24.39 
 
 		 276 aa  52.4  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  23.35 
 
 		 264 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23 
 
 		 266 aa  52.4  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.4 
 
 		 490 aa  52  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  22.57 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 270 aa  51.6  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  24.42 
 
 		 266 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  45.76 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 		 266 aa  51.6  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  22.96 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.9 
 
 		 271 aa  50.4  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  21.94 
 
 		 278 aa  50.4  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1602  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19140  cyclohexadienyl dehydratase precursor  37.89 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.371616 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 		 253 aa  50.4  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  34.52 
 
 		 267 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 266 aa  50.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  21.17 
 
 		 265 aa  50.1  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3278  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 		 276 aa  50.1  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.806697  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  22.57 
 
 		 264 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  41.27 
 
 		 261 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  37.31 
 
 		 295 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  37.31 
 
 		 295 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  21.33 
 
 		 278 aa  49.7  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.57 
 
 		 263 aa  49.7  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  30.77 
 
 		 284 aa  49.7  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 271 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  32.91 
 
 		 263 aa  49.3  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 271 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 271 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  23.86 
 
 		 266 aa  49.3  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3711  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 236 aa  49.3  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.27 
 
 		 261 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  36.49 
 
 		 284 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 		 275 aa  48.9  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.79 
 
 		 257 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.66 
 
 		 315 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  22.66 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  32.1 
 
 		 278 aa  48.5  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 253 aa  48.9  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.79 
 
 		 257 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  32.04 
 
 		 270 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  20.93 
 
 		 275 aa  48.5  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4190  putative transglycosylase  34.52 
 
 		 485 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0675173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.66 
 
 		 320 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1569  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 264 aa  48.9  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.313836 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  35.29 
 
 		 278 aa  48.9  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  21.57 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  32.04 
 
 		 271 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  22.48 
 
 		 266 aa  47.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  44 
 
 		 270 aa  47.8  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.68 
 
 		 264 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.83 
 
 		 272 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  20.6 
 
 		 264 aa  48.1  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  23.81 
 
 		 261 aa  47.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1057  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 261 aa  47.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.898657  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>