More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5989 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5989  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
324 aa  654    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1722  extracellular solute-binding protein  74.71 
 
 
347 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3985  extracellular solute-binding protein  65.22 
 
 
327 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.394348 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3502  extracellular solute-binding protein  65.61 
 
 
335 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0948  extracellular solute-binding protein family 3  38.52 
 
 
320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.476623  normal  0.138146 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2909  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.87 
 
 
343 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.313507 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1171  extracellular solute-binding protein  33.17 
 
 
283 aa  105  1e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.354139  normal  0.436461 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3092  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 
282 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.559619  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2503  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 
283 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2775  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.57 
 
 
283 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.550613  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0859  amino acid ABC transporter permease  27.4 
 
 
990 aa  70.5  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0204986  normal  0.722319 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1036  amino acid ABC transporter permease  27.4 
 
 
990 aa  70.5  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.328178 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1835  extracellular solute-binding protein family 3  28.18 
 
 
262 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0545252  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0135  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 
283 aa  69.7  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.332804 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  28.64 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 
250 aa  68.9  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.18 
 
 
268 aa  67.8  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2184  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
295 aa  67  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092646 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1787  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
281 aa  66.2  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.571059  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4942  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 
341 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.997084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0965  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
280 aa  65.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000439884  n/a   
 
 
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.29 
 
 
485 aa  64.7  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
276 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  33.85 
 
 
320 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.29 
 
 
485 aa  64.7  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0186  extracellular solute-binding protein family 3  29.63 
 
 
291 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  24.27 
 
 
243 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  24.27 
 
 
243 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
288 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1524  putative periplasmic binding protein  27.69 
 
 
253 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.240287  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1749  putative periplasmic binding protein  27.69 
 
 
253 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.256015 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1812  hypothetical protein  27.69 
 
 
253 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1752  putative periplasmic binding protein  27.69 
 
 
253 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.698745  normal  0.136265 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.52 
 
 
244 aa  63.9  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.27 
 
 
243 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.33 
 
 
243 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.33 
 
 
243 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3321  extracellular solute-binding protein family 3  25.69 
 
 
259 aa  63.2  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.72 
 
 
755 aa  62.8  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  23.33 
 
 
243 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  23.33 
 
 
243 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.33 
 
 
243 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.33 
 
 
243 aa  62.8  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.33 
 
 
243 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.33 
 
 
243 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
246 aa  62  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  28.57 
 
 
265 aa  62  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3023  extracellular solute-binding protein family 3  27.23 
 
 
294 aa  62  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.06 
 
 
266 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4546  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 
280 aa  62.4  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  22.86 
 
 
243 aa  62  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0215  extracellular solute-binding protein family 3  29.01 
 
 
291 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195827  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
246 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0704  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
332 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.721157  normal  0.0331446 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
279 aa  61.2  0.00000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  27.31 
 
 
295 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  27.31 
 
 
295 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
262 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.6 
 
 
243 aa  60.1  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 
292 aa  60.1  0.00000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 
247 aa  59.7  0.00000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  26.75 
 
 
265 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
270 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.21 
 
 
260 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4307  family 1 extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 
292 aa  59.7  0.00000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  25.11 
 
 
273 aa  59.3  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5258  extracellular solute-binding protein family 3  25.39 
 
 
279 aa  59.3  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.677856  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.44 
 
 
243 aa  59.3  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 
295 aa  59.3  0.00000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0541  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
331 aa  59.3  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.169713  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0553  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
331 aa  59.3  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.104829  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  28.08 
 
 
266 aa  58.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10416  glutamine-binding lipoprotein glnH  25.65 
 
 
328 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000397853  normal  0.816893 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  23.85 
 
 
281 aa  58.5  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  28.08 
 
 
266 aa  58.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0531  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
331 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
271 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  28.08 
 
 
266 aa  58.9  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.93 
 
 
276 aa  58.5  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7508  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.74 
 
 
272 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.7 
 
 
243 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.7 
 
 
243 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.54 
 
 
244 aa  57.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.7 
 
 
243 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1067  extracellular solute-binding protein family 3  24.86 
 
 
294 aa  57.8  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0464798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1239  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 
736 aa  58.2  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.7 
 
 
243 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 
268 aa  58.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.7 
 
 
243 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5536  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 
279 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.901177  normal  0.273691 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0201  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
324 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.241493  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
266 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 
266 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 
276 aa  57.4  0.0000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0178  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 
299 aa  57.4  0.0000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
268 aa  57.8  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 
263 aa  57.4  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
305 aa  57  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4132  putative ABC transporter binding protein subunit  26.2 
 
 
273 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>