More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3985 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3985  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 327 aa  645    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.394348 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3502  extracellular solute-binding protein  91.94 
 
 		 335 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5989  extracellular solute-binding protein  65.37 
 
 		 324 aa  341  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1722  extracellular solute-binding protein  63.28 
 
 		 347 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0948  extracellular solute-binding protein family 3  35.66 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.476623  normal  0.138146 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2909  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.85 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.313507 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1171  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 		 283 aa  99.4  8e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.354139  normal  0.436461 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.08 
 
 		 265 aa  73.6  0.000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 246 aa  73.6  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1812  hypothetical protein  27.59 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1749  putative periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.256015 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  29.18 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1524  putative periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 253 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.240287  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  26.48 
 
 		 268 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.78 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  26.48 
 
 		 268 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  28.07 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  28.63 
 
 		 266 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  28.63 
 
 		 266 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  28.63 
 
 		 266 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1752  putative periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 253 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.698745  normal  0.136265 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.51 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 		 266 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  29.12 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3023  extracellular solute-binding protein family 3  32.74 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  28.73 
 
 		 264 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  28.57 
 
 		 264 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  30.97 
 
 		 244 aa  68.6  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 263 aa  68.9  0.0000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  27.56 
 
 		 264 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  27.52 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  29.03 
 
 		 268 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  30.32 
 
 		 244 aa  67.4  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0378  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 282 aa  67.4  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.47 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 281 aa  67.8  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.07 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1189  extracellular solute-binding protein family 3  26.17 
 
 		 252 aa  67  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.534784  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0283  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 239 aa  67  0.0000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.274556  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  24.67 
 
 		 250 aa  67  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 247 aa  67  0.0000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0178  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0429  extracellular solute-binding protein family 3  28.76 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  25.78 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  28.09 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  25.78 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  29.57 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.6 
 
 		 264 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.6 
 
 		 264 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.6 
 
 		 264 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.6 
 
 		 284 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2686  extracellular solute-binding protein family 3  25.64 
 
 		 260 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  25.86 
 
 		 265 aa  65.5  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.6 
 
 		 264 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.6 
 
 		 264 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.6 
 
 		 264 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.21 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  24.81 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  27.43 
 
 		 266 aa  65.1  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.88 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.52 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3092  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.559619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2979  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.24 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.86 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.52 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  27.52 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28 
 
 		 265 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  26.07 
 
 		 266 aa  64.3  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.71 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.94 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.94 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.94 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.94 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  30.22 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1138  extracellular solute-binding protein family 3  31.53 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>