More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_2023 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
187 aa  384  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  96.26 
 
 
187 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  95.19 
 
 
187 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
187 aa  350  5e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
187 aa  350  5e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
187 aa  350  5e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
187 aa  350  5e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  89.84 
 
 
187 aa  349  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  89.84 
 
 
187 aa  349  1e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
186 aa  345  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
211 aa  345  3e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
211 aa  345  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
186 aa  345  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
186 aa  345  3e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
186 aa  345  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
186 aa  345  3e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  90.37 
 
 
186 aa  345  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  88.77 
 
 
187 aa  343  8e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  73.94 
 
 
188 aa  292  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  73.94 
 
 
188 aa  292  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  73.94 
 
 
188 aa  289  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  76.06 
 
 
188 aa  288  4e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  73.4 
 
 
188 aa  288  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  70.37 
 
 
189 aa  278  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
192 aa  271  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  68.82 
 
 
188 aa  254  6e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  65.96 
 
 
188 aa  252  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  64.17 
 
 
196 aa  248  5e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  62.77 
 
 
188 aa  246  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  62.3 
 
 
188 aa  244  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  63.35 
 
 
188 aa  244  6.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  61.78 
 
 
188 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  64.58 
 
 
188 aa  241  6e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  64.58 
 
 
188 aa  241  6e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  61.78 
 
 
237 aa  234  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  60.85 
 
 
189 aa  233  9e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  61.5 
 
 
189 aa  233  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  59.76 
 
 
169 aa  214  5.9999999999999996e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  65.57 
 
 
144 aa  165  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  49.45 
 
 
181 aa  157  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  46.29 
 
 
186 aa  153  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  46.11 
 
 
194 aa  142  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  45.9 
 
 
188 aa  122  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  44.91 
 
 
189 aa  115  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  38.92 
 
 
194 aa  92  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.18 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
226 aa  65.1  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
185 aa  62.8  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  33.11 
 
 
185 aa  62.4  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.17 
 
 
166 aa  61.6  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.86 
 
 
171 aa  61.6  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  34.62 
 
 
198 aa  61.6  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.85 
 
 
166 aa  61.6  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.78 
 
 
202 aa  61.2  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.21 
 
 
170 aa  59.7  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.66 
 
 
201 aa  59.3  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 
176 aa  59.3  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.67 
 
 
167 aa  59.3  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.4 
 
 
201 aa  58.2  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  37.66 
 
 
176 aa  58.2  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.48 
 
 
173 aa  58.2  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0306306  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  46.3 
 
 
219 aa  57.8  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.17 
 
 
181 aa  57.8  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.71 
 
 
193 aa  57.4  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2900  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.71 
 
 
171 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.44 
 
 
222 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.86 
 
 
200 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.31 
 
 
175 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.73 
 
 
175 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
187 aa  56.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.440757  normal  0.202243 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
202 aa  55.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.446686 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.93 
 
 
176 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.74 
 
 
185 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3697  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.19 
 
 
201 aa  55.8  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.53 
 
 
168 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.84 
 
 
167 aa  55.1  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142363  normal  0.0113176 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.96 
 
 
171 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  27.22 
 
 
239 aa  55.1  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  29.09 
 
 
200 aa  55.1  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
165 aa  55.1  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  27.08 
 
 
167 aa  54.7  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3852  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.47 
 
 
170 aa  54.7  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8788  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.66 
 
 
183 aa  54.7  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.808008 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8720  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.7 
 
 
177 aa  54.3  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0889132  normal  0.0168967 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.14 
 
 
174 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5091  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.98 
 
 
174 aa  53.9  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.06 
 
 
175 aa  54.3  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.88 
 
 
172 aa  53.9  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.94 
 
 
169 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.55 
 
 
170 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.96 
 
 
192 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.01 
 
 
199 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0954  RNA polymerase sigma-70 factor  26.35 
 
 
197 aa  53.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4104  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.64 
 
 
171 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.495485  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2763  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.41 
 
 
206 aa  53.5  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000898163 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.28 
 
 
219 aa  53.5  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.26 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.7 
 
 
177 aa  53.1  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.11 
 
 
181 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  28.06 
 
 
194 aa  52.4  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>