More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2367 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
188 aa  390  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  82.45 
 
 
188 aa  322  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  81.38 
 
 
188 aa  320  6e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  79.37 
 
 
189 aa  317  5e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  79.79 
 
 
188 aa  316  1e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  77.01 
 
 
189 aa  298  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  75.13 
 
 
188 aa  292  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  75.13 
 
 
188 aa  292  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  75.79 
 
 
237 aa  290  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  67.2 
 
 
188 aa  269  2e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  67.55 
 
 
188 aa  265  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  63.35 
 
 
187 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  64.92 
 
 
188 aa  243  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
187 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
187 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
187 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
187 aa  241  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
187 aa  239  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  62.3 
 
 
187 aa  239  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
187 aa  240  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
187 aa  240  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  61.78 
 
 
187 aa  238  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  63.87 
 
 
188 aa  237  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  61.17 
 
 
188 aa  231  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  60.64 
 
 
188 aa  231  6e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  61.26 
 
 
186 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  61.26 
 
 
186 aa  229  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  61.26 
 
 
186 aa  229  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  61.26 
 
 
186 aa  229  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  61.26 
 
 
186 aa  229  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  61.26 
 
 
186 aa  229  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  61.26 
 
 
211 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  61.26 
 
 
211 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  62.23 
 
 
188 aa  228  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  60.11 
 
 
192 aa  226  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.5 
 
 
189 aa  218  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  55.26 
 
 
196 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  54.44 
 
 
169 aa  181  5.0000000000000004e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  43.62 
 
 
181 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  44.51 
 
 
194 aa  135  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.2 
 
 
144 aa  129  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  42.46 
 
 
186 aa  122  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  41.4 
 
 
188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  39.31 
 
 
189 aa  100  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  36.46 
 
 
194 aa  95.9  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.61 
 
 
239 aa  71.6  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.7 
 
 
174 aa  68.6  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
167 aa  68.6  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.34 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2838  transcriptional regulator, LuxR family  25.28 
 
 
188 aa  63.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43909  normal  0.15298 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8720  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.82 
 
 
177 aa  62.8  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0889132  normal  0.0168967 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.66 
 
 
172 aa  62.4  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.95 
 
 
168 aa  62  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.71 
 
 
166 aa  61.6  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  29.22 
 
 
183 aa  61.6  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1438  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.34 
 
 
167 aa  61.2  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.6 
 
 
169 aa  59.7  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  42.31 
 
 
185 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0765  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.47 
 
 
167 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.288723 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.31 
 
 
185 aa  60.1  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.06 
 
 
166 aa  59.3  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0146  transcriptional regulator, LuxR family  30.25 
 
 
197 aa  58.9  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3554  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.65 
 
 
191 aa  58.5  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.642665 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  39.77 
 
 
198 aa  58.5  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
226 aa  58.2  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  28.02 
 
 
214 aa  58.5  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
175 aa  58.2  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0790  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.98 
 
 
163 aa  58.2  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.11 
 
 
175 aa  57.8  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.21 
 
 
170 aa  57  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.89 
 
 
175 aa  57.4  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200725  normal  0.0299825 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  44.07 
 
 
219 aa  56.6  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.7 
 
 
171 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3855  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
172 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.61 
 
 
181 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.01 
 
 
202 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.446686 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.51 
 
 
222 aa  56.2  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2090  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
171 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0706  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.97 
 
 
189 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.727205  normal  0.0985674 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.64 
 
 
202 aa  55.5  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4646  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.33 
 
 
172 aa  55.8  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  44.64 
 
 
176 aa  55.5  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.82 
 
 
176 aa  55.5  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.24 
 
 
176 aa  55.1  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2900  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.59 
 
 
171 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3046  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.28 
 
 
166 aa  55.1  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.128399  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0375  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.7 
 
 
189 aa  54.7  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6700  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.41 
 
 
165 aa  54.7  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.500111 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.86 
 
 
201 aa  54.3  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.9 
 
 
171 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.11 
 
 
218 aa  54.3  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.94 
 
 
165 aa  54.3  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  52.08 
 
 
201 aa  54.3  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 
167 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6922  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.58 
 
 
192 aa  53.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.16 
 
 
167 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142363  normal  0.0113176 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.33 
 
 
185 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6553  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.92 
 
 
186 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000129016  normal  0.35741 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
170 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.84 
 
 
219 aa  53.5  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>