More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2894 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
188 aa  388  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  70.21 
 
 
188 aa  278  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  70.74 
 
 
188 aa  278  5e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  70.97 
 
 
188 aa  275  3e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  67.55 
 
 
188 aa  265  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  65.96 
 
 
188 aa  265  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  65.96 
 
 
187 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  64.89 
 
 
187 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  64.89 
 
 
187 aa  249  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  64.89 
 
 
187 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  65.43 
 
 
187 aa  249  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  64.89 
 
 
187 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  64.89 
 
 
187 aa  249  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
187 aa  248  5e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
187 aa  248  5e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
187 aa  247  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  63.83 
 
 
188 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  63.83 
 
 
188 aa  245  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  61.38 
 
 
189 aa  245  3e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  62.23 
 
 
188 aa  244  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  62.23 
 
 
188 aa  243  9e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  62.63 
 
 
237 aa  243  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
186 aa  242  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
186 aa  241  3e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
186 aa  241  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
186 aa  241  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
186 aa  241  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
186 aa  241  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
211 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
211 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  61.38 
 
 
188 aa  241  5e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  61.38 
 
 
188 aa  241  5e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  63.83 
 
 
188 aa  240  7e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  60.96 
 
 
189 aa  236  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.32 
 
 
189 aa  232  3e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  59.57 
 
 
192 aa  226  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  54.79 
 
 
196 aa  205  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  52.66 
 
 
169 aa  180  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  46.41 
 
 
181 aa  147  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  46.02 
 
 
186 aa  140  9e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  45.14 
 
 
194 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.89 
 
 
144 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  43.46 
 
 
188 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  39.88 
 
 
189 aa  101  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  38.98 
 
 
194 aa  93.6  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  30.56 
 
 
183 aa  72  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.41 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.08 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.71 
 
 
167 aa  65.9  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.97 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.77 
 
 
166 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.17 
 
 
166 aa  62  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2838  transcriptional regulator, LuxR family  25.14 
 
 
188 aa  61.2  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43909  normal  0.15298 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  31.79 
 
 
167 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  31.21 
 
 
233 aa  60.1  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
170 aa  58.5  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3554  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.47 
 
 
191 aa  58.5  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.642665 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.23 
 
 
175 aa  58.9  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.67 
 
 
175 aa  58.5  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.72 
 
 
176 aa  58.5  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.59 
 
 
169 aa  58.2  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.94 
 
 
193 aa  57.4  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  30.86 
 
 
201 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.26 
 
 
172 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.29032  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.48 
 
 
165 aa  57.4  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.05 
 
 
202 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  27.17 
 
 
176 aa  57  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  41.98 
 
 
185 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.65 
 
 
216 aa  56.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3400  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.28 
 
 
176 aa  57  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0526069  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.59 
 
 
222 aa  56.6  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.94 
 
 
181 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.98 
 
 
185 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.22 
 
 
201 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  25.58 
 
 
187 aa  55.8  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5152  transcriptional regulator, LuxR family  26.99 
 
 
168 aa  55.5  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.448203  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.96 
 
 
168 aa  54.7  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.41 
 
 
171 aa  54.7  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.07 
 
 
172 aa  54.3  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6922  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.57 
 
 
192 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
175 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200725  normal  0.0299825 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  48 
 
 
219 aa  53.9  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.31 
 
 
202 aa  53.9  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.446686 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  38.03 
 
 
226 aa  53.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.07 
 
 
199 aa  53.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.40169 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.29 
 
 
181 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  29.75 
 
 
225 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.99 
 
 
173 aa  53.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  29.75 
 
 
225 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.57 
 
 
174 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2090  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.57 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  27.68 
 
 
200 aa  52.8  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4104  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.88 
 
 
171 aa  52.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.495485  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3625  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.67 
 
 
199 aa  52.4  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.347473  normal  0.725536 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
170 aa  52.4  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  44 
 
 
198 aa  52.4  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0375  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.14 
 
 
189 aa  52.4  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  29.75 
 
 
225 aa  52.4  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  40.32 
 
 
175 aa  52  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.26 
 
 
203 aa  52  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>