More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04572 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
189 aa  375  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  66.67 
 
 
194 aa  220  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  46.2 
 
 
181 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  47.31 
 
 
188 aa  125  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  42.86 
 
 
194 aa  116  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  42.29 
 
 
186 aa  115  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  44.91 
 
 
187 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  43.11 
 
 
187 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  42.86 
 
 
192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  43.11 
 
 
187 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  43.11 
 
 
187 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  42.51 
 
 
187 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  42.51 
 
 
187 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  42.51 
 
 
187 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  43.71 
 
 
187 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  43.37 
 
 
211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  43.37 
 
 
211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  43.37 
 
 
186 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  43.37 
 
 
186 aa  111  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  43.37 
 
 
186 aa  111  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  43.37 
 
 
186 aa  111  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  43.37 
 
 
186 aa  111  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  43.37 
 
 
186 aa  111  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  42.51 
 
 
187 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  41.92 
 
 
187 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  43.02 
 
 
188 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  43.02 
 
 
188 aa  108  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  42.94 
 
 
196 aa  105  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  40.34 
 
 
189 aa  105  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  38.73 
 
 
188 aa  104  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  42.44 
 
 
188 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  42.44 
 
 
188 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  42.44 
 
 
188 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.91 
 
 
189 aa  102  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  38.73 
 
 
188 aa  102  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.88 
 
 
188 aa  101  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.29 
 
 
237 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  39.31 
 
 
188 aa  100  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  38.73 
 
 
188 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  39.49 
 
 
169 aa  97.4  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  38.29 
 
 
188 aa  94.4  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  38.29 
 
 
188 aa  94.4  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  40.35 
 
 
188 aa  94.4  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  37.5 
 
 
189 aa  93.2  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  29.24 
 
 
214 aa  67.8  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.84 
 
 
201 aa  63.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.76 
 
 
218 aa  62.8  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.31 
 
 
198 aa  62  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.72 
 
 
202 aa  61.6  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6484  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.68 
 
 
182 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.743744  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.76 
 
 
232 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.68 
 
 
182 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.345458 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0377  sigma-70, region 4 type 2  55.56 
 
 
174 aa  58.9  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.230073  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  29.49 
 
 
181 aa  58.5  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  33.96 
 
 
176 aa  58.5  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  42.31 
 
 
185 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.59 
 
 
185 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2838  transcriptional regulator, LuxR family  32.4 
 
 
188 aa  58.2  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43909  normal  0.15298 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4933  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.08 
 
 
218 aa  58.2  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.366814 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  32.69 
 
 
179 aa  58.2  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.43 
 
 
169 aa  58.2  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.63 
 
 
165 aa  57.8  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0117926  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.33 
 
 
201 aa  57.4  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.59 
 
 
191 aa  57.4  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.2 
 
 
228 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.03 
 
 
222 aa  56.6  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2367  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.36 
 
 
223 aa  57  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.41 
 
 
172 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.33 
 
 
221 aa  56.6  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4185  ECF subfamily RNA polymerase sigma 24 subunit  33.08 
 
 
218 aa  56.2  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  30.36 
 
 
219 aa  55.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44 
 
 
176 aa  55.1  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.79 
 
 
176 aa  54.7  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 
179 aa  54.7  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2578  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.91 
 
 
269 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.73 
 
 
181 aa  54.7  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4370  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.5 
 
 
218 aa  54.7  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.338054  normal  0.0299236 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.46 
 
 
171 aa  54.7  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0080  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.75 
 
 
163 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.400296  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.17 
 
 
234 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  30.13 
 
 
223 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2801  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.17 
 
 
235 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678244  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.81 
 
 
201 aa  53.9  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.07 
 
 
208 aa  53.9  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0377952 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.66 
 
 
165 aa  53.9  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  30.19 
 
 
182 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3150  RNA polymerase sigma factor  30.57 
 
 
200 aa  53.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117727  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0591  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.56 
 
 
186 aa  53.5  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6922  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.57 
 
 
192 aa  53.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32780  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.47 
 
 
197 aa  53.1  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.504522  normal  0.281613 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3587  sigma-70, region 4 type 2  28.99 
 
 
170 aa  53.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.31 
 
 
175 aa  52.8  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4104  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.37 
 
 
171 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.495485  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0900  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.7 
 
 
191 aa  52.8  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.581812  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
184 aa  52.4  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
166 aa  52.4  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.81 
 
 
193 aa  52.4  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35 
 
 
144 aa  52.4  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2310  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
163 aa  52  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
194 aa  52  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>