More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3076 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
192 aa  395  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  70.05 
 
 
187 aa  277  8e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  70.05 
 
 
187 aa  276  9e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  70.05 
 
 
187 aa  276  9e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  70.05 
 
 
187 aa  276  9e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  70.05 
 
 
187 aa  276  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  70.05 
 
 
187 aa  275  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  70.05 
 
 
187 aa  275  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  68.98 
 
 
187 aa  273  9e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
187 aa  271  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  68.98 
 
 
187 aa  270  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
186 aa  268  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
211 aa  267  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
211 aa  267  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
186 aa  267  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
186 aa  267  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
186 aa  267  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
186 aa  267  7e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  68.45 
 
 
186 aa  267  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  67.54 
 
 
188 aa  261  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  67.02 
 
 
188 aa  260  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  65.78 
 
 
196 aa  259  2e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  67.02 
 
 
188 aa  256  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  66.49 
 
 
188 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  66.49 
 
 
188 aa  252  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.85 
 
 
189 aa  237  9e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  61.7 
 
 
188 aa  234  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  61.17 
 
 
188 aa  233  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  65.09 
 
 
169 aa  231  7.000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  60.11 
 
 
188 aa  226  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.57 
 
 
188 aa  226  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  59.26 
 
 
189 aa  223  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.53 
 
 
237 aa  221  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  59.68 
 
 
188 aa  216  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  57.45 
 
 
188 aa  216  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  59.79 
 
 
188 aa  216  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  59.79 
 
 
188 aa  216  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  57.45 
 
 
189 aa  212  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  45.86 
 
 
186 aa  158  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  46.24 
 
 
181 aa  155  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  44.75 
 
 
194 aa  148  4e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  61.11 
 
 
144 aa  138  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  44.69 
 
 
188 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  43.27 
 
 
189 aa  111  8.000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  42.13 
 
 
194 aa  107  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.24 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.98 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  30.49 
 
 
226 aa  63.5  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.12 
 
 
193 aa  62.8  0.000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.53 
 
 
202 aa  62  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.18 
 
 
176 aa  62  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.47 
 
 
176 aa  61.6  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  31.25 
 
 
241 aa  61.6  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.29 
 
 
185 aa  61.6  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.06 
 
 
169 aa  61.2  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  31.29 
 
 
185 aa  61.2  0.000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  27.17 
 
 
183 aa  60.8  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.83 
 
 
201 aa  60.5  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.99 
 
 
170 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.06 
 
 
166 aa  60.5  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  28.25 
 
 
200 aa  59.7  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 
201 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.93 
 
 
222 aa  60.1  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.06 
 
 
172 aa  59.7  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  30 
 
 
176 aa  59.7  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.97 
 
 
185 aa  59.3  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.9 
 
 
166 aa  59.7  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2900  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.71 
 
 
171 aa  58.9  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.35 
 
 
187 aa  59.3  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.440757  normal  0.202243 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  30.91 
 
 
177 aa  58.9  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3400  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
176 aa  58.5  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0526069  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3697  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  29.55 
 
 
201 aa  58.5  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8788  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.17 
 
 
183 aa  58.2  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.808008 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  48.15 
 
 
219 aa  58.2  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.67 
 
 
167 aa  57.8  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.05 
 
 
173 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.562592  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.81 
 
 
200 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  28.67 
 
 
167 aa  57.4  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  35.9 
 
 
198 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.39 
 
 
202 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.446686 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.13 
 
 
189 aa  56.6  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1784  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.69 
 
 
180 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0163  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.03 
 
 
221 aa  56.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000750061  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.97 
 
 
216 aa  56.2  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.78 
 
 
171 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.07 
 
 
174 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4104  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.48 
 
 
171 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.495485  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 
175 aa  55.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.91 
 
 
192 aa  55.5  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0900  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
191 aa  55.5  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.581812  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0765  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.13 
 
 
167 aa  55.5  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.288723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.13 
 
 
199 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.05 
 
 
191 aa  55.5  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2090  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.86 
 
 
171 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.86 
 
 
171 aa  55.1  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0935  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.5 
 
 
170 aa  55.1  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.03 
 
 
243 aa  55.1  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.63 
 
 
193 aa  55.1  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  29.89 
 
 
175 aa  54.7  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2838  transcriptional regulator, LuxR family  24.39 
 
 
188 aa  54.7  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43909  normal  0.15298 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>