More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1064 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
189 aa  388  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  70.37 
 
 
187 aa  279  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  70.37 
 
 
187 aa  278  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  70.37 
 
 
187 aa  278  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  70.37 
 
 
187 aa  278  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  69.84 
 
 
187 aa  278  4e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  69.84 
 
 
187 aa  278  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  69.84 
 
 
187 aa  278  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  70.37 
 
 
187 aa  277  7e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  69.84 
 
 
187 aa  275  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  69.84 
 
 
187 aa  275  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
186 aa  269  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
211 aa  268  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
211 aa  268  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
186 aa  269  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
186 aa  269  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
186 aa  269  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
186 aa  269  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
186 aa  269  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  68.95 
 
 
188 aa  267  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
188 aa  266  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  65.61 
 
 
188 aa  261  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  65.08 
 
 
188 aa  259  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  68.25 
 
 
188 aa  256  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  60.85 
 
 
192 aa  237  9e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  62.57 
 
 
188 aa  236  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.32 
 
 
188 aa  232  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  91.6 
 
 
144 aa  231  5e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  57.14 
 
 
189 aa  231  5e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  58.12 
 
 
188 aa  226  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  57.59 
 
 
188 aa  224  6e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  56.61 
 
 
188 aa  221  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  56.61 
 
 
188 aa  221  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  55.08 
 
 
196 aa  220  7e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  56.54 
 
 
188 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  55.5 
 
 
188 aa  218  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  56.38 
 
 
189 aa  218  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.26 
 
 
237 aa  214  9e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  58.24 
 
 
169 aa  197  5e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  47.28 
 
 
181 aa  160  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  44.2 
 
 
186 aa  151  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  43.89 
 
 
194 aa  135  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  44.51 
 
 
188 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  40.91 
 
 
189 aa  102  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  39.88 
 
 
194 aa  98.2  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.47 
 
 
172 aa  66.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.12 
 
 
239 aa  64.3  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  30.18 
 
 
201 aa  63.2  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.78 
 
 
169 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.21 
 
 
175 aa  62.4  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.57 
 
 
166 aa  62.8  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.05 
 
 
170 aa  62  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.61 
 
 
167 aa  61.6  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  38.46 
 
 
176 aa  60.5  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.4 
 
 
166 aa  60.1  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
202 aa  59.7  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2838  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 
188 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43909  normal  0.15298 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  28.65 
 
 
214 aa  58.5  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.17 
 
 
222 aa  58.5  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
181 aa  58.2  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3855  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.14 
 
 
172 aa  57  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.71 
 
 
201 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.98 
 
 
171 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  25.41 
 
 
183 aa  56.6  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
176 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.47 
 
 
176 aa  56.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0269  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.67 
 
 
188 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.764981 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  36.59 
 
 
185 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 
167 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.33 
 
 
173 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0306306  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.59 
 
 
185 aa  55.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.84 
 
 
168 aa  55.1  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 
171 aa  54.7  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27120  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.54 
 
 
206 aa  54.3  0.0000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3400  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.51 
 
 
176 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0526069  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.86 
 
 
175 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200725  normal  0.0299825 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2662  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
168 aa  53.9  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
168 aa  53.9  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.204704  normal  0.0212517 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.51 
 
 
208 aa  53.9  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0377952 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.67 
 
 
181 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.99 
 
 
171 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6922  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.52 
 
 
192 aa  53.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.8 
 
 
175 aa  53.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1055  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.67 
 
 
167 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3852  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.89 
 
 
170 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  42.19 
 
 
219 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.16 
 
 
177 aa  53.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.06 
 
 
193 aa  52.8  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8720  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.06 
 
 
177 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0889132  normal  0.0168967 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0714  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.13 
 
 
524 aa  52.4  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  29.94 
 
 
175 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  25.44 
 
 
223 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38280  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  43.1 
 
 
207 aa  52  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3554  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.47 
 
 
191 aa  51.6  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.642665 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0935  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.52 
 
 
170 aa  51.6  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.14 
 
 
224 aa  51.6  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.35313  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1784  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
180 aa  51.2  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.15 
 
 
175 aa  51.6  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.25 
 
 
170 aa  51.2  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
226 aa  51.2  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>