More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4868 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
237 aa  493  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  78.95 
 
 
189 aa  306  1.0000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  77.37 
 
 
188 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  77.37 
 
 
188 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  76.84 
 
 
188 aa  296  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  76.84 
 
 
188 aa  293  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  75.66 
 
 
189 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  75.79 
 
 
188 aa  288  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  72.11 
 
 
188 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  62.63 
 
 
188 aa  241  6e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  63.02 
 
 
188 aa  235  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  61.78 
 
 
187 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  61.7 
 
 
188 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  62.11 
 
 
187 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  61.58 
 
 
187 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  61.58 
 
 
187 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  61.58 
 
 
187 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  62.5 
 
 
188 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  61.58 
 
 
187 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  61.58 
 
 
187 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  60.53 
 
 
187 aa  229  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  60.53 
 
 
187 aa  228  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  60.53 
 
 
187 aa  228  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  58.95 
 
 
186 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  59.38 
 
 
188 aa  222  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  58.95 
 
 
186 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  58.95 
 
 
186 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  58.95 
 
 
186 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  58.95 
 
 
186 aa  222  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  59.38 
 
 
188 aa  222  4e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  58.95 
 
 
186 aa  222  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  58.95 
 
 
211 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  58.95 
 
 
211 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  60.53 
 
 
192 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  59.38 
 
 
188 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.26 
 
 
189 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  51.87 
 
 
196 aa  191  8e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  52.35 
 
 
169 aa  169  4e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  42.08 
 
 
194 aa  129  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  40.53 
 
 
181 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  39.33 
 
 
186 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.88 
 
 
144 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  38.05 
 
 
194 aa  102  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  37.1 
 
 
188 aa  102  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  38.29 
 
 
189 aa  99.8  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.49 
 
 
169 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.7 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.89 
 
 
172 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  45.71 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.71 
 
 
185 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.8 
 
 
170 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.06 
 
 
168 aa  62.8  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.5 
 
 
222 aa  62.4  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0765  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.16 
 
 
167 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.288723 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.83 
 
 
175 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  37.4 
 
 
239 aa  60.5  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.1 
 
 
166 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.7 
 
 
171 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3046  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.11 
 
 
166 aa  59.7  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.128399  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0935  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.74 
 
 
170 aa  58.9  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  43.75 
 
 
176 aa  58.5  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.28 
 
 
166 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  46.3 
 
 
219 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
201 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.79 
 
 
202 aa  57.8  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2838  transcriptional regulator, LuxR family  23.08 
 
 
188 aa  56.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43909  normal  0.15298 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.19 
 
 
176 aa  56.2  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  40 
 
 
198 aa  55.8  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.03 
 
 
174 aa  55.8  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.45 
 
 
167 aa  55.8  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  43.86 
 
 
201 aa  55.5  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
203 aa  55.1  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6922  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.44 
 
 
192 aa  55.1  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1438  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.63 
 
 
167 aa  55.1  0.0000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.88 
 
 
175 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2900  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.6 
 
 
171 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.18 
 
 
175 aa  54.7  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200725  normal  0.0299825 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
189 aa  54.7  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3855  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.8 
 
 
172 aa  54.7  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.46 
 
 
202 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.446686 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.76 
 
 
181 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  28.21 
 
 
183 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8788  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.89 
 
 
183 aa  53.9  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.808008 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.71 
 
 
187 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.440757  normal  0.202243 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0790  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.71 
 
 
163 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38280  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  38.03 
 
 
207 aa  54.3  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.35 
 
 
199 aa  53.9  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.40169 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8352  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.37 
 
 
173 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.9 
 
 
165 aa  54.3  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 
167 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.45 
 
 
193 aa  53.5  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.72 
 
 
176 aa  53.5  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5091  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.34 
 
 
174 aa  53.5  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
175 aa  53.1  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0482  sigma-24  49.09 
 
 
238 aa  53.1  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 
192 aa  53.1  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.94 
 
 
165 aa  53.1  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0117926  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  32.34 
 
 
226 aa  52.8  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  32.52 
 
 
239 aa  52.8  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6117  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.88 
 
 
170 aa  52.8  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>