More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2078 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
188 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  95.21 
 
 
188 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  95.21 
 
 
188 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  81.38 
 
 
188 aa  318  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  79.79 
 
 
188 aa  314  4e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  76.06 
 
 
187 aa  296  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  75.53 
 
 
187 aa  295  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  75.53 
 
 
187 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  75 
 
 
187 aa  294  4e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  75.53 
 
 
187 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  75.53 
 
 
187 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  75.53 
 
 
187 aa  292  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
187 aa  291  4e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
187 aa  291  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
187 aa  291  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
186 aa  285  4e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
211 aa  284  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
211 aa  284  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
186 aa  283  7e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
186 aa  283  7e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
186 aa  283  7e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
186 aa  283  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  74.47 
 
 
186 aa  283  7e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  69.31 
 
 
189 aa  267  5e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  67.02 
 
 
192 aa  266  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  69.52 
 
 
188 aa  254  5e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  65.43 
 
 
188 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  64.36 
 
 
188 aa  249  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  63.83 
 
 
188 aa  245  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  63.49 
 
 
189 aa  239  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  62.23 
 
 
188 aa  236  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  62.96 
 
 
188 aa  235  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  62.96 
 
 
188 aa  235  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  60.11 
 
 
188 aa  232  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.94 
 
 
237 aa  226  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  61.5 
 
 
189 aa  226  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  59.89 
 
 
196 aa  224  5.0000000000000005e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  58.58 
 
 
169 aa  209  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  48.89 
 
 
181 aa  160  7e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  65.29 
 
 
144 aa  156  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  46.15 
 
 
186 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  46.86 
 
 
194 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  46.96 
 
 
188 aa  123  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  42.44 
 
 
189 aa  107  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  41.52 
 
 
194 aa  100  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
185 aa  67.8  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  33.11 
 
 
185 aa  67.4  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.68 
 
 
166 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
239 aa  65.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.94 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.55 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.89 
 
 
172 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.71 
 
 
175 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.99 
 
 
170 aa  62.4  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.97 
 
 
202 aa  61.6  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  29.88 
 
 
226 aa  61.2  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.21 
 
 
176 aa  61.2  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.33 
 
 
193 aa  60.5  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  30.61 
 
 
167 aa  60.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  30.49 
 
 
201 aa  60.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
185 aa  60.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.49 
 
 
173 aa  59.3  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0306306  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.93 
 
 
167 aa  58.9  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.9 
 
 
167 aa  58.9  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142363  normal  0.0113176 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4646  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.58 
 
 
172 aa  58.9  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0765  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.62 
 
 
167 aa  58.5  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.288723 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2838  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 
188 aa  58.5  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.43909  normal  0.15298 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.67 
 
 
201 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.84 
 
 
176 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  48.15 
 
 
219 aa  57  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.85 
 
 
169 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  28.92 
 
 
200 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.86 
 
 
175 aa  56.6  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200725  normal  0.0299825 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  38.67 
 
 
176 aa  57  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  29.45 
 
 
175 aa  56.6  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  39.19 
 
 
198 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.59 
 
 
181 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5137  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.38 
 
 
171 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.97666  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.71 
 
 
170 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.14633 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.9 
 
 
184 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.288723 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.59 
 
 
171 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.88 
 
 
168 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.47 
 
 
219 aa  56.2  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.42 
 
 
170 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0119  LuxR family transcriptional regulator  49.02 
 
 
166 aa  55.5  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.8 
 
 
192 aa  55.8  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.86 
 
 
222 aa  55.5  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2900  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.56 
 
 
171 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4104  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.94 
 
 
171 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.495485  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.78 
 
 
165 aa  55.5  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  27.37 
 
 
214 aa  55.1  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0281  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28 
 
 
203 aa  55.1  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8720  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.28 
 
 
177 aa  55.1  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0889132  normal  0.0168967 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.16 
 
 
187 aa  54.7  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.440757  normal  0.202243 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38280  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  30.91 
 
 
207 aa  54.7  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.14 
 
 
174 aa  54.7  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
175 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.85 
 
 
200 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  38.03 
 
 
225 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6922  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.33 
 
 
192 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>