More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2956 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
194 aa  395  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  64.44 
 
 
186 aa  229  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  61.88 
 
 
181 aa  228  5e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  54.7 
 
 
188 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  44.32 
 
 
196 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  44.75 
 
 
192 aa  148  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  47.95 
 
 
187 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  48.5 
 
 
187 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  48.5 
 
 
187 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  48.5 
 
 
187 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  47.95 
 
 
187 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  47.95 
 
 
187 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  46.29 
 
 
188 aa  143  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  45.71 
 
 
188 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  45.71 
 
 
188 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  47.9 
 
 
187 aa  142  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  46.11 
 
 
187 aa  142  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  45.71 
 
 
188 aa  140  9e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  45.51 
 
 
187 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  45.51 
 
 
187 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  44.92 
 
 
211 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  44.92 
 
 
211 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  47.06 
 
 
186 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  47.59 
 
 
186 aa  139  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  47.59 
 
 
186 aa  139  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  47.59 
 
 
186 aa  139  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  47.59 
 
 
186 aa  139  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  47.59 
 
 
186 aa  139  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.14 
 
 
188 aa  135  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  44.51 
 
 
188 aa  135  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  46.33 
 
 
188 aa  135  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.89 
 
 
189 aa  135  5e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  47.37 
 
 
188 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  41.67 
 
 
188 aa  131  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.08 
 
 
237 aa  129  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  42.86 
 
 
189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  39.89 
 
 
188 aa  125  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  42.13 
 
 
188 aa  125  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  42.95 
 
 
169 aa  124  6e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  39.11 
 
 
188 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  39.11 
 
 
188 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  39.46 
 
 
189 aa  119  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  42.86 
 
 
189 aa  115  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  42.69 
 
 
194 aa  109  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.54 
 
 
223 aa  78.6  0.00000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.58 
 
 
144 aa  75.1  0.0000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  32.11 
 
 
214 aa  72.4  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
199 aa  64.7  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.11 
 
 
199 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.06 
 
 
199 aa  63.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.22 
 
 
206 aa  62.8  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.11 
 
 
199 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.11 
 
 
199 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.11 
 
 
199 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.11 
 
 
199 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
206 aa  62  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  33.55 
 
 
175 aa  62  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.81 
 
 
199 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.81 
 
 
199 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
192 aa  60.8  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.84 
 
 
170 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.24 
 
 
199 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.48 
 
 
214 aa  60.1  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.37 
 
 
202 aa  60.5  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32800  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.49 
 
 
212 aa  60.5  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.194133 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.97 
 
 
216 aa  60.1  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.47 
 
 
199 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.47 
 
 
199 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1662  RNA polymerase sigma-70 factor  25.49 
 
 
191 aa  59.3  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.19397 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.09 
 
 
211 aa  58.9  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.05 
 
 
203 aa  58.9  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.02 
 
 
199 aa  58.2  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.02 
 
 
199 aa  58.2  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.02 
 
 
199 aa  58.2  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
199 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
199 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.81 
 
 
199 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
199 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
199 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0863  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.52 
 
 
190 aa  57.8  0.00000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  4.44823e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
199 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.57 
 
 
199 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.04 
 
 
185 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.27 
 
 
172 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38070  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  30.63 
 
 
173 aa  56.6  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.741976  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0473  sigma-24 (FecI-like)  31.58 
 
 
186 aa  57  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.59 
 
 
392 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0132  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.5 
 
 
194 aa  56.6  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000156135  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.75 
 
 
201 aa  56.6  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.37 
 
 
180 aa  56.6  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  29.61 
 
 
208 aa  56.2  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.61 
 
 
208 aa  56.2  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5152  transcriptional regulator, LuxR family  26.88 
 
 
168 aa  55.8  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.448203  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.54 
 
 
195 aa  55.8  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4646  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
172 aa  55.5  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.79 
 
 
208 aa  55.5  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  30.46 
 
 
180 aa  55.1  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.15 
 
 
169 aa  55.1  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.17 
 
 
184 aa  55.1  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.288723 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0375  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.49 
 
 
189 aa  55.1  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>