More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_A1051 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
169 aa  350  5.9999999999999994e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  65.09 
 
 
192 aa  231  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  59.76 
 
 
187 aa  214  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  58.08 
 
 
196 aa  211  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  60.12 
 
 
187 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  58.58 
 
 
188 aa  209  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  58.58 
 
 
188 aa  209  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  59.52 
 
 
187 aa  209  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  59.52 
 
 
187 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  59.52 
 
 
187 aa  209  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  59.52 
 
 
187 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  59.52 
 
 
187 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  57.4 
 
 
187 aa  206  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  56.8 
 
 
188 aa  205  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  58.33 
 
 
187 aa  205  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  56.21 
 
 
187 aa  204  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  55.62 
 
 
188 aa  203  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  57.4 
 
 
188 aa  202  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  57.14 
 
 
186 aa  201  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  57.14 
 
 
186 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  57.14 
 
 
186 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  57.14 
 
 
186 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  57.14 
 
 
186 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  57.14 
 
 
186 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  57.14 
 
 
211 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  57.14 
 
 
211 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  58.24 
 
 
189 aa  197  3.9999999999999996e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  55.03 
 
 
188 aa  184  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  54.49 
 
 
188 aa  184  8e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  54.44 
 
 
188 aa  181  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  53.85 
 
 
188 aa  181  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.66 
 
 
188 aa  180  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  53.8 
 
 
188 aa  176  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  53.8 
 
 
189 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.35 
 
 
237 aa  170  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  51.18 
 
 
188 aa  167  9e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  51.18 
 
 
188 aa  167  9e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  50.9 
 
 
189 aa  166  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  43.64 
 
 
181 aa  131  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  42.95 
 
 
194 aa  124  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  41.82 
 
 
186 aa  123  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  40.85 
 
 
188 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  40.13 
 
 
189 aa  97.8  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.49 
 
 
144 aa  97.4  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  38.41 
 
 
194 aa  95.5  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.92 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
169 aa  64.3  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.01 
 
 
170 aa  64.3  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.54 
 
 
175 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.08 
 
 
175 aa  62.8  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  26.92 
 
 
167 aa  62.4  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.2 
 
 
202 aa  61.6  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.446686 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.48 
 
 
167 aa  61.2  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  29.11 
 
 
180 aa  61.2  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
166 aa  61.2  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  28.48 
 
 
181 aa  60.1  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.93 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
181 aa  59.3  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.01 
 
 
239 aa  58.9  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.65 
 
 
202 aa  58.5  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2090  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.22 
 
 
171 aa  58.5  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3855  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.66 
 
 
172 aa  58.5  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1784  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.81 
 
 
180 aa  58.5  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  28.4 
 
 
183 aa  58.2  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.12 
 
 
185 aa  58.5  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  28.48 
 
 
181 aa  58.2  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  28.48 
 
 
182 aa  57.4  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
166 aa  57.4  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  38.24 
 
 
176 aa  57  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  27.85 
 
 
181 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  27.85 
 
 
181 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0119  LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 
166 aa  56.6  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0377  sigma-70, region 4 type 2  50 
 
 
174 aa  57  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.230073  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0080  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.33 
 
 
163 aa  57  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.400296  normal  0.226729 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  30.49 
 
 
177 aa  56.6  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.82 
 
 
174 aa  56.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5137  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.16 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.97666  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.35 
 
 
185 aa  56.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  42.65 
 
 
175 aa  55.8  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6945  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.09 
 
 
183 aa  55.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0765  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.67 
 
 
167 aa  55.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.288723 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4646  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.18 
 
 
172 aa  55.8  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  44.44 
 
 
185 aa  55.5  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2900  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.06 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.92 
 
 
187 aa  55.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.44 
 
 
185 aa  55.5  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  28.22 
 
 
175 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3852  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.58 
 
 
170 aa  55.1  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6553  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.05 
 
 
186 aa  55.1  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000129016  normal  0.35741 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.12 
 
 
220 aa  54.7  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0841  Fis family transcriptional regulator  32.26 
 
 
189 aa  54.7  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.145758 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.67 
 
 
175 aa  54.3  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.44 
 
 
199 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0644  RNA polymerase sigma factor SigY  26.88 
 
 
176 aa  53.9  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2310  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.71 
 
 
163 aa  54.3  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.44 
 
 
199 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.83 
 
 
177 aa  53.9  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.417481  normal  0.226807 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.44 
 
 
199 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.44 
 
 
199 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.19 
 
 
165 aa  53.9  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>