More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0703 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 		 194 aa  388  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  72.89 
 
 		 189 aa  230  9e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  46.51 
 
 		 181 aa  122  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  43.86 
 
 		 186 aa  120  9e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  45.45 
 
 		 188 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  42.13 
 
 		 192 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  42.69 
 
 		 194 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.89 
 
 		 189 aa  105  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  38.64 
 
 		 188 aa  105  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  40.35 
 
 		 188 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  40.35 
 
 		 188 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  40.35 
 
 		 188 aa  103  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.8 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  36.36 
 
 		 188 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  40.12 
 
 		 187 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  37.78 
 
 		 188 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  41.52 
 
 		 187 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  39.52 
 
 		 187 aa  102  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  39.77 
 
 		 188 aa  102  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  37.91 
 
 		 189 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  39.66 
 
 		 186 aa  101  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  38.24 
 
 		 196 aa  101  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  40.24 
 
 		 211 aa  101  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  40.24 
 
 		 211 aa  101  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  38.82 
 
 		 187 aa  101  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  40.24 
 
 		 186 aa  101  7e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  40.24 
 
 		 186 aa  101  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  40.24 
 
 		 186 aa  101  7e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  40.24 
 
 		 186 aa  101  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  40.24 
 
 		 186 aa  101  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  36.46 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  38.41 
 
 		 169 aa  100  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.98 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  40.57 
 
 		 188 aa  98.6  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  38.82 
 
 		 187 aa  99  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  39.41 
 
 		 187 aa  97.8  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  39.41 
 
 		 187 aa  97.8  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  39.41 
 
 		 187 aa  97.8  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  39.41 
 
 		 187 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  39.41 
 
 		 187 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  38.07 
 
 		 188 aa  96.7  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  38.07 
 
 		 188 aa  96.7  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  37.85 
 
 		 189 aa  96.3  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  39.77 
 
 		 188 aa  93.6  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  36.31 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  31.18 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.28 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.14 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0759  RNA polymerase sigma factor  30.57 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.14 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 		 183 aa  58.9  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  29.94 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.31 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.79 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  48.65 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  31.01 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.72 
 
 		 176 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.73 
 
 		 169 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  43.42 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  55.36 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1648  FecI-like sigma-24  30.5 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.74 
 
 		 185 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4933  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.96 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.366814 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  31.29 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0377  sigma-70, region 4 type 2  48.28 
 
 		 174 aa  55.5  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.230073  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1318  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.09 
 
 		 237 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.14 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  31.06 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2171  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.02 
 
 		 271 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  34.76 
 
 		 249 aa  54.7  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  37.96 
 
 		 198 aa  54.7  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.93 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  39.45 
 
 		 219 aa  53.9  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 		 144 aa  53.9  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.05 
 
 		 310 aa  54.3  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5021  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.73 
 
 		 186 aa  53.9  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434276  normal  0.047742 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.2 
 
 		 175 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.52 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.56 
 
 		 219 aa  54.3  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3523  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.01 
 
 		 190 aa  53.1  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  30.59 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6134  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.78 
 
 		 301 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.243042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  28.03 
 
 		 233 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1159  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.89 
 
 		 234 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.920505  normal  0.305303 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.72 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.345458 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0119  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 166 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6484  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.72 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.743744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.88 
 
 		 166 aa  53.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.37 
 
 		 203 aa  52.8  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  29.34 
 
 		 200 aa  52.8  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  30.59 
 
 		 181 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0350  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.05 
 
 		 311 aa  52.8  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 		 183 aa  52.8  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0214  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.06 
 
 		 166 aa  52.4  0.000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  31.76 
 
 		 285 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0865  RNA polymerase sigma factor  27.39 
 
 		 227 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  30.59 
 
 		 181 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0787  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.75 
 
 		 179 aa  52.8  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.678164  normal  0.0288483 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.94 
 
 		 220 aa  52.4  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>