More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1327 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1327  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
187 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0987606 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3232  RNA polymerase factor sigma-70  98.4 
 
 
187 aa  380  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.572855  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2023  RNA polymerase factor sigma-70  96.26 
 
 
187 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.132528  normal  0.439377 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1655  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
187 aa  343  7e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2266  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
187 aa  343  7e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744044  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2289  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
187 aa  343  7e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5593  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
187 aa  343  8.999999999999999e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2304  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
187 aa  342  1e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2182  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
187 aa  342  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1044  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
186 aa  337  4e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0908239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1850  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
211 aa  337  8e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1418  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
211 aa  337  8e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1128  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1112  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
186 aa  337  8e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0754  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
186 aa  337  8e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1272  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
186 aa  337  8e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1279  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
186 aa  337  8e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0395  RNA polymerase factor sigma-70  88.24 
 
 
186 aa  337  8e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1012  RNA polymerase factor sigma-70  86.63 
 
 
187 aa  334  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.560801  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2229  RNA polymerase factor sigma-70  72.87 
 
 
188 aa  290  9e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.298198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1906  RNA polymerase factor sigma-70  72.87 
 
 
188 aa  290  9e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0498239  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0946  RNA polymerase factor sigma-70  73.94 
 
 
188 aa  289  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0910  RNA polymerase factor sigma-70  73.4 
 
 
188 aa  288  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2078  RNA polymerase factor sigma-70  75 
 
 
188 aa  286  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1064  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  70.37 
 
 
189 aa  277  7e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148021  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3076  RNA polymerase factor sigma-70  70.05 
 
 
192 aa  277  8e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.882757  normal  0.0139722 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  64.89 
 
 
188 aa  249  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2106  putative RNA polymerase sigma factor transcription regulator protein  67.74 
 
 
188 aa  248  4e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1716  RNA polymerase factor sigma-70  62.23 
 
 
188 aa  244  6e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.172385  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  62.83 
 
 
188 aa  244  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0217  RNA polymerase factor sigma-70  62.57 
 
 
196 aa  242  3e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.590876 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  62.3 
 
 
188 aa  239  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  64.58 
 
 
188 aa  238  4e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  64.58 
 
 
188 aa  238  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  61.26 
 
 
188 aa  237  5.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  60.85 
 
 
189 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.53 
 
 
237 aa  230  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  60.96 
 
 
189 aa  229  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1051  RNA polymerase factor sigma-70  57.4 
 
 
169 aa  206  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0809  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  65.57 
 
 
144 aa  163  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.451966  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0721  RNA polymerase factor sigma-70  47.78 
 
 
181 aa  154  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  45.81 
 
 
186 aa  152  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2956  RNA polymerase factor sigma-70  45.51 
 
 
194 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.322316  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  44.62 
 
 
188 aa  120  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04572  RNA polymerase factor sigma-70  42.51 
 
 
189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0703  RNA polymerase factor sigma-70  40.12 
 
 
194 aa  94.4  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.28 
 
 
239 aa  66.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
226 aa  64.7  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1118  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.89 
 
 
175 aa  62  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.17 
 
 
166 aa  61.6  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6577  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.85 
 
 
166 aa  61.6  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153713  normal  0.0635785 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3689  sigma-24  33.77 
 
 
185 aa  60.5  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1042  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.18 
 
 
185 aa  60.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0705  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
176 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.86 
 
 
171 aa  60.1  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.335461  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3249  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.78 
 
 
202 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00663689  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.86 
 
 
200 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3027  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.01 
 
 
181 aa  59.3  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296349  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5976  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.01 
 
 
170 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.562376 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
176 aa  58.5  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.9 
 
 
185 aa  57.8  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.964336 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3558  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.67 
 
 
167 aa  57.4  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0363332  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0842  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  31.65 
 
 
176 aa  57.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.786617  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.44 
 
 
222 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1154  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  43.94 
 
 
201 aa  57  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.449216 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  46.3 
 
 
219 aa  57.8  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.738543 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2900  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.71 
 
 
171 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.31 
 
 
193 aa  56.6  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
187 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.440757  normal  0.202243 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2472  sigma-24  44.44 
 
 
198 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3697  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.95 
 
 
201 aa  56.6  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.48 
 
 
173 aa  55.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0306306  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  27.22 
 
 
239 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6890  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
175 aa  55.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
202 aa  55.5  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.446686 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.97 
 
 
201 aa  55.5  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3625  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.29 
 
 
199 aa  55.1  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.347473  normal  0.725536 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  27.08 
 
 
167 aa  55.5  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3852  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.17 
 
 
170 aa  55.1  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3047  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.46 
 
 
169 aa  55.1  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0780559  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3594  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.63 
 
 
169 aa  54.7  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000219096  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8788  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.66 
 
 
183 aa  54.7  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.808008 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.14 
 
 
174 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.949511  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5091  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.98 
 
 
174 aa  53.9  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.51 
 
 
171 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1046  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.89 
 
 
172 aa  53.9  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189329  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2763  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.38 
 
 
206 aa  54.3  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000898163 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8720  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.7 
 
 
177 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0889132  normal  0.0168967 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  29.09 
 
 
200 aa  53.9  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.11 
 
 
181 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.53 
 
 
168 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4104  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.81 
 
 
171 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.495485  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.28 
 
 
219 aa  53.5  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.55 
 
 
170 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0935  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.97 
 
 
170 aa  52.8  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.26 
 
 
171 aa  52.8  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0100  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.15 
 
 
175 aa  52.4  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200725  normal  0.0299825 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0077  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.23 
 
 
165 aa  52.4  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0281  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.88 
 
 
203 aa  52.4  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.89 
 
 
196 aa  52  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.96 
 
 
192 aa  52  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>