More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5540 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  100 
 
 		 411 aa  840    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  64.54 
 
 		 375 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4555  signal transduction histidine kinase  46.88 
 
 		 369 aa  320  3.9999999999999996e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4519  signal transduction histidine kinase  42.11 
 
 		 366 aa  255  9e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175783  normal  0.446714 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  41.95 
 
 		 334 aa  249  6e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  42.6 
 
 		 354 aa  248  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4407  signal transduction histidine kinase  39.71 
 
 		 366 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  39.71 
 
 		 366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  42.47 
 
 		 354 aa  242  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  42.64 
 
 		 354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7100  signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  35.13 
 
 		 531 aa  179  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  57.93 
 
 		 534 aa  178  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6532  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 368 aa  176  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0793858  normal  0.366363 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  43.5 
 
 		 544 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  34.62 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  43.06 
 
 		 534 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  34.44 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  55.71 
 
 		 534 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  53.74 
 
 		 544 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  43.18 
 
 		 539 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.11 
 
 		 890 aa  171  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  61.6 
 
 		 164 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  52.41 
 
 		 488 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  52.41 
 
 		 488 aa  171  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 559 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  35.46 
 
 		 533 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  35.46 
 
 		 533 aa  171  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.15 
 
 		 888 aa  170  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  53.1 
 
 		 488 aa  169  7e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  53.21 
 
 		 541 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  56.15 
 
 		 541 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  56.15 
 
 		 541 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  48.03 
 
 		 533 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  49.01 
 
 		 503 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  34.52 
 
 		 342 aa  159  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  58.4 
 
 		 491 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  45.73 
 
 		 507 aa  158  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.64 
 
 		 814 aa  156  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1894  PAS sensor protein  35.74 
 
 		 387 aa  156  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  40.2 
 
 		 364 aa  153  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.41 
 
 		 812 aa  150  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.25 
 
 		 812 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  46.38 
 
 		 463 aa  138  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  47.01 
 
 		 901 aa  138  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  46.38 
 
 		 463 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  43.06 
 
 		 644 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 		 1390 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  31.83 
 
 		 352 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_8113  predicted protein  57.14 
 
 		 103 aa  127  3e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00382654  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  47.75 
 
 		 760 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.15 
 
 		 913 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  47.75 
 
 		 580 aa  122  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.22 
 
 		 578 aa  120  6e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 481 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 481 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  39.16 
 
 		 570 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  38.14 
 
 		 581 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40751  predicted protein  45.61 
 
 		 734 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00189379 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  44.26 
 
 		 723 aa  116  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4331  signal transduction histidine kinase  27.76 
 
 		 545 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.364366 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.16 
 
 		 587 aa  114  3e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  40.97 
 
 		 680 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2006  putative blue-light photoreceptor  46.53 
 
 		 139 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0395879 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1002  signal transduction histidine kinase  29.62 
 
 		 932 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353608  normal  0.0662086 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1135  putative signal transduction histidine kinase  41.73 
 
 		 338 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.177976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  41.35 
 
 		 1317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.64 
 
 		 1877 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.24 
 
 		 1021 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15468  predicted protein  43.81 
 
 		 120 aa  110  4.0000000000000004e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.242872  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.05 
 
 		 959 aa  110  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1231  LuxR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 223 aa  109  7.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0698119  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15977  predicted protein  53.49 
 
 		 108 aa  109  1e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51933  hypothetical protein  41.96 
 
 		 142 aa  108  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.216108  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 		 654 aa  108  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  27.05 
 
 		 326 aa  108  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1820 aa  107  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4845  putative PAS/PAC sensor protein  44.35 
 
 		 149 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 1177 aa  107  4e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  45.54 
 
 		 150 aa  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1787  putative PAS/PAC sensor protein  43.1 
 
 		 152 aa  107  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2087  putative PAS/PAC sensor protein  43.52 
 
 		 240 aa  107  5e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3504  signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 585 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0759377  normal  0.354882 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  25.77 
 
 		 1654 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 		 839 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 		 1017 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 		 336 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36 
 
 		 929 aa  104  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1001  signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 		 674 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.58641  normal  0.0795268 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1000  LuxR family transcriptional regulator  48 
 
 		 195 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.745862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.31 
 
 		 743 aa  103  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  26.54 
 
 		 349 aa  103  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2680  sensory transduction histidine kinase  24.5 
 
 		 886 aa  102  9e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284871  normal  0.0837353 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.32 
 
 		 477 aa  102  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 		 1093 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 		 1093 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 		 905 aa  101  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.58 
 
 		 1238 aa  101  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  41.07 
 
 		 365 aa  100  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.71 
 
 		 1036 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.661545 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>