More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1135 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1135  putative signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 338 aa  683    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.177976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 		 354 aa  152  8e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 		 354 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  35.61 
 
 		 354 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4555  signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  45.04 
 
 		 491 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  32.82 
 
 		 364 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  31.44 
 
 		 345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  51.85 
 
 		 488 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  51.85 
 
 		 488 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 		 375 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  52.34 
 
 		 164 aa  122  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  28.85 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.67 
 
 		 890 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4407  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 366 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  48.15 
 
 		 488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  50.98 
 
 		 503 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4519  signal transduction histidine kinase  27.25 
 
 		 366 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175783  normal  0.446714 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  34.73 
 
 		 644 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  26.23 
 
 		 839 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  41.78 
 
 		 580 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1894  PAS sensor protein  27.3 
 
 		 387 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  36.88 
 
 		 544 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  38.93 
 
 		 531 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 654 aa  113  4.0000000000000004e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  42.74 
 
 		 463 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  41.73 
 
 		 411 aa  112  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  42.74 
 
 		 463 aa  112  8.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.98 
 
 		 888 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  38.93 
 
 		 533 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  31.95 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 		 477 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  38.93 
 
 		 533 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40751  predicted protein  45.38 
 
 		 734 aa  110  3e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00189379 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  47.62 
 
 		 581 aa  110  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  39.77 
 
 		 342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.96 
 
 		 559 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  42.86 
 
 		 723 aa  108  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  32.35 
 
 		 533 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0090  signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 		 358 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  45.37 
 
 		 507 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0591  signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 367 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.76494 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  34.32 
 
 		 544 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  40.46 
 
 		 534 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.72 
 
 		 814 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  36.91 
 
 		 539 aa  106  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  44.35 
 
 		 534 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.67 
 
 		 578 aa  105  8e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2439  signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 		 366 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0424622 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 		 587 aa  105  9e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  44.55 
 
 		 760 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  41.8 
 
 		 150 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 		 913 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3516  signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 368 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.135584  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  35.44 
 
 		 534 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 812 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0075  signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 		 358 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.232772  normal  0.0544453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  36.54 
 
 		 541 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1231  LuxR family transcriptional regulator  48 
 
 		 223 aa  104  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0698119  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  36.54 
 
 		 541 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.18 
 
 		 1820 aa  103  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  36.62 
 
 		 680 aa  104  3e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3015  histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor  28.62 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.64 
 
 		 1021 aa  102  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.35 
 
 		 655 aa  102  7e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15468  predicted protein  43.43 
 
 		 120 aa  102  8e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.242872  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  35.57 
 
 		 541 aa  102  9e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5895  signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 356 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.677371  normal  0.686603 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.76 
 
 		 1877 aa  99.4  7e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  46.81 
 
 		 110 aa  99.4  7e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_8113  predicted protein  45.1 
 
 		 103 aa  99.4  8e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00382654  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1437  PAS fold domain protein  41.35 
 
 		 184 aa  98.6  1e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.298234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2006  putative blue-light photoreceptor  41.38 
 
 		 139 aa  98.6  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0395879 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.95 
 
 		 929 aa  98.2  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 		 901 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 481 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.45 
 
 		 812 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 481 aa  96.3  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1787  putative PAS/PAC sensor protein  39.34 
 
 		 152 aa  96.3  6e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03435  GATA-factor [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q7ZA36]  36.18 
 
 		 837 aa  95.5  1e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.310555 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2265  signal transduction histidine kinase  26.49 
 
 		 365 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.887672  normal  0.277402 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 		 1017 aa  92.8  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  38.79 
 
 		 570 aa  92.4  9e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51933  hypothetical protein  36.28 
 
 		 142 aa  92  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.216108  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2118  signal transduction histidine kinase  25.51 
 
 		 572 aa  91.3  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1000  LuxR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 195 aa  91.3  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.745862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15977  predicted protein  45.45 
 
 		 108 aa  90.9  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4845  putative PAS/PAC sensor protein  43.43 
 
 		 149 aa  89.7  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.35 
 
 		 905 aa  89.7  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5459  signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 749 aa  89.7  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.164522 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  38.53 
 
 		 365 aa  89.4  8e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  34.68 
 
 		 1317 aa  89  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 959 aa  89  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 		 389 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3724  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 		 358 aa  87.4  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0616726  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3458  signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 		 358 aa  87  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.722964 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  23.9 
 
 		 1654 aa  86.7  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 		 922 aa  85.9  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1806  signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 		 681 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.286721 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>