More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_2087 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_2087  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 240 aa  477  1e-134  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  43.51 
 
 		 150 aa  113  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  43.52 
 
 		 411 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  39.13 
 
 		 534 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  43.24 
 
 		 581 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  39.68 
 
 		 534 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.94 
 
 		 1021 aa  105  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1787  putative PAS/PAC sensor protein  39.66 
 
 		 152 aa  104  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  38.26 
 
 		 541 aa  102  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  38.26 
 
 		 541 aa  102  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  37.39 
 
 		 541 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  35.38 
 
 		 534 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  37.39 
 
 		 533 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.57 
 
 		 890 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 		 1877 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  37.39 
 
 		 539 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  35.43 
 
 		 531 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  38.74 
 
 		 507 aa  99.8  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 		 503 aa  99  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  35.65 
 
 		 533 aa  98.6  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  36.52 
 
 		 533 aa  98.2  9e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 481 aa  97.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 481 aa  97.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 888 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  35.83 
 
 		 644 aa  97.4  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  37.27 
 
 		 366 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 		 559 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 		 1820 aa  95.5  6e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4407  signal transduction histidine kinase  37.27 
 
 		 366 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  36.94 
 
 		 488 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 		 901 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  35.65 
 
 		 544 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 		 488 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  37.84 
 
 		 488 aa  94  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  33.04 
 
 		 544 aa  93.6  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  36.04 
 
 		 164 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 		 375 aa  92.4  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  35.54 
 
 		 760 aa  92  8e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1292  putative PAS/PAC sensor protein  36.22 
 
 		 147 aa  92  8e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4519  signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 366 aa  91.7  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175783  normal  0.446714 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 		 578 aa  91.7  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 		 334 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  34.23 
 
 		 360 aa  90.1  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3284  putative PAS/PAC sensor protein  34.68 
 
 		 148 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1578  putative PAS/PAC sensor protein  35.2 
 
 		 151 aa  90.1  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 1741 aa  90.1  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1429  sensory box protein  36.04 
 
 		 148 aa  89.4  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1231  LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 223 aa  89.4  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0698119  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  36.52 
 
 		 1178 aa  89  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 		 578 aa  89  6e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4555  signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 		 369 aa  88.6  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 		 477 aa  88.6  9e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 959 aa  88.6  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.52 
 
 		 1183 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 		 587 aa  87.4  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 		 814 aa  87  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.52 
 
 		 1183 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  38.54 
 
 		 354 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 929 aa  87  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 654 aa  86.3  4e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.33 
 
 		 1017 aa  85.9  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.4 
 
 		 1040 aa  85.5  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  39.58 
 
 		 354 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  39.58 
 
 		 354 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 913 aa  85.5  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.17 
 
 		 905 aa  85.1  9e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  30.14 
 
 		 680 aa  85.1  9e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  38.74 
 
 		 491 aa  85.1  9e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  33.87 
 
 		 148 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4845  putative PAS/PAC sensor protein  32.43 
 
 		 149 aa  84.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.58 
 
 		 1238 aa  84.3  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2006  putative blue-light photoreceptor  34.17 
 
 		 139 aa  83.6  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0395879 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2624  putative PAS/PAC sensor protein  32.26 
 
 		 144 aa  83.2  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 812 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  28.24 
 
 		 570 aa  82.4  0.000000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  30.97 
 
 		 364 aa  82.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  34.55 
 
 		 345 aa  82.4  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  32.43 
 
 		 463 aa  82  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 		 1036 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1367  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.79 
 
 		 905 aa  82  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0722784  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  33.33 
 
 		 1317 aa  81.6  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.4 
 
 		 1036 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15468  predicted protein  33.02 
 
 		 120 aa  81.3  0.00000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.242872  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  32.43 
 
 		 463 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.19 
 
 		 812 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2739  sensory box protein, putative  33.87 
 
 		 151 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  31.43 
 
 		 580 aa  80.1  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3014  putative PAS/PAC sensor protein  33.87 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40751  predicted protein  32.14 
 
 		 734 aa  79.7  0.00000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00189379 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  32.5 
 
 		 792 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4613  putative PAS/PAC sensor protein  33.91 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.444342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.53 
 
 		 1254 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  34.31 
 
 		 723 aa  77.8  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1135  putative signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 		 338 aa  77.8  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.177976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.64 
 
 		 743 aa  77.4  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  35.45 
 
 		 342 aa  75.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1437  PAS fold domain protein  29.03 
 
 		 184 aa  75.5  0.0000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.298234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4489  putative PAS/PAC sensor protein  33.9 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4629  sensory box protein  33.9 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>