240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2511 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2511  lipid-A-disaccharide synthase  100 
 
 		 391 aa  786    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1788  lipid-A-disaccharide synthase  66.75 
 
 		 392 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0879744  normal  0.0112942 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1595  lipid-A-disaccharide synthase  65.9 
 
 		 389 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.525861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1143  lipid-A-disaccharide synthase  59.9 
 
 		 399 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0582133  normal  0.762709 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2041  lipid-A-disaccharide synthase  49.74 
 
 		 394 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.819903  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1149  lipid-A-disaccharide synthase  48.59 
 
 		 395 aa  361  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1107  lipid-A-disaccharide synthase  48.59 
 
 		 395 aa  361  1e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0594  lipid-A-disaccharide synthase  47.04 
 
 		 394 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00179618  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1393  lipid-A-disaccharide synthase  48.17 
 
 		 392 aa  309  6.999999999999999e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3255  lipid-A-disaccharide synthase  40.82 
 
 		 393 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4504  lipid-A-disaccharide synthase  40.05 
 
 		 397 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1707  lipid-A-disaccharide synthase  41.09 
 
 		 396 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4426  lipid-A-disaccharide synthase  44.56 
 
 		 397 aa  252  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0493816 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2815  lipid-A-disaccharide synthase  42.78 
 
 		 393 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2844  lipid-A-disaccharide synthase  41.49 
 
 		 393 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.809049 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1846  lipid-A-disaccharide synthase  41.6 
 
 		 396 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.309879  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4678  lipid-A-disaccharide synthase  40.36 
 
 		 386 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.110539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5220  lipid-A-disaccharide synthase  40.87 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5143  lipid-A-disaccharide synthase  41.09 
 
 		 386 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882909  normal  0.0410721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2449  lipid-A-disaccharide synthase  41.67 
 
 		 396 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.31554 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1504  lipid-A-disaccharide synthase  42.01 
 
 		 380 aa  225  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00835265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1526  lipid-A-disaccharide synthase  43.15 
 
 		 399 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408018  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3434  lipid-A-disaccharide synthase  39 
 
 		 392 aa  223  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293347  normal  0.272129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0645  lipid-A-disaccharide synthase  43.36 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2141  lipid-A-disaccharide synthase  39.22 
 
 		 387 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.408097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1854  lipid-A-disaccharide synthase  34.72 
 
 		 388 aa  206  5e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000278056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3182  lipid-A-disaccharide synthase  35.77 
 
 		 384 aa  206  5e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.701362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3909  lipid-A-disaccharide synthase  37.76 
 
 		 387 aa  205  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.173719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1402  lipid-A-disaccharide synthase  38.61 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.873415  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03224  lipid-A-disaccharide synthase  36.52 
 
 		 379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1374  lipid-A-disaccharide synthase  38.7 
 
 		 379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.698361  normal  0.0541377 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2716  lipid-A-disaccharide synthase  38.7 
 
 		 379 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.71341  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002760  lipid-A-disaccharide synthase  36.68 
 
 		 379 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2448  lipid-A-disaccharide synthase  37.36 
 
 		 384 aa  198  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.753497  hitchhiker  0.000620569 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1356  lipid-A-disaccharide synthase  36.53 
 
 		 380 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1547  lipid A disaccharide synthase  36.9 
 
 		 380 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1159  lipid-A-disaccharide synthase  35.31 
 
 		 375 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.649767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2535  lipid-A-disaccharide synthase  35.73 
 
 		 392 aa  192  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4069  lipid-A-disaccharide synthase  35.31 
 
 		 375 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0368861 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1358  lipid-A-disaccharide synthase  31.98 
 
 		 389 aa  191  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.239828  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4173  lipid-A-disaccharide synthase  35.11 
 
 		 375 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1604  lipid-A-disaccharide synthase  35.11 
 
 		 375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17220  lipid-A-disaccharide synthase  36.79 
 
 		 378 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1496  lipid-A-disaccharide synthase  36.08 
 
 		 378 aa  190  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1838  lipid-A-disaccharide synthase  33.68 
 
 		 379 aa  189  8e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.812439  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1262  lipid-A-disaccharide synthase  32.79 
 
 		 388 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1283  lipid-A-disaccharide synthase  33.76 
 
 		 382 aa  186  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0224286  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1568  lipid-A-disaccharide synthase  33.42 
 
 		 393 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0720  lipid-A-disaccharide synthase  35.68 
 
 		 382 aa  183  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0165687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1114  lipid-A-disaccharide synthase  34.87 
 
 		 376 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.460088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1463  lipid-A-disaccharide synthase  36.8 
 
 		 398 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000311571  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1325  lipid-A-disaccharide synthase  31.71 
 
 		 389 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00591835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0922  lipid-A-disaccharide synthase  32.83 
 
 		 435 aa  182  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3777  lipid-A-disaccharide synthase  33.33 
 
 		 382 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0300164  hitchhiker  0.00176531 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0255  lipid-A-disaccharide synthase  34.45 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1458  lipid-A-disaccharide synthase  37.09 
 
 		 398 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00133768  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0251  lipid-A-disaccharide synthase  34.45 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.660379 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3268  lipid-A-disaccharide synthase  33.16 
 
 		 384 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00291513  normal  0.0527351 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0175  lipid-A-disaccharide synthase  34.87 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00130827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0193  lipid-A-disaccharide synthase  35.11 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000445848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0251  lipid-A-disaccharide synthase  34.45 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  0.659788 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0267  lipid-A-disaccharide synthase  34.45 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3421  lipid-A-disaccharide synthase  34.62 
 
 		 382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000156785  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3478  lipid-A-disaccharide synthase  35.11 
 
 		 382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  normal  0.0362862 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2889  lipid-A-disaccharide synthase  37.39 
 
 		 392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00252112  normal  0.518921 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0184  lipid-A-disaccharide synthase  34.62 
 
 		 382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000688697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0186  lipid-A-disaccharide synthase  34.62 
 
 		 382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000405274  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0576  lipid-A-disaccharide synthase  36.01 
 
 		 386 aa  179  4.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.019099  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1695  lipid-A-disaccharide synthase  31.22 
 
 		 389 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0679136  normal  0.244095 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0270  lipid-A-disaccharide synthase  34.19 
 
 		 382 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0314595  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00180  lipid-A-disaccharide synthase  34.36 
 
 		 382 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000177089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1494  lipid-A-disaccharide synthase  37.09 
 
 		 398 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0038622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00179  hypothetical protein  34.36 
 
 		 382 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3095  lipid-A-disaccharide synthase  37.22 
 
 		 388 aa  179  7e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.335971 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2584  Lipid-A-disaccharide synthase  32.65 
 
 		 388 aa  179  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0192  lipid-A-disaccharide synthase  35.52 
 
 		 382 aa  179  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.103812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2442  lipid-A-disaccharide synthase  31.65 
 
 		 389 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  normal  0.0237275 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2872  lipid-A-disaccharide synthase  35.54 
 
 		 383 aa  178  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1152  lipid-A-disaccharide synthase  33.76 
 
 		 393 aa  178  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0153837  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1273  lipid-A-disaccharide synthase  31.11 
 
 		 376 aa  176  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2423  lipid-A-disaccharide synthase  33.5 
 
 		 378 aa  176  4e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2622  lipid-A-disaccharide synthase  32.12 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.187524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2414  lipid-A-disaccharide synthase  32.58 
 
 		 383 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3347  lipid-A-disaccharide synthase  34.76 
 
 		 383 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0192832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2802  lipid-A-disaccharide synthase  33.33 
 
 		 385 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.433655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2963  lipid-A-disaccharide synthase  32.65 
 
 		 381 aa  176  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.21352 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3040  lipid-A-disaccharide synthase  35.06 
 
 		 377 aa  176  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.683865  normal  0.986497 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2185  lipid-A-disaccharide synthase  36.08 
 
 		 376 aa  176  7e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3152  lipid-A-disaccharide synthase  35.38 
 
 		 383 aa  176  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00776372  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1642  lipid-A-disaccharide synthase  35.35 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0954  lipid-A-disaccharide synthase  34.58 
 
 		 383 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00185677  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2628  lipid-A-disaccharide synthase  35.95 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00918901  normal  0.0975507 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2695  lipid-A-disaccharide synthase  35.95 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.240899  hitchhiker  0.00356669 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1361  lipid-A-disaccharide synthase  36.36 
 
 		 384 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.505658  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1026  lipid-A-disaccharide synthase  34.18 
 
 		 394 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1079  lipid-A-disaccharide synthase  34.18 
 
 		 394 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.848234  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38860  lipid-A-disaccharide synthase  35.08 
 
 		 380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3422  lipid-A-disaccharide synthase  34.18 
 
 		 394 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00923603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0040  lipid-A-disaccharide synthase  34.38 
 
 		 379 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3148  lipid-A-disaccharide synthase  33.42 
 
 		 380 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.029536  normal  0.0540886 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>