543 genes were found for organism Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 6    << first  < prev  1  2  3  4  5  6    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Avi_7000  CDS  NC_011981  70  1296  +  1227  replication protein A  YP_002539452  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7001  CDS  NC_011981  1293  2306  +  1014  replication protein B  YP_002539453  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7002  CDS  NC_011981  2470  3684  +  1215  replication initiation protein RepC  YP_002539454  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7004  CDS  NC_011981  4003  5256  -  1254  Flavin-containing monooxygenase  YP_002539455  normal  0.732454  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7005  CDS  NC_011981  5807  7513  +  1707  GGDEF family protein  YP_002539456  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7008  CDS  NC_011981  7955  9118  -  1164  phage integrase family protein  YP_002539457  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7011    NC_011981  9348  10077  +  730      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7012    NC_011981  10140  10887  -  748      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7013  CDS  NC_011981  11193  11645  -  453  transcriptional regulator  YP_002539458  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7014  CDS  NC_011981  11936  12985  -  1050  malate dehydrogenase  YP_002539459  normal  0.293243  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7015  CDS  NC_011981  13283  14869  +  1587  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  YP_002539460  normal  0.0208042  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7016  CDS  NC_011981  14987  17008  +  2022  hydantoin utilization protein  YP_002539461  normal  0.626492  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7017  CDS  NC_011981  17011  18726  +  1716  hydantoin utilization protein  YP_002539462  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7018  CDS  NC_011981  18723  19625  +  903  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  YP_002539463  normal  0.435721  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7019  CDS  NC_011981  19628  20629  +  1002  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  YP_002539464  normal  0.536293  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7020  CDS  NC_011981  20632  21648  +  1017  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  YP_002539465  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7021  CDS  NC_011981  21645  22625  +  981  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  YP_002539466  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7022  CDS  NC_011981  22680  23708  +  1029  hypothetical protein  YP_002539467  normal  0.283298  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7024    NC_011981  23847  24239  -  393      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7025    NC_011981  24391  24564  -  174      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7026  CDS  NC_011981  24717  25697  -  981  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  YP_002539468  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7027  CDS  NC_011981  25694  26662  -  969  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  YP_002539469  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7028  CDS  NC_011981  26664  27590  -  927  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  YP_002539470  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7029  CDS  NC_011981  27595  28518  -  924  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  YP_002539471  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7030  CDS  NC_011981  28572  30185  -  1614  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  YP_002539472  normal  0.394274  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7032  CDS  NC_011981  30546  31193  +  648  transcriptional regulator TetR family  YP_002539473  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7033  CDS  NC_011981  31376  31669  +  294  hypothetical protein  YP_002539474  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7034  CDS  NC_011981  31828  33282  -  1455  hypothetical cytosolic protein  YP_002539475  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7035  CDS  NC_011981  33780  35495  +  1716  plasmid partitioning protein  YP_002539476  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7036  CDS  NC_011981  35577  36239  +  663  hypothetical protein  YP_002539477  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7038  CDS  NC_011981  36664  37509  +  846  hypothetical protein  YP_002539478  normal  0.154197  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7039  CDS  NC_011981  37605  38432  -  828  short chain dehydrogenase  YP_002539479  normal  0.0246661  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7040  CDS  NC_011981  38508  39440  +  933  transcriptional regulator AraC family  YP_002539480  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7041  CDS  NC_011981  39527  39943  -  417  hypothetical protein  YP_002539481  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7042  CDS  NC_011981  40213  40491  -  279  HNS-type DNA binding protein  YP_002539482  normal  0.815664  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7043  CDS  NC_011981  40592  41044  +  453  transposase  YP_002539483  normal  0.443559  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7044  CDS  NC_011981  41041  41394  +  354  transposase  YP_002539484  normal  0.223863  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7045  CDS  NC_011981  41440  43098  +  1659  transposase  YP_002539485  normal  0.444357  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7046  CDS  NC_011981  43079  43312  -  234  transposase  YP_002539486  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7047  CDS  NC_011981  43451  43663  -  213  hypothetical protein  YP_002539487  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7050  CDS  NC_011981  43932  44465  -  534  hypothetical protein  YP_002539488  normal  0.544423  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7051  CDS  NC_011981  44560  45033  -  474  hypothetical protein  YP_002539489  normal  0.332717  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7052  CDS  NC_011981  45038  46090  -  1053  hypothetical protein  YP_002539490  normal  0.0173877  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7053  CDS  NC_011981  46095  47153  -  1059  hypothetical protein  YP_002539491  normal  0.287969  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7054  CDS  NC_011981  47162  48556  -  1395  hypothetical protein  YP_002539492  decreased coverage  0.00922196  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7055  CDS  NC_011981  48553  49623  -  1071  hypothetical protein  YP_002539493  normal  0.0582367  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7056  CDS  NC_011981  49634  51859  -  2226  vgrG protein  YP_002539494  normal  0.0833871  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7057  CDS  NC_011981  52241  52570  -  330  hypothetical protein  YP_002539495  normal  0.213549  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7058  CDS  NC_011981  52567  52872  -  306  hypothetical protein  YP_002539496  normal  0.0622293  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7061  CDS  NC_011981  53348  55315  -  1968  conjugal transfer coupling protein TraG  YP_002539497  normal  0.920891  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7062  CDS  NC_011981  55302  55547  -  246  conjugal transfer protein TraD  YP_002539498  normal  0.604351  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7063  CDS  NC_011981  55522  55818  -  297  conjugal transfer protein Dtr system  YP_002539499  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7064  CDS  NC_011981  56074  59376  +  3303  Dtr system oriT relaxase  YP_002539500  normal  0.590726  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7065  CDS  NC_011981  59394  59903  +  510  conjugal transfer pilin processing protease TraF  YP_002539501  normal  0.622384  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7066  CDS  NC_011981  59974  61059  +  1086  conjugal transfer protein TraB  YP_002539502  normal  0.524899  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7067  CDS  NC_011981  61071  61721  +  651  conjugal transfer protein TraH  YP_002539503  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7070  CDS  NC_011981  62486  63337  +  852  transcriptional regulator AraC family  YP_002539504  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7072  CDS  NC_011981  63440  64354  +  915  hypothetical protein  YP_002539505  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7073  CDS  NC_011981  64988  65404  +  417  transcriptional regulator  YP_002539506  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7074  CDS  NC_011981  65523  66239  -  717  transposase  YP_002539507  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7075  CDS  NC_011981  66567  67679  -  1113  major facilitator family transporter  YP_002539508  normal  0.240881  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7076  CDS  NC_011981  67729  68790  -  1062  zinc-binding dehydrogenase  YP_002539509  normal  0.0549944  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7077  CDS  NC_011981  69237  69911  -  675  hypothetical protein  YP_002539510  normal  0.373269  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7079  CDS  NC_011981  69942  70892  -  951  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  YP_002539511  normal  0.633779  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7080  CDS  NC_011981  71096  71791  +  696  Transcriptional regulator  YP_002539512  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7081  CDS  NC_011981  71843  72802  +  960  hypothetical protein  YP_002539513  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7082  CDS  NC_011981  72799  73260  +  462  hypothetical protein  YP_002539514  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7083  CDS  NC_011981  73292  74800  +  1509  hypothetical protein  YP_002539515  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7084  CDS  NC_011981  74891  76069  +  1179  dehydrogenase  YP_002539516  normal  0.175296  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7085  CDS  NC_011981  76152  76820  -  669  transposase  YP_002539517  normal  0.0314847  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7086  CDS  NC_011981  76852  77577  -  726  transcriptional regulator TetR family  YP_002539518  normal  0.546749  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7087  CDS  NC_011981  77781  79088  +  1308  ABC transporter substrate-binding protein  YP_002539519  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7088  CDS  NC_011981  79081  79842  +  762  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  YP_002539520  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7089  CDS  NC_011981  79820  80524  +  705  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  YP_002539521  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7090  CDS  NC_011981  80521  81390  +  870  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  YP_002539522  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7091  CDS  NC_011981  81387  82346  +  960  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  YP_002539523  normal  0.230305  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7092  CDS  NC_011981  82343  83800  +  1458  amidase  YP_002539524  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7093  CDS  NC_011981  83891  84262  +  372  transposase  YP_002539525  normal  0.878817  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7095  CDS  NC_011981  84346  84654  +  309  transposase  YP_002539526  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7096  CDS  NC_011981  84694  85212  +  519  hypothetical protein  YP_002539527  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7098  CDS  NC_011981  85515  86114  -  600  RhtB family transporter  YP_002539528  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7100  CDS  NC_011981  86119  86688  -  570  hypothetical protein  YP_002539529  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7101    NC_011981  86706  87731  -  1026      normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7103  CDS  NC_011981  87943  88314  -  372  Transposase and inactivated derivatives IS5 family  YP_002539530  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7104  CDS  NC_011981  88356  88640  -  285  hypothetical protein  YP_002539531  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7106  CDS  NC_011981  88930  90174  +  1245  phosphoenolpyruvate synthase-related protein  YP_002539532  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7108  CDS  NC_011981  90249  91325  +  1077  hypothetical protein  YP_002539533  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7109  CDS  NC_011981  91322  91936  +  615  hypothetical protein  YP_002539534  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7110  CDS  NC_011981  91936  92706  +  771  transferase  YP_002539535  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7111  CDS  NC_011981  92703  93350  +  648  RhtB family transporter  YP_002539536  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7112  CDS  NC_011981  93419  94009  +  591  hypothetical protein  YP_002539537  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7114  CDS  NC_011981  94454  95137  -  684  transposase  YP_002539538  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7117  CDS  NC_011981  95236  95781  -  546  transposase  YP_002539539  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7120  CDS  NC_011981  95854  96180  -  327  transposase  YP_002539540  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7121  CDS  NC_011981  96351  97313  -  963  transcriptional regulator LysR family  YP_002539541  normal  0.0306023  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7122  CDS  NC_011981  97429  98709  -  1281  MFS permease  YP_002539542  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7123  CDS  NC_011981  98742  99611  -  870  D-N-carbamoylase  YP_002539543  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7125  CDS  NC_011981  99745  100434  -  690  hydrolase  YP_002539544  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7126  CDS  NC_011981  100680  101783  +  1104  hypothetical protein  YP_002539545  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Avi_7127  CDS  NC_011981  102052  103362  -  1311  hypothetical protein  YP_002539546  normal  1  n/a    Agrobacterium vitis S4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 6    << first  < prev  1  2  3  4  5  6    next >  last >>