More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7000 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  94.53 
 
 		 404 aa  797    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  100 
 
 		 408 aa  845    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  71.79 
 
 		 405 aa  615  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  70.63 
 
 		 408 aa  587  1e-166  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  62.44 
 
 		 401 aa  534  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  61.22 
 
 		 397 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  61.17 
 
 		 397 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  61.17 
 
 		 398 aa  504  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.73 
 
 		 397 aa  499  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  60.91 
 
 		 397 aa  500  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.27 
 
 		 410 aa  498  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  58.67 
 
 		 399 aa  494  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.96 
 
 		 407 aa  489  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  60.05 
 
 		 420 aa  476  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  59.54 
 
 		 392 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  58.27 
 
 		 405 aa  475  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.51 
 
 		 395 aa  475  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  57.95 
 
 		 394 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  59.48 
 
 		 408 aa  474  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  53.98 
 
 		 404 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  59.95 
 
 		 420 aa  471  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  57.11 
 
 		 405 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  56.01 
 
 		 404 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  57.52 
 
 		 405 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  57.26 
 
 		 405 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  57.18 
 
 		 405 aa  463  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  53.19 
 
 		 409 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  55.79 
 
 		 387 aa  458  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  55.72 
 
 		 405 aa  456  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  54.92 
 
 		 398 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  52.87 
 
 		 400 aa  441  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  54.33 
 
 		 397 aa  437  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  53.25 
 
 		 398 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  52.23 
 
 		 408 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  55.09 
 
 		 397 aa  429  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  57.1 
 
 		 397 aa  431  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  53.79 
 
 		 403 aa  430  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  52.22 
 
 		 405 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  54.2 
 
 		 371 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.49 
 
 		 398 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  54.07 
 
 		 402 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  53.7 
 
 		 398 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  51.55 
 
 		 408 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  51.04 
 
 		 408 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  49.62 
 
 		 405 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  49.09 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  48.6 
 
 		 403 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.02 
 
 		 404 aa  359  5e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  46.31 
 
 		 404 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  43.85 
 
 		 391 aa  322  6e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  41.86 
 
 		 400 aa  318  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.88 
 
 		 405 aa  203  6e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.18 
 
 		 400 aa  197  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.21 
 
 		 383 aa  194  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.36 
 
 		 487 aa  186  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.79 
 
 		 401 aa  182  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.83 
 
 		 399 aa  179  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  31.16 
 
 		 468 aa  176  7e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.34 
 
 		 466 aa  175  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.66 
 
 		 468 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  30.66 
 
 		 468 aa  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.45 
 
 		 383 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.37 
 
 		 401 aa  169  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.38 
 
 		 411 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  30.3 
 
 		 397 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.8 
 
 		 434 aa  162  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.77 
 
 		 463 aa  159  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  29.22 
 
 		 435 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  29.22 
 
 		 435 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  28.57 
 
 		 484 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  28.24 
 
 		 406 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.61 
 
 		 462 aa  155  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.82 
 
 		 484 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  29.07 
 
 		 484 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  27.74 
 
 		 402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.25 
 
 		 469 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  28.13 
 
 		 406 aa  154  4e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.58 
 
 		 387 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  30.06 
 
 		 396 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.87 
 
 		 397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.85 
 
 		 402 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  27.41 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.61 
 
 		 403 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  31.47 
 
 		 388 aa  122  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  29.92 
 
 		 388 aa  120  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  30.03 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  30.03 
 
 		 391 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  30.03 
 
 		 388 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  30.05 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.68 
 
 		 434 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3425  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.38 
 
 		 253 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3649  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.81 
 
 		 317 aa  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3553  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.38 
 
 		 253 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1742  chromosome partitioning ATPase  28.51 
 
 		 257 aa  105  2e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000936624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0936  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.08 
 
 		 255 aa  104  3e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.114878 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4042  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.29 
 
 		 257 aa  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.211181 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0452  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.25 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.402264  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0013  chromosome partitioning protein ParA  29.34 
 
 		 265 aa  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0075806  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3957  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.29 
 
 		 257 aa  102  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000240615  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2377  chromosome segregation ATPase  33.91 
 
 		 258 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>