More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9001 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  100 
 
 		 399 aa  837    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  71.47 
 
 		 407 aa  601  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  68.7 
 
 		 392 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  66.06 
 
 		 410 aa  555  1e-157  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  65.31 
 
 		 405 aa  555  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  63.18 
 
 		 409 aa  553  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  63.03 
 
 		 404 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  63.46 
 
 		 405 aa  545  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  65.47 
 
 		 401 aa  532  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  64.81 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  63.21 
 
 		 387 aa  528  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  62.18 
 
 		 420 aa  524  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.92 
 
 		 400 aa  520  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.07 
 
 		 405 aa  513  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  61.08 
 
 		 395 aa  508  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  61.54 
 
 		 394 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  61.03 
 
 		 398 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  61.13 
 
 		 408 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.59 
 
 		 404 aa  498  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  60.1 
 
 		 405 aa  499  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  59.29 
 
 		 405 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  58.67 
 
 		 408 aa  494  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  59.34 
 
 		 397 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  59.08 
 
 		 397 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.59 
 
 		 404 aa  493  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  59.34 
 
 		 405 aa  492  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  58.57 
 
 		 405 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  59.79 
 
 		 398 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.85 
 
 		 397 aa  487  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.99 
 
 		 397 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  58.51 
 
 		 398 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  58.96 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  58.96 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  57.73 
 
 		 405 aa  473  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  55.69 
 
 		 408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  55.96 
 
 		 408 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.03 
 
 		 398 aa  448  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  59.21 
 
 		 402 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  53.81 
 
 		 397 aa  441  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  54.1 
 
 		 403 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  55.82 
 
 		 398 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  54.57 
 
 		 371 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  52.08 
 
 		 404 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  50.26 
 
 		 405 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  51.25 
 
 		 408 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  50.64 
 
 		 404 aa  399  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  48.7 
 
 		 403 aa  397  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  51.13 
 
 		 408 aa  395  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  52.7 
 
 		 404 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  44.83 
 
 		 400 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  44.3 
 
 		 391 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.56 
 
 		 400 aa  233  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.7 
 
 		 401 aa  212  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.05 
 
 		 383 aa  205  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.23 
 
 		 405 aa  192  7e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.5 
 
 		 399 aa  191  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.7 
 
 		 401 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  30.05 
 
 		 402 aa  173  3.9999999999999995e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.79 
 
 		 411 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  30.21 
 
 		 406 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  30.11 
 
 		 406 aa  168  1e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.45 
 
 		 466 aa  168  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  30.6 
 
 		 468 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  30.73 
 
 		 468 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.73 
 
 		 468 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.02 
 
 		 383 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  32.35 
 
 		 388 aa  161  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.17 
 
 		 487 aa  160  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  29.27 
 
 		 397 aa  158  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.05 
 
 		 434 aa  153  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  32.98 
 
 		 388 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.35 
 
 		 469 aa  149  6e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  31.37 
 
 		 388 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  31.37 
 
 		 391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  28.02 
 
 		 435 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  31.1 
 
 		 391 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  31.37 
 
 		 385 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.36 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  28.02 
 
 		 435 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.78 
 
 		 462 aa  147  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  29.58 
 
 		 484 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.3 
 
 		 397 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30 
 
 		 484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  30 
 
 		 484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.01 
 
 		 402 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.78 
 
 		 463 aa  139  7.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.38 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  28.01 
 
 		 396 aa  131  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.62 
 
 		 434 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  24.43 
 
 		 347 aa  117  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1531  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.08 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.265392  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4546  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.74 
 
 		 399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.931063  normal  0.514808 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4451  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.74 
 
 		 399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.375885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07049  hypothetical protein  24.74 
 
 		 405 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3649  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.57 
 
 		 317 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4366  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.74 
 
 		 399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00100758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0206  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.82 
 
 		 262 aa  110  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0134114  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08267  plasmid partition protein ParA  24.93 
 
 		 399 aa  110  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000993  chromosome (plasmid) partitioning protein ParA  24.74 
 
 		 405 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0095  plasmid partition protein ParA  25 
 
 		 399 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>