More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4191 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  84.54 
 
 		 420 aa  702    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  100 
 
 		 420 aa  858    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  68.98 
 
 		 408 aa  555  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  68.26 
 
 		 407 aa  553  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  66.33 
 
 		 405 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  67.09 
 
 		 405 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.74 
 
 		 387 aa  535  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  63.46 
 
 		 399 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  64.57 
 
 		 398 aa  528  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  64.57 
 
 		 398 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  64.81 
 
 		 404 aa  524  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  62.81 
 
 		 405 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  64.12 
 
 		 410 aa  513  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  60.77 
 
 		 405 aa  511  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  62.06 
 
 		 405 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  62.93 
 
 		 405 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  64.05 
 
 		 401 aa  498  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  63.07 
 
 		 392 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  60.15 
 
 		 409 aa  488  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  62.53 
 
 		 405 aa  490  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  59.05 
 
 		 404 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  60 
 
 		 398 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  60.61 
 
 		 408 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  59.34 
 
 		 397 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  59.6 
 
 		 397 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  60.05 
 
 		 408 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.73 
 
 		 404 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  57.77 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.73 
 
 		 397 aa  472  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.6 
 
 		 395 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  59.75 
 
 		 394 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.85 
 
 		 405 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  57.39 
 
 		 400 aa  463  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.7 
 
 		 408 aa  464  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  56.64 
 
 		 397 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  54.19 
 
 		 405 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  56.39 
 
 		 397 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.54 
 
 		 397 aa  443  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  52.62 
 
 		 403 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  56.03 
 
 		 402 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  52.78 
 
 		 403 aa  423  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  55.33 
 
 		 408 aa  421  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  56.14 
 
 		 398 aa  419  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  54.86 
 
 		 371 aa  415  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  54.77 
 
 		 398 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  53.81 
 
 		 408 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  52.5 
 
 		 404 aa  411  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  49.1 
 
 		 404 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  50.13 
 
 		 404 aa  362  6e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  49.34 
 
 		 391 aa  348  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  46.97 
 
 		 400 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.07 
 
 		 383 aa  212  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.08 
 
 		 400 aa  209  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.86 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.55 
 
 		 405 aa  194  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.33 
 
 		 401 aa  190  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31 
 
 		 399 aa  185  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.28 
 
 		 411 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  31.14 
 
 		 406 aa  179  1e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  30.28 
 
 		 402 aa  178  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  31.04 
 
 		 406 aa  177  4e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.65 
 
 		 383 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  29.21 
 
 		 397 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.24 
 
 		 387 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  30.08 
 
 		 396 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  29.52 
 
 		 468 aa  156  7e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.52 
 
 		 468 aa  155  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.47 
 
 		 466 aa  153  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  28.48 
 
 		 468 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.87 
 
 		 487 aa  150  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  31.61 
 
 		 388 aa  147  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.26 
 
 		 402 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  32.63 
 
 		 391 aa  147  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  32.76 
 
 		 388 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  31.94 
 
 		 388 aa  144  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  31.94 
 
 		 385 aa  144  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  31.94 
 
 		 391 aa  144  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.3 
 
 		 463 aa  139  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.46 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  27.52 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.44 
 
 		 462 aa  135  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  27.52 
 
 		 435 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.71 
 
 		 469 aa  134  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.19 
 
 		 434 aa  131  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.69 
 
 		 397 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  27.4 
 
 		 484 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  28.47 
 
 		 484 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.47 
 
 		 484 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  29.02 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.37 
 
 		 434 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14080  chromosome partitioning ATPase  33.99 
 
 		 327 aa  114  4.0000000000000004e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2339  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.52 
 
 		 261 aa  114  4.0000000000000004e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0896384  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7549  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.42 
 
 		 403 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0306552 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15300  chromosome partitioning ATPase  31.56 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.087048  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1531  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000837624 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1450  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  42.86 
 
 		 329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00757148 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2946  sporulation initiation inhibitor protein Soj  32.66 
 
 		 256 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.204641  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3005  sporulation initiation inhibitor protein Soj  32.66 
 
 		 256 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4054  CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain-containing protein  32.66 
 
 		 256 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1597  sporulation initiation inhibitor protein Soj  32.66 
 
 		 256 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00287402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>